Validating folding energy estimates as a method for variant interpretation
本研究では、FoldX を用いた完全自動化パイプラインによる大規模実験データの体系的な分析を通じて、絶対的な相関係数が低くても実験値と理論値の間に明確な線形関係が存在し、外れ値の特定と異なる構造からの推定値の集約によって予測精度を向上できることを示し、変異解釈における折りたたみエネルギー推定の有効性を検証しました。
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biophysics
613 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
Social Information Quality and Environmental Volatility Shape Collective Foraging Behavior
マルチエージェント強化学習を用いた空間明示モデルによる研究は、社会的情報の質（位置情報などの低品質か報酬情報などの高品質か）と環境変動性が、個体の探索と社会的情報利用のバランスを通じて集団採餌行動の形成を決定づけることを明らかにしました。
Robust ciliary flows protect early Xenopus embryos from pathogens independent of multiciliated cell patterning
Xenopus 胚の多毛細胞の規則的な配列はエネルギー効率の最適化ではなく、免疫系が成熟する前に病原体から胚を保護するための「機能の頑健性」を確保するために進化しており、病原体の除去効率は主に繊毛の平均的な速度によって決定され、細胞密度や空間配置の多少の変動にはあまり影響されないことが、実験と計算流体力学シミュレーションの組み合わせによって示されました。
Absorption dipole effects on MINFLUX single molecule localization
本論文は、MINFLUX 法における固定された吸収双極子の傾きや光学収差が局在化に系統的な誤差をもたらすことをシミュレーションで明らかにし、測定パターンを六角形にすることや探査領域を反復的に縮小させることでこれらのバイアスを低減または排除できることを示しています。
Energy-precision trade-off in mitotic oscillators revealed by ATP modulation in artificial cells
本研究では、人工細胞プラットフォームを用いてミトーシス振動子を再構成し、ATP 濃度を精密に制御することで、エネルギー消費と時間的精度のトレードオフを実証するとともに、胚性細胞周期が最大精度ではなく速度と正確性のバランスをとる代謝的妥協点に最適化されていることを明らかにしました。
G-screen: Scalable Receptor-Aware Virtual Screening through Flexible Ligand Alignment
本論文は、参照複合体構造が利用可能な場合に、リガンドの柔軟な全体的アライメントと受容体認識ファーマコフォア評価を組み合わせることで、ドッキング法の構造的情報を保持しつつリガンドベース法の高速性を実現し、超大規模化学ライブラリからの候補分子選別を可能にするスケーラブルな仮想スクリーニング手法「G-screen」を提案するものである。
Characterizing the Impact of Nucleoid-Associated Proteins on HU-DNA Interactions by Live-Cell Single-Molecule Tracking
本研究は、大腸菌の成長段階に応じてDpsやH-NSといった核様体関連タンパク質がHUタンパク質の動態や核様体の構造再編成にどのように影響を与えるかを、生細胞における単一分子追跡技術を用いて解明したものである。
Introducing a fusogenicity metric for lipid nanoparticle formulation
この論文では、小角 X 線散乱を用いて脂質ナノ粒子（LNP）の膜融合能を定量化する新しい指標「Q」を導入し、これが従来の自発曲率を反映するとともに蛍光融合アッセイや低温電子顕微鏡による検証で LNP の融合能力と相関することが示されました。
Rupture-Repair Cycles in Regenerating Hydra Tissues
この論文は、ヒドラの再生組織において、細胞間コミュニケーションや伸展活性化カルシウムチャネルを介したカルシウム応答が、破裂の規模分布を指数関数的な特性から臨界状態を示すべき乗則へと変化させる制御軸として機能し、破壊と修復のサイクルを調節していることを明らかにしたものである。
Myristoylation licenses disordered viral VP4 protein to anchor to and perforate the membrane through phase separation
本研究は、コクサッキーウイルス B3 の VP4 蛋白質がミリストイル化によって膜への結合、液 - 液相分離による凝縮体の形成、および膜穿孔の促進という階層的な役割を果たし、無秩序な蛋白質が単一の脂質修飾によって膜を物理的に破壊する新たなパラダイムを確立したことを示しています。