💻 バイオインフォマティクス
SpaceBender: Denoising Spatial Transcriptomics Data to Enhance Biological Signals
空間トランスクリプトミクスデータに存在するノイズを低減し、生物学的なシグナルを強化する新しい手法「SpaceBender」を開発し、その有効性をシミュレーションや生体内キメラ組織、さらにはサブセルレベルのデータを用いたケーススタディで実証した。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Tensor-Derived Similarity Networks for Characterising Spatial Patterns in Colorectal Cancer
この論文は、大腸癌の空間的組織を解析するためにテンソル分解に基づく類似性ネットワーク枠組みを提案し、実際の腫瘍組織がランダムな配置と比較して空間的制約によって構造化された分子パターンを示すことを実証しています。
💻 バイオインフォマティクス
Network-based integration of cross-dataset proteomic profiles using fold-change directionality
この論文は、異なる実験条件やプラットフォーム間での絶対値の比較が困難なプロテオミクスデータに対し、変化の方向性（アップ/ダウンレギュレーション）の一致度をネットワーク解析に活用することで、生物学的に意味のある統合分析を可能にする新しいフレームワークを提案し、抗がん剤ドキソルビシン処理と乳がんの進行段階との関連性を明らかにしたことを報告しています。
💻 バイオインフォマティクス
BioEngine: scalable execution and adaptation of bioimage AI through agent-readable interfaces
BioEngine は、ファウンデーションモデルやキュレーションされたリポジトリを生物学者がブラウザ上で AI エージェントに指示を与えるだけで、あらゆるハードウェア環境で実行・適応・拡張可能にするスケーラブルな実行および適応レイヤーです。
💻 バイオインフォマティクス
Agent-Guided Ranking Policy Improvement for Peptide Drug Candidate Prioritization
本論文は、複数のペプチド特性を評価する自動化されたポリシー探索エージェントが、従来の重み付き和スコアや NSGA-II などの手法よりも優れた候補選定順位付けを実現し、湿式実験前の候補絞り込みを効率化する手法を提案したことを報告しています。
💻 バイオインフォマティクス
Human-supervised Agentic AI for Hypothesis Generation and Experimental Assistance in Drug Repurposing
REMEDI4ALL コンソーシアムが開発したヒューマン・イン・ザ・ループ型の階層的多エージェント AI システム「RepurAgent」は、仮説生成から実験設計、データ分析、候補化合物の選定に至るまで、創薬リポジショニングの全ライフサイクルを支援し、急性骨髄性白血病や COVID-19、多発性スルファターゼ欠損症の事例において高い精度と効率を実証した。
💻 バイオインフォマティクス
Protein inverse folding through joint modeling of surface and backbone geometry
この論文は、タンパク質表面の幾何学情報を骨格構造と統合してモデル化する「Surleton」という逆フォールディングフレームワークを提案し、特に表面に露出したアミノ酸残基の予測精度を向上させることで、タンパク質逆フォールディングの性能を高めることを示しています。
💻 バイオインフォマティクス
A phylogenetic approach reveals evolutionary aspects and novel genes of bradyzoite conversion in Toxoplasma gondii
本論文は、系統解析を用いてトキソプラズマの緩慢期（ブラディゾイト）分化に関与するタンパク質を同定し、この過程が高度に保存された経路と、胞子形成寄生虫に特異的な新規経路の両方によって制御されていることを明らかにした。
💻 バイオインフォマティクス
HMCVelo: A Deterministic Model for Hydroxymethylation Velocity in Single Cells
本研究は、単細胞レベルのヒドロキシメチル化とメチル化の同時計測技術を活用し、DNA メチル化動態を初めて記述する決定論的モデル「HMCVelo」を提案し、従来の RNA ベロシティ法を上回る精度で細胞軌跡を推定可能にしたことを報告しています。
💻 バイオインフォマティクス
Closed-Loop Multi-Objective Optimization for Receptor-Selective Cell-Penetrating Peptide Design
本研究は、受容体ごとの結合スコアを明示的な目的関数として多目的最適化問題に組み込んだクローズドループ型計算フレームワークを開発し、CXCR4 と NRP1 に対して選択的な相互作用プロファイルを持つ細胞透過ペプチドの設計を成功させたことを示しています。