STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
STiLE は、組織マイクロアレイ（TMA）の各コアに細胞を自動的に割り当てるための画像非依存のツールであり、細胞重心座標のみを用いて空間トランスクリプトミクスプラットフォームのデアリヤリングを高精度かつ頑健に実行します。
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bioinformatics
1244 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Semantic-Aware Energy-Efficient Operation inSmart Capsule Endoscopy
本論文は、特徴量の類似性を検出指標とする深層学習アルゴリズムを提案し、臨床データとシミュレーションにより、送信電力と照明強度を大幅に削減しつつも高い異常検出率を維持することで、スマートカプセル内視鏡の電池寿命を 43% 以上延長できることを実証したものである。
ABAG-Rank: Improving Model Selection of AlphaFold Antibody-Antigen Complexes by Learning to Rank
本論文は、AlphaFold3 による抗体 - 抗原複合体の構造予測において、多数の候補モデルから高精度な構造を効率的に選別するための深層学習モデル「ABAG-Rank」を提案し、既存のスコアリング手法や深層学習ベースラインを大幅に上回る性能を実証したものである。
PhyloRNA: a database of RNA secondary structures with associated phylogenies
本論文は、RNA 二次構造と 5 つの分類システムに基づく系統分類情報を統合し、比較解析や系統駆動研究を支援するキュレーションされたメタデータベース「PhyloRNA」の紹介とその機能について述べています。
NOHIC: A PIPELINE FOR PLANT CONTIG SCAFFOLDING USING PERSONALIZED REFERENCES FROM PANGENOME GRAPHS
本論文は、パンゲノムグラフからターゲットに最適な合成参照配列（synref）を生成する「nohic-refpick」スクリプトを中核とした植物用コンティグ・スケフォールディングパイプライン「noHiC」を提案し、Hi-C 実験なしに高品質なアセンブリを実現する手法を確立したものである。
RiboBA: a bias-aware probabilistic framework for robust ORF identification across diverse ribosome profiling protocols
本研究は、ライブラリ構築中に生じるプロトコル由来のバイアスを明示的に考慮し、シミュレーションおよび細胞種特異的免疫ペプチドミクスデータを用いた検証を通じて、特に RNase I や MNase などの多様なプロトコルにおいて非標準的 ORF の同定精度と感度を向上させる確率的フレームワーク「RiboBA」を開発したことを報告しています。
ST-PARM: Pareto-Complete Inference-Time Alignment for Multi-Objective Protein Design
本論文は、ノイズのある評価下で多目的タンパク質設計におけるトレードオフを効率的に探索し、ユーザー指定のバランスに沿った非支配解を生成するための推論時アライメントフレームワーク「ST-PARM」を提案し、GFP や IL-6 ナノボディなどの実例において既存手法を上回るパレート被覆と制御性を示したものである。
G-VEP: GPU-Accelerated Variant Effect Prediction for Clinical Whole-Genome Sequencing Analysis
臨床的な全ゲノムシーケンシング解析における変異アノテーションのボトルネックを解消するため、GPU 並列処理を活用して VEP プラグインの実行時間を大幅に短縮し、臨床的有用性を維持した新しいフレームワーク「G-VEP」が開発されました。
An AI-Driven Decision-Support Tool for Triage of COVID-19 Patients Using Respiratory Microbiome Data
この論文は、呼吸器マイクロバイオームデータと臨床情報を統合して XGBoost などの機械学習モデルを構築し、COVID-19 患者の重症度や転帰を高精度に予測・トリアージするための AI 支援ツールの有効性を示したものである。
plsMD: A plasmid reconstruction tool from short-read assemblies
短リード配列データからのプラスミド完全再構成が困難であった既存の課題を克服し、Unicycler アセンブリと複数のデータベースを統合して高精度なプラスミド再構成を実現する新たなツール「plsMD」を開発し、抗菌薬耐性遺伝子の追跡や系統解析への応用を可能にした。