1018 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
本論文は、疾患の病態生物学や薬の作用機序モデルを可視化・探索・共有するための、豊富な機能と直感的なインターフェースを備えたブラウザベースのツール「Graph Lens Lite」の開発を報告しています。
ToxiVerse は、化学毒性評価の効率化と動物実験の代替を目的として、キュレーションされた毒性データセット、自動生体プロファイリング機能、そしてプログラミング知識がなくても利用可能なカスタマイズ可能な QSAR 予測モデルを統合した、無料でアクセス可能な Web プラットフォームです。
本論文は、G タンパク質共役受容体（GPCR）を標的とした生成型ペプチド設計手法のベンチマークを行い、生成モデルが骨格構造を適切にサンプリングできる一方で、設計の妥当性を評価するスコアリング手法が信頼性を過大評価し、有効な設計と無効な設計を区別できないという根本的な課題を明らかにした。
本論文は、バッチ補正された潜在空間における柔軟な近傍グラフの多重化により、100 以上のサンプルにわたる大規模な脳アトラス整合性、3 次元がん組織構造の安定な再構築、およびマルチモーダルデータの統合を実現し、専用ツールを上回るモジュール性とスケーラビリティを scverse との互換性を持って提供する「SpatialLeiden」アルゴリズムの拡張を報告しています。
HMM-Flagger はリードカバレッジに基づく参照フリーの隠れマルコフモデルを用いてハプロタイプ解決ゲノムアセンブリの構造的誤りを検出するツールであり、合成データおよび HG002 や HPRC などの実データにおける誤り検出能力とアセンブリ品質の向上を評価した。
本論文では、タンデム質量スペクトルデータを直接比較してアノテーションを不要とし、タンパク質や代謝物などの分子表現型から進化的関係や細胞タイプを推定するスケーラブルな計算ツール「TreeMS2」を開発し、従来の遺伝子ベースの系統樹との比較を通じて分子表現型の進化史と機能適応の乖離を可視化する新たな枠組みを提示しました。
本論文は、多遺伝子データから種系統樹を推定する際に、既存の最尤法やベイズ法よりも高速でありながら、統計的一貫性と高い精度を維持する新しい距離法「STEQ」を提案し、シミュレーションおよび実データによる評価でその有効性を示したものである。
この論文は、深層学習を統合した赤外分光法とラマン分光法を用いることで、従来の手法に比べて迅速かつ非破壊的に DNA 断片の長さ分布を高精度に定量できる新しい手法を確立したことを報告しています。
この論文は、進化的埋め込みとグラフ注意ネットワークを統合し、説明可能な AI フレームワーク「APEX」を開発することで、病原体の必須性予測から構造ベースの阻害剤設計までをエンドツーエンドで可能にする画期的な手法を提案しています。
本論文は、遺伝子制御ネットワークに着想を得た Linformer 型アテンション機構と低ランク適応モジュールを採用し、マルチオミクス単細胞データから細胞状態や発現動態を効率的に学習・表現するスケーラブルかつ解釈可能なトランスフォーマーモデル「scDynOmics」を提案し、細胞分類や発生軌道の解明において最先端の性能を示すことを報告しています。