💻 バイオインフォマティクス
Deterministic retrieval recovers biomedical associations lost by language models
本論文は、LLM ベースのクエリ解釈と決定論的グラフベースの検索を組み合わせるオープンソースフレームワークである BioChirp を紹介し、従来の LLM ベースのシステムよりも高い再現性でより多くの生物医学的関連性を回復することを可能にします。
💻 Category
bioinformatics
1197 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Explainable Prototype Booster: Enhancing Latent Representations of Foundation Models for Gene Expression Prediction
本論文は、組織画像からの正確かつ解釈可能な遺伝子発現予測のために潜在表現を洗練させるために、基盤モデルに生物学的な事前知識を統合する「説明可能なプロトタイプブースター（EP-Booster）」という手法を導入し、それによって空間トランスクリプトミクスのコストと時間の制限を克服するものである。
💻 バイオインフォマティクス
PixelDeck: A local-first media library manager for biomedical imaging
PixelDeck は、標準的なハードウェア上で大規模な生物医学画像および動画コレクションの整理、重複排除、対話型ブラウジングを効率化するオープンソースのローカルファーストブラウザアプリケーションであり、再帰的インポート、SHA-256 による重複検出、非同期処理を備えたモジュラーアーキテクチャを採用しています。
💻 バイオインフォマティクス
Accurate ab initio gene prediction in eukaryotes with Tiberius in multiple clades
本論文は、系統特異的モデルを学習させることで多様な真核生物クレードにおいて最先端の精度と大幅に高速な実行時間を実現し、ゲノム注釈における現在のボトルネックを効果的に解決する深層学習に基づくアブ・イニシオ遺伝子予測ツールTiberiusを導入する。
💻 バイオインフォマティクス
Uniform pre-processing of bacterial single-cell RNA-seq
本論文は、オペロンや短い遺伝子長に起因する課題に対処し、微生物トランスクリプトミクスに対するスケーラブルな基盤を確立するために、細菌単細胞RNA-seqデータの効率的かつ正確で均一な前処理を可能にするようkallisto-bustoolsスイートを適応させたものである。
💻 バイオインフォマティクス
Modeling causal signal propagation in multi-omic factor space with COSMOS
この論文は、データ駆動型の多オミクス因子分析とメカニズムに基づく事前知識を統合する「COSMOS+」という手法を提案し、転写因子やキナーゼの活性、リガンド - レセプター相互作用を推定することで、乳がんの薬剤耐性などの複雑な疾患における因果的なシグナル伝達経路を解釈可能に特定する枠組みを提示しています。
💻 バイオインフォマティクス
Verticall: A fast and robust tool for recombination detection in large-scale bacterial genomic datasets
Verticall は、数百から数千に及ぶ大規模な細菌ゲノムデータセットにおいて、既存のツールよりも効率的かつ高精度に組換え領域を検出し、組換えを除去した系統樹を構築できる新しい非パラメトリック手法である。
💻 バイオインフォマティクス
Probabilistic coupling of cellular and microenvironmental heterogeneity by masked self-supervised learning
本論文は、マスク自己教師あり学習とトランスフォーマーアーキテクチャを活用した「Mievformer」というフレームワークを提案し、細胞状態と空間的マイクロ環境の確率的な結合を捉えることで、空間オミクスデータにおけるマイクロ環境の表現学習と生物学的発見を可能にすることを示しています。
💻 バイオインフォマティクス
Genomic dialects: How amino acid properties and the second codon base shape the informational accents of life
本研究は、1,406 種のアミノ酸使用偏倚（CUB）を「ゲノム方言」として分析し、アミノ酸の物理化学的性質（特に Saier の第二コドン塩基分類）が翻訳の忠実度やタンパク質の安定性という制約下で CUB を決定し、これが系統関係ではなく機能的な「情報アクセント」を形成していることを示しました。
💻 バイオインフォマティクス
Efficient and scalable modelling of cotranscriptional RNA folding with deterministic and iterative RNA structure sampling
本研究では、確率的サンプリングや既存のサブオプティマル法の問題点を克服し、RNA 二次構造を自由エネルギーの昇順で排他的かつ効率的に列挙する決定論的フレームワーク「反復サンプリング」を開発し、これにより転写中の RNA フォルディングにおける非平衡構造の解析や実験データとの整合性向上を実現したことを報告しています。