Allosteric Inhibition of NDM-1 by Thanatin Preserves the Di-Zinc Center While Restricting Dynamics
本論文は、Thanatin が NDM-1 酵素のジ亜鉛中心を保持したまま、触媒ループの動的な柔軟性を制限するアロステリック阻害機構によってカルバペネム耐性を抑制することを、高解像度 NMR や分子動力学シミュレーションなどの手法を用いて初めて解明したことを示しています。
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biophysics
613 件の論文
生命の謎を物理の法則で解き明かすのが生物物理学です。細胞の動きからタンパク質の形まで、目に見えない微观の世界を数式や実験で可視化し、生きている現象そのものを理解しようとする分野です。
Gist.Science は、この分野の最新研究成果を bioRxiv から収集し、すべてを網羅的に処理しています。専門用語の壁を越えるため、各論文の平易な要約と、技術的な詳細なまとめの両方を提供し、誰でも最新の知見に触れられるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された生物物理学の論文一覧を掲載します。最新の発見をぜひご確認ください。
Time-Resolved Single-Molecule FRET Reveals Length-Dependent Nucleosome Decompaction by Poly(ADP-ribose)
本論文は、液滴ベースのマイクロ流体技術と単一分子 FRET を組み合わせることで、ポリ（ADP-リボース）の鎖長がヒストン尾部と DNA の結合競合を通じて核小体の脱凝集を制御する動的メカニズムを解明し、DNA 修復におけるクロマチン可塑性の鍵となる因子を特定しました。
Computational Analysis of Microtubule-Mediated Saltatory Neuroelectrical Transmission
この論文は、軸索内の微小管が細胞質の陽イオン結合を介して自由電子を伝導する「準超伝導」メカニズムを計算機解析でモデル化し、神経インパルスの跳躍伝導の新たな説明と室温超伝導材料の設計指針を提供するものである。
Integrating Segmental Deuteration iCM-SANS with SAXS and MD for Dynamical Analysis of Multi-domain Proteins
本研究では、高効率な多段階タンパク質リガーゼ法を用いたセグメント重水素化と逆コントラストマッチングSANSおよびSAXSを統合する新規プロトコルを開発し、これによりマルチドメインタンパク質のドメイン選択的構造情報を得て、分子動力学シミュレーションで得られるコンフォメーションアンサンブルの識別精度を大幅に向上させることに成功しました。
Crowder-specific modulation of hepatitis C virus NS3/4A protease activity and local structural dynamics
本論文は、ポリエチレングリコール、フィコール、デキストラン、リゾチームといった異なるマクロ分子混雑環境が、C 型肝炎ウイルス NS3/4A プロテアーゼの局所構造ダイナミクスに特異的に作用し、触媒活性を異なった様式で調節することを明らかにしたものである。
The Cytochrome b m.14849T>C (S35P) Variant Induces Structural and Dynamic Alterations in the Heme bL Microenvironment in Multisystem Disease
本論文は、分子動力学シミュレーションを用いて、ミトコンドリア疾患に関連する MT-CYB 遺伝子の変異 m.14849T>C（p.Ser35Pro）が、タンパク質全体の安定性を損なうことなく、ヘム bL の局所微環境や動的挙動に変化をもたらすことで機能に悪影響を及ぼす可能性を明らかにしたものである。
Synaptic spine head morphodynamics from graph grammar rules for actin dynamics
この論文では、動的グラフ文法を用いてシナプス棘頭の形態動態をモデル化し、アクチン結合タンパク質がその形態に及ぼす影響をシミュレーションによって解明した。
Oligo DNA-based quantum dot (QD) single-particle tracking for multicolor single-molecule imaging
本研究は、配列特異的な DNA ハイブリダイゼーションを利用した量子ドット（QD）の標識法を開発し、生細胞膜上の脂質とタンパク質を同時に多色で追跡する単一分子イメージングを可能にしたことを報告しています。
Spatial resource dynamics control resistance escape
この論文は、間欠的な治療パルスが資源環境を一時的に変化させ耐性変異体の空間的拘束からの脱出を可能にするメカニズムを解明し、シミュレーションと実験の連携を通じて耐性進化を制御する最適な治療スケジュールを確立したことを示しています。
Activated kinesin-1 assembles into a dimer-of-dimers
本論文は、神経特異的なキネシン -1（KIF5C）が、自己抑制の解除により可逆的に二量体からテトラマーへと会合し、これがモーターの走行距離や結合頻度を増加させる新たな調節機構であることを明らかにした。