1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、前立腺がんの高度なマルチモーダル AI 研究および予後分析を促進するために、高解像度のマルチスケール形態、空間的免疫細胞マップ、および臨床転帰を統合した、前立腺がんのための新規三モーダル組織学データセット「Prostate-TriMod」を紹介する。
本研究は 21,666 件の血漿 cfRNA-Seq サンプルを複数の研究にわたって体系的に評価し、技術的要因、特にプロトコルの選択とゲノム DNA 汚染が、生物学的表現型よりも転写組変異を圧倒的に支配することを示すことで、ワークフローの標準化とバイオマーカー発見の再現性向上のための証拠に基づく指針を確立した。
CatIF-RL は、活性指向の選好信号とグループ相対方策最適化を用いて、グラフベースのノイズ除去拡散逆折りたたみモデルを予測 kcat 値がより高くなるように誘導し、構造忠実性と配列適合性を維持しながら酵素の触媒活性を向上させる新たなフレームワークである。
本論文は、結果のみを評価するベンチマークの限界を克服し、推論や手法選択における重大な失敗を明らかにするため、専門家によって設計された評価基準を用いて実世界の生物医学研究タスクにおけるLLMエージェントを評価する、新たなプロセスレベルの評価フレームワークであるBiomniBenchを導入する。
本論文は、コスト効率に優れローカルで実行可能なオープンウェイトLLM（具体的にはqwen3.6:27b）が、高価なプロプライエタリモデルに代わるスケーラブルな代替手段として、日常的な生体医学データ分析タスクのオーケストレーションにおいて最先端レベルの精度を達成し得ることを実証する。
elab2ARC は、電子実験ノート eLabFTW の自由テキスト記録を FAIR 準拠のバージョン管理付き注釈付き研究コンテキスト（ARC）に変換し、日常のラボワークフローを妨げずにシームレスな共有とアーカイブを可能にする、クライアントサイドのブラウザベースのワークスペースです。
本論文は、ドチストロマ針葉枯病の文脈において宿主遺伝子型が葉の真菌群集および病気の感受性にどのように影響するかを調査するため、それぞれ200および48のヨーロッパマツ（Pinus sylvestris）遺伝子型からのITS2 メタバーコーディングおよびRNA-seq プロファイルの包括的なデータセットを提示する。
Paipu フレームワークは、NCBI SRA に存在する多様な種からの RNA-seq データの取得と処理を効率化することで、ゲノムおよびアノテーションの障壁を克服し、大規模で調和のとれたパン哺乳類がんトランスクリプトミクスアトラスの構築を可能にします。
本論文は、化学反応網理論（CRNT）の構造解析と記号的な常微分方程式の生成およびハイブリッド数値ソルバーを統合し、シミュレーションのみに依存することなく質量作用系における定常状態、安定性、分岐を厳密に特徴づけるオープンソースの Python ライブラリである mantis-delta を紹介する。
本研究は、アミノ酸の頻度特徴と1次元畳み込みニューラルネットワークオートエンコーダによって学習された潜在表現を組み合わせる2段階のフレームワークを提案し、このハイブリッド特徴セットで訓練されたランダムフォレスト分類器が、頻度特徴のみを使用する場合と比較してタンパク質間相互作用の予測精度を著しく向上させることを実証する。