💻 バイオインフォマティクス
Pathway-Based Analysis of Essential Metabolic Enzymes as Drug Targets
本研究は、必須代謝酵素であるPabBを結核の有望な創薬標的として特定し、計算機によるパスウェイ解析および分子ドッキングを用いてFDA承認薬のスクリーニングを行い、最終的にリガンド5およびリガンド27をドラッグリポジショニングの潜在的な候補として浮き彫りにした。
💻 Category
bioinformatics
1178 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Mapping bioimage-analysis software adoption in microscopy
本研究は、2010年から2025年までの170万件の顕微鏡技術に関する論文を分析することで、ImageJ/Fijiを筆頭とし、QuPathやnapariといった分野特化型ツールの採用増加を伴う画像解析ソフトウェアへの依存度の高まりを明らかにし、引用数が実際の使用実態を過小評価していることが多いことを強調するとともに、再現性を向上させるために研究者がソフトウェアの手法を明示的に引用し報告することを促している。
💻 バイオインフォマティクス
A Pipeline for Predicting Variant Associations with Complex Disorders via Functional Annotations
本論文は、複雑な疾患に対する変異の関連性を系統的に研究するために、GWASの要約統計量と機能注釈を統合し、精査されたバランスの取れた注釈豊富なデータセットを生成する、スケーラブルかつ再現可能なパイプラインを導入するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Auto-AVS: A Novel Framework for Automated Autophagic Vacuole Simulation
本論文は、3Dオートファジー小胞と仮想TEM切片化をシミュレートしてステレオロジー的仮定を検証するオープンソースの計算フレームワークであるAuto-AVSを紹介しており、それによって、体積サイズの推定値は一貫性を保つ一方で、個体数の分布における不一致は、2D顕微鏡による推論に対する空間的クラスタリングと小胞の幾何学的形状の決定的な影響を浮き彫りにしている。
💻 バイオインフォマティクス
An evidence-governed agent harness for spatial transcriptomics prioritizes ICAM-1 as a target in lung fibrosis
本論文は、空間トランスクリプトミクス解析と文献に基づく検索を統合して標的の優先順位付けを自動化する、エビデンスに基づいたマルチエージェントAIシステムであるDeepMASTを紹介しており、特発性肺線維症における検証済みの治療標的としてICAM-1を特定することに成功した。
💻 バイオインフォマティクス
Can Folding Models Tell Binders from Bluffers? Evidence from POISK: The Patent-Derived Antibody Dataset
本論文は、大規模な特許由来抗体データセットであるPOISKを紹介し、現在の構造予測モデルはランダムな選択よりもバインダー同定を統計的に強化できるものの、単一候補のスクリーニングや正確なエピトープ局在化のための信頼性は欠いており、それゆえに直交的な実験手法と併用する必要があることを実証するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Large-scale integrated single-cell analysis reveals molecular subtypes and microenvironmental remodeling in cutaneous T cell lymphoma
本研究は、厳格な統計的手法を用いて従来の限界を克服し、予後に関連する重要な分子サブタイプおよび微小環境のリモデリングを特定した、現在までで最大規模の統合的な皮膚T細胞リンパ腫の単一細胞RNAシーケンシング・アトラスを提示するものである。
💻 バイオインフォマティクス
corrdeconv corrects deconvolution's misreading of disease cell states as abundance, overturning benchmarks and outperforming every published deconvolution method
本論文は、バルクおよび空間オミクスデータにおける疾患誘発性の細胞状態の変化を細胞存在量の変化と誤認するという根本的な解釈ミスを是正する手法であるcorrdeconvを紹介しており、これにより既存のベンチマークを覆し、誤った疾患効果の主張の大部分を排除することで、発表されているすべてのデコンボリューション手法を凌駕している。
💻 バイオインフォマティクス
BUDDY: An interactive web platform to accelerate the functional modeling of human missense variants using Saccharomyces cerevisiae orthologs
著者らは、バイオインフォマティクス・ツール、構造的可視化、およびAIによる実験設計支援を統合することで、出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）におけるヒトミスセンス変異の機能モデリングを効率化し、それによって変異解析を加速させ、バイオインフォマティクスの専門的な訓練を受けていないユーザーにも利用可能にするインタラクティブなウェブプラットフォームであるBUDDYを提示する。
💻 バイオインフォマティクス
Different, same, or arrhythmic: an empirically informed benchmark of differential rhythmicity methods
本論文は、合成RNA-seqモデルを用いた12種類の差次的リズム解析手法の系統的なベンチマーク研究を提示するものであり、特定の実験条件や解析目的に基づいて、生物学者が時系列トランスクリプトームデータの解析に最も適切なツールを選択するための実用的なガイドラインを提供するものである。