1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、R2DT を活用してバイオインフォマティクスおよび機械学習ワークフローへの統合を可能にする包括的な2D 構造可視化を生成しつつ、Rfam の RESTful API を通じて Rfam データをプログラムで取得し、ウイルス非コード RNA の注釈付けを自動化するための計算プロトコルと実用的な例を提示する。
本論文は、マイクロアレイやRNA-seqなどの多様な技術を含む多様なデータセットを統合された表現へとシームレスに変換することで公共の遺伝子発現データにおけるクロスプラットフォームの非互換性を克服し、大規模な統合生物学的解析の精度と統計的検出力を大幅に向上させる確率的機械学習フレームワークであるPXNを導入するものである。
著者らは、予測構造からシステインの機能的状態（ジスルフィド結合、金属配位、遊離チオール）を正確に予測するタンパク質言語モデルベースのツール「TriCyP」を開発し、これにより ECOD ドメインにまたがる 270 万個のシステインのゲノム規模のカタログを構築して、明確な生物学的パターンを明らかにし、新規の金属結合ファミリーおよび潜在的なタンパク質間相互作用を同定することを可能にしました。
本論文は、遠心分離条件をノイズではなく重要な特徴として明示的に考慮することで既存モデルの性能の頭打ちを克服し、新たに公開された厳密な条件が注釈付けられた大腸菌データセットにおいて大幅な精度向上を実現するタンパク質溶解度予測ツール「Aiki-Sol」を導入する。
本論文は、発現変動遺伝子に限定されたタンパク質間相互作用ネットワークを活用してストレス応答遺伝子セットを検証する文脈固有の枠組みを提示し、生物学的に裏付けられた「主要応答」遺伝子が温度条件を跨いで有意に相互連結したサブネットワークを形成することを示している。
著者らは、1KP RNA-seq データを用いた*Selaginella*属種に関する分析を通じて実証されたように、参照ゲノムを必要とせず非モデル生物の転写産物におけるタンパク質ドメインの比較、注釈付け、および定量を可能にするクロマトグラフィーに類似した新規計算手法「plant」を開発した。
本論文は、タンザニアにおける複雑で多チーム・多段階のハマダラ媒介研究において、改良された汎用データスキーマが、野外収集から昆虫室での飼育および実験室分析に至るまでのほぼ完全なデータ統合を達成し、高忠実度なリンクと堅牢なサンプル追跡性を確実にすることを示している。
本研究は、アーキアからクロロフレクソータ門細菌へ水平遺伝子移転を介して、アーキア鞭毛に基づく運動性とF1型化学受容システムが両者とも転移され、これら異なるドメイン間で共有された進化の軌跡が確立されたことを明らかにする。
CardioSafe は、化学的およびトランスクリプトミクス特徴を統合して心臓イオンチャネル活性を予測するマルチタスクニューラルネットワークであり、Nav1.5 および Cav1.2 チャネルのベンチマーク結果を過大評価していた訓練データの汚染が逆リーク監査によって発見・除去された後、既存の手法を上回る性能を示しました。
本研究は、偏りのない分子動力学シミュレーションを用いて、POPC 二重層における 28 種類のアミノ酸アナログの挿入エネルギーを定量化し、実験的な疎水性スケールを成功裡に再現するとともに、プロトン化状態および芳香族配向の熱力学的役割を解明する、深さ依存性の平均力ポテンシャルを生成した。