Bacterial Stress Responses Lower mRNA-Protein Level Correlations
本研究は、サルモネラ、yersinia、黄色ブドウ球菌の 3 種の人病原菌を対象に、10 種類の感染関連ストレス条件下でトランスクリプトームとプロテオームデータを統合解析し、ストレス応答が mRNA とタンパク質レベルの相関を低下させ、特に必須遺伝子や翻訳調節を介した適応メカニズムが病原菌の生存に重要であることを明らかにしました。
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microbiology
829 件の論文
Integrated epidemiological and genomic analysis of some respiratory Bovine Coronavirus isolates reveals circulation of GIIb strains and ongoing viral evolution in U.S. Cattle (2020-2025)
この研究は、2020 年から 2025 年にかけて米国で収集された 4,505 件の呼吸器系サンプルを解析し、牛コロナウイルス（BCoV）の陽性率が子牛で高く、検出されたすべての株が GIIb 遺伝子型に分類され、構造的および非構造的タンパク質に変異が認められるなど、米国における呼吸器系 BCoV の流行動態とゲノム進化を包括的に解明したものである。
Comprehensive analysis of air and surface hospital microbiomes uncovers potential hotspots and avenues for transmission of diverse pathogens linked to hospital-acquired infections
この研究は、低バイオマスに最適化された迅速なメタゲノム解析を用いて英国の病院における空気および表面の微生物叢を包括的に分析し、多様な病原性微生物、抗菌薬耐性遺伝子、およびそれらの水平伝播の潜在性を特定することで、医療関連感染症の監視と制御における環境サンプリングの重要性を明らかにしたものである。
The Pseudogymnoascus destructans Proteome Under Copper Stress Conditions
この論文は、コウモリ白鼻症の原因菌である Pseudogymnoascus destructans における銅ストレス下でのプロテオーム全体の変化を網羅的に解析し、銅欠乏ストレスが高親和性銅獲得タンパク質やミトコンドリア関連タンパク質の発現を変化させる一方、銅過剰ストレスはゲノム安定性や基礎代謝に関連するタンパク質に影響を与えることを明らかにし、さらに銅欠乏ストレスをウェスタンブロットで検出可能な抗体製品を評価したものである。
Abundance-activity decoupling in sulfur-cycling bacteria reflects viral infection types in meromictic lakes
メロミクティック湖における紫色および緑色硫黄細菌の存在量と代謝活性の乖離は、それぞれ溶原性ウイルスと裂解性ウイルスという感染様式の相違に起因し、これが湖の硫黄循環や地質記録に残るバイオシグナルの解釈に影響を与えることが、メタオミクス解析とウイルス - 宿主リンク技術の統合により明らかになった。
Antarctic marine microplastics reveals environmental persistence and rapid evolution of Candida auris
南極の海洋マイクロプラスチックから初めて Candida auris が単離され、その耐性獲得や世界的な系統の急速な進化には、変異率の上昇をもたらす「変異体表現型」が重要な役割を果たしていることが示されました。
Uncovering the Role of the scs Pilus Within the Complex Surface Architecture of Stenotrophomonas maltophilia
本論文は、多剤耐性菌 Stenotrophomonas maltophilia において、scs 遺伝子座が単独では顕著な影響を与えないものの、他の繊毛系や感染環境との相互作用において付着や病原性の調節に文脈依存性の役割を果たすことを明らかにした。
Phoronids and their tubes harbor distinct microbiomes compared to surrounding sediment
本論文は、16S rRNA 遺伝子アンプリコンおよびメタゲノム解析を用いて、ホウロウムシ（Phoronopsis harmeri）とその管が周囲の堆積物とは明確に異なる微生物叢を形成し、硫黄循環に関与する可能性を示唆する基礎的な知見を提供したものである。
A genomic resource for exploring bacterial-viral dynamics in seagrass ecosystems
本論文は、海草（Zostera marina）の葉からメタゲノム解析を用いて細菌とファージのゲノムカタログを構築し、これらが炭素循環に関与する可能性を示すことで、海草生態系における細菌 - ウイルス相互作用の理解と青い炭素管理への貢献を可能にした。
Genomic streamlining of seagrass-associated Colletotrichum sp. may be related to its adaptation to a marine monocot host
本論文は、海草（Zostera marina）から単離された Colletotrichum sp. CLE4 のゲノム解析を通じて、そのゲノム縮小と遺伝子ファミリーの欠失が海洋生態系への適応（海草特異的なニッチ）に関連している可能性を示し、同菌が半生物寄生菌としての生活環を持つと予測されることを明らかにした。
Eukaryotic MAGs recovered from deep metagenomic sequencing of the seagrass, Zostera marina, include a novel chytrid in the order Lobulomycetales
この研究では、海草（Zostera marina）の葉からメタゲノム解析を用いて 5 つの真核生物 MAGs を回収し、特に Lobulomycetales 目に属する新規なキトリッド菌のゲノムを解読することで、宿主認識や相互作用に関わる遺伝子ファミリーの豊富さや共生の可能性を明らかにし、海草生態系における真菌および微生物真核生物の役割理解を深めました。
Ligand binding represses bacterial histidine kinase activity by inhibiting its dimerization
本論文は、Mycobacterium tuberculosis の PdtaS 組換え系において、銅や一酸化窒素といった化学的に多様なリガンドが、PdtaS の二量体化を阻害することでキナーゼ活性を抑制し、多様なシグナル感知を実現していることを明らかにしたものである。
Integration of Bioinformatics and Machine Learning to Characterize Fusobacterium nucleatum's Pathogenicity
本論文は、バイオインフォマティクスと機械学習を統合したパイプラインを用いて、大腸癌や口腔癌との関連が指摘されている Fusobacterium nucleatum の病原性島を同定し、溶血素を介した鉄獲得メカニズムが酸化ストレスや Hippo 経路を介して癌を促進するという仮説を提唱したものである。
Systematic Characterization of PBP2 as the Primary Siderophore Recognizer in Actinomycetes and Other Gram-Positive Bacteria
本論文は、ゲノムマイニングや共進化解析、構造モデリングを統合した包括的な解析を通じて、グラム陽性菌においてペリプラ BP_2 亜型の PBP2 が主要なシデロフォール認識因子であることを明らかにし、グラム陰性菌との鉄獲得機構の決定的な相違を解明した。
A divergent Plasmodium NEK4 acts as a key regulator driving the early events of meiosis
本論文は、マラリア原虫Plasmodiumにおいて、NEK4 酵素が受精直後の減数分裂開始と子嚢（オオキネート）の形態形成を連動させる主要な調節因子であり、その欠損は細胞骨格の構築や核移動の停止を通じて発生を完全に阻害することを明らかにした。
Quantifying antibiotic susceptibility and inoculum effects using transient dynamics of Pseudomonas aeruginosa
本研究は、Pseudomonas aeruginosa の高解像度時間経過データを用いて、従来の感受性指標が見過ごしている過渡的動態と接種量依存効果を定量化する新しい計算パイプラインを開発し、集団動態を記述する微分方程式モデルの特定と、異なる動態領域を分類する新規指標の提案を実現した。
A survey of bacterial and fungal communities of table olives.
本論文は、6 か国 40 生産者から収集した 363 件のサンプルを用いた大規模調査を通じて、製法（アルカリ処理対自然発酵）が微生物群集の構造を支配する主要因子である一方、同一品種内や同一生産者内における確率的な定着や小規模発酵槽の使用による変動が品種固有の微生物シグナルを不明瞭にし、AMPlicon 解析による PDO 品種の識別を困難にしていることを明らかにし、未開拓の発酵 starter 及び風味開発の基盤を提供したものである。
Identification of Human Gut Microbiome Derived Peptides Targeting Biofilm Specific Lectin Proteins of Pseudomonas aeruginosa
本研究は、ヒト腸内細菌叢由来の抗菌ペプチドが、Pseudomonas aeruginosa のバイオフィルム形成に不可欠なレクチン（LecA/LecB）を阻害し、細胞膜や EPS 基質を損傷させることでバイオフィルムを効果的に破壊することを、計算機シミュレーションと実験的検証を通じて実証したものである。
Pregnancy and Early-Life Gut Virome in the Lifelines NEXT cohort:Origin, Persistence, Influencing Factors and Health Implications
オランダの Lifelines NEXT コホートを用いた大規模研究により、母体腸内ウイルス叢が分娩・授乳様式などの要因の影響を受けながら新生児へ伝播し、食物アレルギーとの関連や長期的な持続性を支える遺伝的戦略が明らかになりました。
Limitations of inferring antiviral efficacy of interfering particles from observational natural histories
この論文は、自然発生的な欠損 HIV ゲノムに関する最近の観察研究が治療的干渉粒子（TIPs）の有効性を否定する根拠として不適切であり、報告された基本再生産数（R0）の測定値に内部矛盾があるほか、既存のメカニズムでも同様の現象を説明可能であることを示しています。