💻 バイオインフォマティクス
conMItion: an R package adjusting confounding factors for associations in multi-omics
本論文は、多オミクス関連解析において腫瘍純度や変異負荷などの交絡因子をロバストに調整し、がん関連遺伝子や細胞間相互作用の同定精度を向上させるために、条件付き相互情報を利用するRパッケージ「conMItion」を導入する。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Haplotype-resolved diploid genome inference on pangenome graphs
本論文は、生物学的に動機付けられた組換え予算を用いてパンゲノムグラフ上で遺伝子型決定とハプロタイプ推定を同時に最適化するスケーラブルなツール「DipGenie」を導入し、既存のグラフベース手法と比較してスイッチエラー率を著しく低減し、構造的変異のF1 スコアを向上させることを示す。
💻 バイオインフォマティクス
WSInsight: a cloud-native, agent-callable platform for single-cell whole-slide pathology
WSInsight は、多様なストレージソースからの全スライド H&E 画像の拡張可能でエージェント呼び出し可能な単一細胞表現型解析を可能にするオープンなクラウドネイティブプラットフォームであり、転移性腫瘍微小環境研究のための検証済みかつ規格準拠の出力を提供します。
💻 バイオインフォマティクス
LIVIA: a browser-based tool for assessing and visualizing predicted protein interactions
LIVIA は、無料で利用可能なブラウザベースのツールであり、ローカルで局所的な信頼性指標を計算し、インターフェース残基を同定し、ChimeraX および PyMOL 用のインタラクティブな 3D ビューアとエクスポート可能なスクリプトを用いて、複数のプラットフォームにわたる予測されたタンパク質間相互作用を可視化します。
💻 バイオインフォマティクス
Machine learning cross-platform proteomic imputation enables protein quality scoring and replication of epidemiological associations
本研究は、SomaScan と Olink の間でクロスプラットフォームのタンパク質オミクスデータを補完する機械学習フレームワークを開発し、それによって持続的な再現性の欠如という課題を解決し、プラットフォーム固有のシグナルの回復を可能にし、さらに疫学的バイオマーカー発見の信頼性を高めるためのタンパク質忠実度指標を確立する。
💻 バイオインフォマティクス
Cross Dataset Transcriptomic Analysis Identifies Oxidative Stress Inflammation Gene Networks Modulated by Nutrigenomic Interventions in Parkinson Disease
本研究は、パーキンソン病における酸化ストレスおよび炎症関連のハブ遺伝子を同定するために交差データセット統合トランスクリプトーム解析を用い、特定の生物活性食品化合物が栄養ゲノム学的介入を通じてこれらの遺伝子ネットワークをどのように調節し得るかを明らかにする。
💻 バイオインフォマティクス
Efficient Stochastic Trace Generation for Transcription
本論文は、決定論的ドリフト、ガウス変動、および加法的な断続的ジャンプを単一の確率微分方程式モデルに統合し、正確な転写トレースを生成する際に、厳密な確率サンプリングに比べて最大 2 桁高速な計算速度を実現するオープンソースの Python フレームワーク「bcrnnoise」を導入する。
💻 バイオインフォマティクス
SaVanache: indexing and visualizing pangenome variation graphs
SaVanache は、GFA ファイルを最適化されたインデックスに前処理し、線形ピボットゲノムに対する構造的変異を強調表示するための特殊なグリフを使用することで、複雑なパンゲノム変異グラフの効率的なリアルタイム探索と直感的な 1 対多比較を可能にする多解像度可視化ツールです。
💻 バイオインフォマティクス
Striping artifact removal in VisiumHD data through nuclear counts modeling
本論文は、核分割と正則化一般化線形モデルを用いてビンカウントをモデル化し、既存の正規化手法を上回る性能で乗法的なストライプアーティファクトを効果的に除去しつつ大規模な生物学的シグナルを保持する、10x Genomics VisiumHD データ向けの統計的ストライプ除去手法を提案する。
💻 バイオインフォマティクス
SLiMNet: a deep learning model to detect short linear motifs using protein large language model representations and paired inputs
本論文は、タンパク質大規模言語モデルの埋め込みと対比学習を活用して短いリニアモチーフ（SLiM）間の機能的類似性を予測する深層学習モデル「SLiMNet」を導入し、これにより未特徴化のモチーフの機能的注釈を可能にし、研究コミュニティ向けに潜在的な機能対の包括的なアトラスを提供するものである。