Efficient protein structure prediction fromcompact computers to datacenters withOpenFold-TRT
本論文は、OpenFold と TensorRT の組み合わせによる深層学習推論の高速化技術を紹介し、コンパクトなシステムからデータセンターまで、精度を損なうことなく AlphaFold2 より最大 131 倍高速なタンパク質構造予測を実現することを示しています。
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bioinformatics
1244 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Resistance to Pyrethroids in Aedes aegypti: Insights into Transcriptomic Response to Different Insecticide Concentrations Transcriptomic responses of Aedes aegypti to insecticide concentrations
この論文は、コロンビア産のデング媒介蚊（Aedes aegypti）において、ピレスロイド系殺虫剤の種類（ペルメトリンとラムダシハロトリン）および濃度によって、kdr 変異や解毒酵素に加え、ミトコンドリア機能、酸化ストレス応答、あるいはクチクル形成など、異なる転写応答と耐性メカニズムが誘導されることを示し、ベクター制御における薬剤選択と濃度設定の重要性を浮き彫りにしています。
stMCP: Spatial Transcriptomics with a Model Context Protocol Server
本論文は、大規模言語モデルへのデータ送信を不要とし、プライバシーとコストを削減しながら自然言語による空間トランスクリプトミクス解析を可能にする「stMCP」という新しいフレームワークを提案し、研究者のデータ探索と仮説検証を加速する AI ネイティブな研究基盤の確立を目指しています。
A Multi-Omics Processing Pipeline (MOPP) for Extracting Taxonomic and Functional Insights from Metaribosome Profiling (metaRibo-Seq) data
本論文は、メタリボソームプロファイリング（metaRibo-Seq）データにおける非特異的マッピング問題を解決し、整合したメタゲノムデータを活用して微生物群集のゲノム、転写、翻訳の各層にわたる正確な分類学的・機能的洞察を抽出するためのモジュール型処理パイプライン「MOPP」を開発し、その有効性を合成ヒト腸内細菌叢を用いて実証したものである。
Comprehensive long-read transcriptome analysis uncovers alternative RNA processing feature and isoform diversity in ovarian cancer progression
本研究は、長鎖 RNA シーケンシングを用いて卵巣癌の進行に伴う包括的なアイソフォーム・アトラスを構築し、従来の手法では検出困難な転写後処理の動的変化や臨床的意義を持つ新規アイソフォームの多様性を解明した。
DisGeneFormer: Precise Disease Gene Prioritization by Integrating Local and Global Graph Attention
本論文は、臨床的に実用的な短い候補リストを提供するため、局所的および全球的なグラフ注意機構を統合したエンドツーエンドの疾患遺伝子優先順位付けパイプライン「DisGeneFormer」を提案し、既存手法を大幅に上回る性能を実証したものである。
ProteinMCP: An Agentic AI Framework for Autonomous Protein Engineering
ProteinMCP は、38 の専門ツールを統合し既存ソフトウェアを自動変換するエージェント型 AI フレームワークであり、タンパク質設計のワークフローを大幅に高速化・民主化し、高親和性結合体や治療用ナノボディの自律的な設計を可能にします。
Evidence of off-target probe binding affecting 10x Genomics Xenium gene panels compromise accuracy of spatial transcriptomic profiling
10x Genomics Xenium 技術においてプローブのオフターゲット結合が遺伝子発現プロファイルの精度を損なう可能性を明らかにし、新規解析ツール「OPT」を開発してその影響を検証・評価する手法を提案することで、空間トランスクリプトミクスデータの生物学的解釈性と再現性を向上させることを目的とした研究です。
Facilitating genome annotation using ANNEXA and long-read RNA sequencing
本研究は、長鎖 RNA シーケンシングデータを用いてゲノムアノテーションを改善し、品質管理や新規遺伝子の同定を可能にするオープンソースパイプライン「ANNEXA」の更新版を提示し、ヒトとイヌのがん細胞線における比較腫瘍学研究を通じてその有用性を実証したものである。
Limits of deep-learning-based RNA prediction methods
この論文は、最新の深層学習を用いた RNA 構造予測手法が既知の構造や規則的な二次構造を持つ RNA では一定の精度を示すものの、新規な折りたたみ構造への汎化能力やモデルの精度評価の信頼性に限界があることを、独立したベンチマークを通じて明らかにしたものである。