💻 バイオインフォマティクス
ProNA3D: Distance-Based Analysis of Nucleic Acid-Containing Interfaces
ProNA3D は、実験構造および AI 予測モデルを含むタンパク質 - 核酸複合体の界面を距離ベースで統合的に分析・可視化し、機能的洞察や Cryo-EM 密度マップとの統合解析を可能にする新しいツールです。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Epigenetically constrained astrocyte states underlie prefrontal cortex vulnerability in Down syndrome associated Alzheimer disease
この研究は、ダウン症候群関連アルツハイマー病において前頭前野の基底星膠細胞がエピジェネティックな制約によりストレス応答能力を失い、これが神経変性の脆弱性の主要な要因であることを明らかにした。
💻 バイオインフォマティクス
3D Reconstruction of Nanoparticle Distribution in Tumor Spheroids with Volume Electron Microscopy
本研究は、腫瘍球内のナノ粒子分布と細胞構造を同時に定量化するエンドツーエンドの解析パイプラインを提案し、ハイブリッドセグメンテーション戦略を用いた 3 次元再構成によりナノ粒子の核周集積や細胞形態の定量的評価を可能にした。
💻 バイオインフォマティクス
Genome-wide identification and characterization of the NAC transcription factor family in Cynodon dactylon and their expression during abiotic stresses
本論文は、耐環境ストレス性の高い芝草であるヒメクサギ（Cynodon dactylon）のゲノムから NAC 転写因子ファミリーを網羅的に同定・分類し、その組織特異的発現と乾燥・高温・塩・冠水などの非生物的ストレスに対する応答性を解明することで、ストレス耐性品種の育種に向けた基盤を確立したものである。
💻 バイオインフォマティクス
Mutation-induced biophysical destabilization as a key contributor to cancer-driving potential in the human structural protein interactome
本研究は、がん関連変異がタンパク質の折りたたみ安定性や結合安定性を低下させる生物物理的破綻が、がん駆動能の主要な要因であることを示すとともに、がん駆動遺伝子における変異が全がんゲノムにわたる変異よりも構造的・機能的な影響が大きいことを明らかにした。
💻 バイオインフォマティクス
Single-cell hit calling in high-content imaging screens with Buscar
本研究は、従来の集計統計に依存する手法の限界を克服し、単一細胞レベルの形態的多様性を活用して化合物の効能と特異性を同時に定量化する新しいヒットコール法「Buscar」を開発し、その心筋線維芽細胞、MitoCheck、CPJUMP1 の 3 つのデータセットにおける再現性と有効性を実証したことを報告しています。
💻 バイオインフォマティクス
Integrating targeted genome mining and structure-guided modeling reveals unexplored 7-deazapurine-containing pathways
本論文は、大規模なゲノムマイニングと構造ガイドモデリングを統合することで、7-デオキサプリン含有二次代謝産物の未解明な生合成経路を網羅的に発見し、その酵素機能と化学構造の関連性を解明した。
💻 バイオインフォマティクス
DOME Copilot: Making transparency and reproducibility for artificial intelligence methods simple
DOME Copilot は大規模言語モデルを活用して AI 手法の構造化レポートを自動抽出し、生命科学分野における AI 研究の透明性と再現性を簡素化する革新的なソリューションです。
💻 バイオインフォマティクス
Calibration of in-frame indel variant effect predictors for clinical variant classification
本論文は、臨床的変異分類におけるインフレーム挿入・欠失（indel）変異予測ツールの性能評価と、ACMG/AMP ガイドラインに基づく閾値の較正を行い、これらが臨床的価値を持つ一方でミスセンス変異予測ツールに比べて性能が低いことを明らかにしました。
💻 バイオインフォマティクス
Pan-cancer survival modeling reveals structural limits of genomic feature integration in immunotherapy outcomes
本論文は、多癌種コホートにおける免疫療法予後予測において、臨床変数が遺伝子特徴よりも支配的な役割を果たし、TMB などのゲノムデータの統合による予後予測性能の向上は限定的であることを示しています。