💻 バイオインフォマティクス
Stoic: Fast and accurate protein stoichiometry prediction
この論文は、タンパク質言語モデルの埋め込みとグラフニューラルネットワークを活用して、タンパク質複合体の化学量論（構成タンパク質の分子数）を高速かつ高精度に予測する新しい手法「Stoic」を提案しています。
💻 Category
bioinformatics
1199 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
PepCABO: Latent-space Bayesian optimization for peptide-MHC binding using contrastive alignment
本論文は、対照的アライメントを用いた潜在空間ベイズ最適化フレームワーク「PepCABO」を提案し、複数の MHC アレル間での知識転移を可能にすることで、限られた実験予算下でもペプチド -MHC 結合の効率的な最適化を実現することを示しています。
💻 バイオインフォマティクス
Introducing non-enzymatic crosslinks into atomistic simulations of collagen fibrils
この論文では、老化や糖尿病の合併症に関与する非酵素的な糖化終末産物（AGE）架橋を原子レベルのコラーゲン原線維モデルに組み込むための ColBuilder フレームワークの拡張版を提案し、そのパラメータの妥当性を検証するとともに、酵素架橋との機械的応答の違いを実証しています。
💻 バイオインフォマティクス
Scaling the PBWT for Long-Range Shared Ancestry Detection in Large Haplotype Panels
この論文は、大規模なハプロタイプパネルにおいて、単一の圧縮インデックス上で任意の（k, L）閾値を適用して生物学的に意味のある長距離共有祖先領域を効率的に検出する新アルゴリズム「PBML」を提案し、既存手法よりも大幅に高速かつメモリ効率よく動作することを示しています。
💻 バイオインフォマティクス
Bayesian AMMI-Based Simulation of Genotype x Environment Interactions
この論文は、高スループットな環境共分散行列を活用して遺伝子型と環境の相互作用（GEI）に解釈可能な方向性構造を持たせる「ベイズ AMMI ベースの GEI シミュレーション枠組み」を提案し、その有効性を検証したものである。
💻 バイオインフォマティクス
Efficient protein structure prediction fromcompact computers to datacenters withOpenFold-TRT
本論文は、OpenFold と TensorRT の組み合わせによる深層学習推論の高速化技術を紹介し、コンパクトなシステムからデータセンターまで、精度を損なうことなく AlphaFold2 より最大 131 倍高速なタンパク質構造予測を実現することを示しています。
💻 バイオインフォマティクス
Resistance to Pyrethroids in Aedes aegypti: Insights into Transcriptomic Response to Different Insecticide Concentrations Transcriptomic responses of Aedes aegypti to insecticide concentrations
この論文は、コロンビア産のデング媒介蚊（Aedes aegypti）において、ピレスロイド系殺虫剤の種類（ペルメトリンとラムダシハロトリン）および濃度によって、kdr 変異や解毒酵素に加え、ミトコンドリア機能、酸化ストレス応答、あるいはクチクル形成など、異なる転写応答と耐性メカニズムが誘導されることを示し、ベクター制御における薬剤選択と濃度設定の重要性を浮き彫りにしています。
💻 バイオインフォマティクス
stMCP: Spatial Transcriptomics with a Model Context Protocol Server
本論文は、大規模言語モデルへのデータ送信を不要とし、プライバシーとコストを削減しながら自然言語による空間トランスクリプトミクス解析を可能にする「stMCP」という新しいフレームワークを提案し、研究者のデータ探索と仮説検証を加速する AI ネイティブな研究基盤の確立を目指しています。
💻 バイオインフォマティクス
Evidence of off-target probe binding affecting 10x Genomics Xenium gene panels compromise accuracy of spatial transcriptomic profiling
10x Genomics Xenium 技術においてプローブのオフターゲット結合が遺伝子発現プロファイルの精度を損なう可能性を明らかにし、新規解析ツール「OPT」を開発してその影響を検証・評価する手法を提案することで、空間トランスクリプトミクスデータの生物学的解釈性と再現性を向上させることを目的とした研究です。
💻 バイオインフォマティクス
Limits of deep-learning-based RNA prediction methods
この論文は、最新の深層学習を用いた RNA 構造予測手法が既知の構造や規則的な二次構造を持つ RNA では一定の精度を示すものの、新規な折りたたみ構造への汎化能力やモデルの精度評価の信頼性に限界があることを、独立したベンチマークを通じて明らかにしたものである。