1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本研究は、インフルエンザ A 型ウイルス（H3N2）にコードされる miRNA とその標的遺伝子を予測するためのゲノムワイド計算パイプラインを採用し、肺および抗ウイルス自然免疫に関与する宿主遺伝子のネットワークを明らかにすることで、ウイルスの病原性を解明し、治療標的を提示する可能性がある。
KaryoScope は、分単位でパンゲノムアセンブリ全体にわたる多様なゲノム特徴の塩基分解能での注釈を可能にする高速なアライメント不要ツールであり、比較解析および臨床解析を支援するために、従来アクセスが困難であったセントロメアやサブテロメアなどの可変領域を実効的に特徴づけます。
本研究は尿マイクロバイオームデータを分析し、尿路感染症患者に比べて健康な個人において*Lactobacillus crispatus*が有意に豊富に存在することを示し、これを尿路感染症の予防および管理のための有望なプロバイオティクス候補として同定した。
本研究はスパースオートエンコーダとグラフベース分析を用いて、ヌクレオチドトランスフォーマーv2ゲノム言語モデルが複雑な調節ロジックではなく、微細な配列構文と局所的な生物物理的制約を符号化していることを明らかにし、これが特定の分子タスクにおける高い性能と、より広範な調節推論における能力の相対的な低さを説明すると結論づける。
本論文は、単一の対照ライブラリのみを必要とし、新規アルゴリズムを用いて最小の縮退モチーフを定義し、迅速な特徴付けのためのアクセスしやすい Web およびコマンドラインツールを提供することにより、CRISPR および OMEGA システムにおける PAM/TAM の同定を簡素化する、簡素化された実験的・計算的フレームワークである TAMIPAMI を紹介する。
PrEditR は、特定のタンパク質の翻訳後修飾部位を標的とした CRISPR ベースエディタースクリーニング向けに、高スループットかつ質量分析と互換性のあるガイド RNA 生成を可能にすることで、既存の DNA 中心の sgRNA 設計ソフトウェアの限界を克服するために設計されたオープンソースのタンパク質中心ツールである。
BTEXgenie は、既存のデータベースよりも著しく高い感度で好気的および嫌気的 BTEX 分解に関与する基質特異的遺伝子を検出するためにカスタムプロファイル隠れマルコフモデルを活用し、環境および比較ゲノム研究のための統合された代謝経路およびゲノム可視化も提供する、キュレーションされたユーザーフレンドリーなツールである。
本研究は、TDP-43 がクロマチンループのアンカーにおいて DNA G-四重鎖構造に結合し安定化させることで、遺伝子転写を調節し長距離クロマチンループ形成を促進することを明らかにし、これにより TDP-43 機能不全に関連する疾患における遺伝子発現異常の機序的説明を提供するものである。
本研究は、再帰性に基づく潜在分析と病理学的分断メトリクスを活用するクロスドメイン深層学習フレームワークを導入し、異種ヒトデータセットにおける組織修復と腫瘍微小環境の空間的組織化およびリモデリング動態を特徴付け、比較するものである。
本論文は、複数の遺伝的源と未観測の親を考慮してポリクローナル感染から指向性伝播ネットワークを再構築し、主要な公衆衛生指標を推定するモジュール型ベイズフレームワークを導入するものであり、その具体例として*Plasmodium falciparum*用のPlasmotrackソフトウェアが挙げられる。