Assessment of Generative De Novo Peptide Design Methods for G Protein-Coupled Receptors
本論文は、G タンパク質共役受容体（GPCR）を標的とした生成型ペプチド設計手法のベンチマークを行い、生成モデルが骨格構造を適切にサンプリングできる一方で、設計の妥当性を評価するスコアリング手法が信頼性を過大評価し、有効な設計と無効な設計を区別できないという根本的な課題を明らかにした。
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bioinformatics
1250 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
Benchmarking niche identification via domain segmentation for spatial transcriptomics data
本論文は、空間トランスクリプトミクスデータにおける機能的ニッチの同定が従来のドメイン分割アルゴリズムでは困難であることを示し、主要な機能性細胞系統の戦略的重み付けによってその精度を向上させる必要性を提唱しています。
SPATIALLY PATTERNED PODOCYTE STATE TRANSITIONS COORDINATE AGING OF THE GLOMERULUS
単核 RNA シーケンシングを用いた研究により、加齢に伴う糸球体の老化は細胞種や腎臓の領域（特に髄質近傍）によって異なる状態遷移を示し、特にポドサイトにおいて炎症や老化シグナルが選択的かつ協調的に現れることが明らかになった。
Atlas-scale spatially aware clustering with support for 3D and multimodal data using SpatialLeiden
本論文は、バッチ補正された潜在空間における柔軟な近傍グラフの多重化により、100 以上のサンプルにわたる大規模な脳アトラス整合性、3 次元がん組織構造の安定な再構築、およびマルチモーダルデータの統合を実現し、専用ツールを上回るモジュール性とスケーラビリティを scverse との互換性を持って提供する「SpatialLeiden」アルゴリズムの拡張を報告しています。
Evaluation of deep learning tools for chromatin contact prediction
本研究は、5 つの Hi-C 予測モデルを包括的にベンチマークし、Epiphany が最も優れた性能を示すとともに、CTCF 結合やクロマチン共アクセス性などのエピゲノム特徴が予測精度の主要な駆動因子であることを明らかにした。
A Query-to-Dashboard Framework for Reproducible PubMed-Scale Bibliometrics and Trend Intelligence
この論文は、PubMed の大規模文献データをプログラムで取得・分析し、可視化ダッシュボードを通じて研究動向やギャップを特定するための再現性のあるフレームワーク「PubMed Atlas」を提案し、がん幹細胞生物学などの分野での応用例を示したものである。
Evaluating genome assemblies with HMM-Flagger
HMM-Flagger はリードカバレッジに基づく参照フリーの隠れマルコフモデルを用いてハプロタイプ解決ゲノムアセンブリの構造的誤りを検出するツールであり、合成データおよび HG002 や HPRC などの実データにおける誤り検出能力とアセンブリ品質の向上を評価した。
Scalable mass-spectrometry-based molecular phylogeny with TreeMS2
本論文では、タンデム質量スペクトルデータを直接比較してアノテーションを不要とし、タンパク質や代謝物などの分子表現型から進化的関係や細胞タイプを推定するスケーラブルな計算ツール「TreeMS2」を開発し、従来の遺伝子ベースの系統樹との比較を通じて分子表現型の進化史と機能適応の乖離を可視化する新たな枠組みを提示しました。
Density-guided AlphaFold3 uncovers unmodelled conformations in β2-microglobulin
本論文は、電子密度ガイダンス付き AlphaFold3 を用いることで、従来の結晶構造解析では見逃されていたβ2-ミクログロブリンのコンフォメーション多様性を系統的に解明し、結晶パッキングがその検出に与える影響を明らかにしたことを示しています。
Prediction and analysis of new HisKA-like domains
本研究は、ヒスチジンキナーゼの欠損ドメインを持つ不完全なタンパク質を網羅的に解析し、既知の HisKA ドメインと構造的・機能的に類似した新たな 18 種類のプロファイルを同定することで、原核生物のシグナル伝達経路の注記精度向上に貢献するものです。