The Duplicate Monophyly Criterion: An Empirical Approach to Bootstrapping Distance-Based Structural Phylogenies
本論文は、距離行列のノイズ強度を調整するための基準として合成複製配列の単系統性を評価する「複製単系統性基準（DMC）」を導入し、構造系統解析におけるブートストラップ支持値の推定を可能にする実用的な枠組みを提案している。
💻 Category
bioinformatics
1243 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Thirty years of Achromobacter ruhlandii evolution reveal pathways to epidemic lineages
本論文は、30 年間のゲノム解析を通じて、Achromobacter ruhlandii のデンマーク流行株（DES）が 1990 年頃に出現し、水平遺伝子伝達や鉄獲得能力の向上などの適応形質によって慢性感染症における成功した流行系統として確立されたことを明らかにし、同様の進化パターンを示す他の流行系統の存在も示唆しています。
Deconvolution of omics data in Python with Deconomix -- cellular compositions, cell-type specific gene regulation, and background contributions
この論文は、バルク転写データから細胞構成、細胞種特異的遺伝子調節、および背景寄与を推定するための包括的な Python パッケージおよび GUI ツール「Deconomix」を開発し、TCGA の乳がんデータを用いたケーススタディを通じてその有効性を示したものである。
A universal model for drug-receptor interactions
従来の構造生物学に基づく創薬アプローチの限界を克服するため、非共有結合の相互作用原理を学習する機械学習モデルを開発し、既知の化学空間を超えた新規化合物と受容体間の相互作用を予測する普遍的な枠組みを提案した。
FlashDeconv enables atlas-scale, multi-resolution spatial deconvolution via structure-preserving sketching
本論文は、レバレッジスコアに基づく重要度サンプリングと疎な空間正則化を組み合わせることで、標準的なノートパソコンで数百万ビン規模の Visium HD データを秒単位で処理し、従来の解像度低下による細胞共局在の誤った解釈を防ぎつつ、高解像度空間オミクスデータから新たな細胞ニッチを同定することを可能にする「FlashDeconv」という手法を提案しています。
Col-Ovo: Smartphone-based artificial intelligence for rapid counting of Aedes mosquito eggs under field conditions
本研究は、ドングリトラップによるデング熱などの媒介蚊（アエデス属）の卵の自動計測を可能にするスマートフォン向け AI ツール「Col-Ovo」を開発し、従来の手作業に比べて処理時間を大幅に短縮しながら高い精度を達成したことを報告しています。
RiboPipe: efficient per-transcript codon-resolution ribo-seq coverage imputation for low-coverage transcripts
RiboPipe は、低カバレッジの転写産物におけるリボソームプロファイリング（Ribo-seq）のコードン分解能カバレッジを、転写産物レベルの平均リボソーム負荷とコードンレベルのモデルを統合的に最適化し、ピーク重み付け損失を導入することで効率的かつ高精度に推定する新しいフレームワークです。
MiCBuS: Marker Gene Mining for Unknown Cell Types Using Bulk and Single Cell RNA-Seq Data
本論文は、不均一なバルク RNA シーケンスデータと不完全なシングルセル RNA シーケンスデータからディリクレ擬似バルクデータを作成し、未知の細胞タイプに特異的なマーカー遺伝子を同定する新しい手法「MiCBuS」を提案し、従来の手法では不可能だった未知細胞の特定と特徴付けを可能にしたことを報告しています。
A comprehensive reference database to support untargeted metabolomics in Pseuudomonas putida
本研究は、合成生物学の重要モデル生物である Pseudomonas putida における標的未指定代謝体解析の障壁を解消するため、既存データと計算予測を統合し、衝突断面積や質量スペクトルなどの分析特性を含む包括的な代謝体参照データベース「PPMDB v1」を構築・公開したものである。
PACMON: Pathway-guided Multi-Omics data integration for interpreting large-scale perturbation screens
PACMON は、大規模な摂動スクリーニングから得られるマルチオミクスデータを、既知の生物学的経路と整合する潜在因子モデルを用いて統合・解釈し、摂動が経路プログラムに与える影響をスケーラブルかつ解釈可能に推定する新しいベイズ推論フレームワークである。