1012 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、CEREBRI外傷性脳損傷リソースのように、グルタミン酸作動性ニューロンとラベル付けされた細胞の大部分が実際には非ニューロン細胞であり、再アノテーションによって修正される重大な生物学的アーティファクトを引き起こしているような、広く利用されているシングルセル・アトラスにおける系統的なアノテーションエラーを明らかにする、マーカーベースのプロトコルであるAnnoAuditを紹介するものである。
bioqは、サーバーレスゲートウェイを介して38種類以上のコンテナ化されたAI創薬ツール群へのアクセスを統合する、オープンソースの軽量なコマンドラインインターフェースであり、ローカルのハードウェアや競合するソフトウェアの依存関係を管理することなく、研究者や自動エージェントがノートパソコンから複雑なワークフローを実行することを可能にします。
本論文は、ウェルの検出からプラークのセグメンテーション、そしてPFU/mLの推定に至るまで、ウイルス力価測定の全工程を自動化するエンドツーエンドのディープラーニング・ワークフローであるTitraを紹介するものであり、多様なウイルス種やプレート形式において手動によるアノテーションと高い一致を示すことを実証している。
本論文は、Boltz-1の共折り畳みモデルを解剖し、構造情報が単一、鎖内、および鎖間表現という3つの異なるストリームにわたって整理されており、それらが「混合・圧縮・洗練（Mix-Compress-Refine）」の軌跡に従い、鎖内の幾何学的構造は大部分が事前条件付けされている一方で、鎖間の配置は拡散モジュールによって漸進的に構築・調整されることを明らかにしている。
本研究は、ケロイドおよびそれに対応する正常皮膚組織のバルクRNA-Seq解析を利用することで、細胞型の不均一性を考慮に入れることが、線維芽細胞と免疫細胞の濃縮、それらの特異的な相互作用、およびケロイド疾患の根底にある主要な遺伝子発現シグネチャーにおける明確な差異を明らかにすることを実証している。
labapiは、そのフラットなAPIを直感的なオブジェクトモデルへと変換することで、計算ワークフローとLabArchives電子実験ノートとの架け橋となり、手動によるアップロードを排除するために実験データのシームレスな読み書きを自動化するPythonライブラリです。
PharmCastは、コンフォーマー生成を行うことなく、2DのSMILES文字列から3Dファーマコフォア・フィンガープリントを迅速かつ正確に予測するフィードフォワードニューラルネットワークであり、従来の計算手法と比較して極めて低い計算コストで、効率的なバーチャルスクリーニングやスキャフォールドホッピングを可能にします。
本論文は、機械学習ベースのエイジングクロックにおける系統的な予測バイアスが、下流の関連解析を歪める可能性があるという極めて重要な課題を特定し、妥当な生物学的年齢の推定と推論を保証するための制約付き最適化フレームワークを提案することで、この問題に対処するものである。
RevPertは、符号付きピアソン連結性と学習された残差を組み合わせることで、トランスクリプトームの状態遷移の候補となる遺伝的ドライバーを優先的に特定する、ギャラリーネイティブな逆摂動モデルであり、既存のベースラインと比較して、保持された介入の復元および疾患に関連するアンカーの特定において優れた性能を示す。
本論文は、330個の解釈可能な記述子とTabPFN基盤モデルを組み合わせた単純な配列のみのパイプラインが、ESCAPEベンチマークにおけるマルチラベル抗菌ペプチドプロファイリングにおいて、勾配ベースの学習や構造データを必要とすることなく、複雑な構造条件付きディープラーニング手法を凌駕し、最先端の精度を達成することを実証するものである。