GradeBins: a comprehensive framework to augment metagenomic bin quality control
メタゲノムビニングの品質管理を包括的に支援するオープンソースフレームワーク「GradeBins」は、推定モードと正解ラベルモードの 2 つの実行方式を通じて、細菌・古細菌・真核生物を含む多様な環境サンプルにおけるビンの完全性や汚染度を標準化して評価し、手法の比較や品質報告の再現性を可能にします。
🦠 Category
microbiology
829 件の論文
GM-CSF and M-CSF Driven Differentiation Differentially Regulates Chikungunya Virus Infection and Antiviral Responses in Human Monocyte-Derived Macrophages
GM-CSF による分化はマクロファージのチクングニアウイルス感染を許容するのに対し、M-CSF による分化は dsRNA 感知を介した抗ウイルス応答を誘導して感染を抑制し、マクロファージの分化様式がウイルス感受性と免疫応答の決定要因となることを示しました。
Thalassoporum longitrichum sp. nov., a marine epizoic cyanobacterium with anti-inflammatory potential, and the taxonomic reassessment of Limnothrix Meffert
本論文は、ポルトガルの海洋スポンジから単離された新規種 Thalassoporum longitrichum の多面的な同定と抗炎症活性の報告、ならびに Pseudanabaena 属と Limnothrix 属の同一性を確認し Limnothrix を Pseudanabaena のシノニムとする分類学的再評価を記述している。
Arp2/3 complex-dependent actin remodeling is required for efficient RSV uncoating in A549 cells
本研究は、A549 細胞における Arp2/3 複合体依存的な分枝アクチンネットワークが、RSV ウイルスの細胞内への吸着や取り込みではなく、特にウイルスの脱殻効率を高めるために不可欠であることを明らかにした。
DropletFactory CORE - a droplet cytometry and sorting platform for fast and accessible screening in biotechnology
本論文は、酵母細胞の蛍光シグナルに基づく単一細胞スクリーニングを可能にする安価でアクセスしやすい液滴細胞計測・分選プラットフォーム「DropletFactory CORE」を開発し、バイオテクノロジー分野における高スループットスクリーニングの民主化を推進したことを報告しています。
Preliminary stability studies of a ss-SARS-CoV-2 virus-like particle vaccine
本研究では、ポリソルベート 80、ソルビトール、L-ヒスチジンなどの安定化添加剤を用いることで、4℃での 14 日間および -80℃での 2 年間という長期にわたり、β-SARS-CoV-2 ウイルス様粒子ワクチンの構造と免疫原性を維持できることを示しました。
Rapid and Interpretable AMR Diagnostics via Genomics and Cell Painting using Differential Geometry-based Directed-Simplicial Neural Networks on Multimodal Data
この論文は、ゲノムデータと細胞形態データを統合し、微分幾何学に基づく有向単体ニューラルネットワーク（Dg Dir SNNs）を用いて、抗菌薬耐性（AMR）の迅速かつ解釈可能な予測と生物学的メカニズムの解明を目指す計算フレームワークを提案しています。
Bile acid dependent attenuation of toxin mediated disease is independent of colonization resistance against C. difficile
この論文は、C. difficile 感染症の予防において、栄養競争ではなく二次胆汁酸代謝が毒素媒介性の疾患を軽減する独立した主要なメカニズムであることを示しています。
Species-specific prophage induction by ciprofloxacin in human gut metagenomes
この研究は、メタゲノム解析を用いてヒト腸内微生物叢を調査した結果、抗生物質によるプロファージ誘導は微生物叢全体で普遍的に起こるわけではないが、シプロフロキサシンが特定の細菌種において誘導を引き起こすことを実証した。
Hypophosphite is a naturally-occurring selective inhibitor of syntrophic methanogenesis
この論文は、天然に存在し安全な無機化合物であるヒポホスファイトが、メタン生成古細菌の酵素を直接阻害するのではなく、メタン生成系における共生的な電子授受を特異的に阻害することで、稲田や牛の反芻胃などの環境からメタン発生を制御する有望な戦略となり得ることを示しています。
Microbial metabolism of methotrexate produces a STAT3 signaling molecule that alleviates gut inflammation
この論文は、炎症性腸疾患（IBD）患者の腸内細菌である Clostridium asparagiforme がメトトレキサートを代謝して生成する DAMPA が、ミトコンドリア STAT3 シグナルを介して腸上皮細胞のミトファジーを促進し、ミトコンドリアの健全性を維持することで腸管炎症を軽減することを明らかにしたものである。
Photorhabdus metabolites reshape soil microbial communities and promote plant growth and insect resistance
本研究は、昆虫病原線虫と共生するバクテリア Photorhabdus の代謝産物が土壌微生物叢を再編成し、その結果として植物の成長促進と害虫に対する抵抗性の向上を誘発することを明らかにしたものである。
A Suite of Eight Toxoplasma gondii Effectors Cooperates to Activate the Non-canonical NF-κB Pathway
トキソプラズマは、単一のエフェクターではなく、MYR1 依存的に分泌される 8 種類のエフェクターが協調的に作用して TRAF3 を枯渇させ、非古典的 NF-κB 経路を活性化することで宿主細胞を再プログラミングしている。
A newly identified detoxification system protects uropathogenic Escherichia coli from reactive chlorine species
本論文は、尿路病原性大腸菌（UPEC）が好中球由来の活性塩素種（RCS）から身を守るために、未解明の DUF417 蛋白ファミリーに属する膜タンパク質 RcrB を用いてペリプラズム側で活性塩素を能動的に消去する新たな解毒システムを同定・解明したことを報告しています。
C. mastitidis requires the protein Sortase F to colonize the eye
本論文は、トランスポゾン変異体スクリーニングと全ゲノム解析により、結膜表面への定着、バイオフィルム形成、および IL-17 を介した免疫応答の誘導に必須の因子として、細胞壁タンパク質のアンカー役であるソルターゼ F が関与していることを明らかにしたものである。
Orthogonal cell division organizes surface virulence factors to drive staphylococcal abscess community formation
本研究は、黄色ブドウ球菌が PcdA 因子を介して直交する細胞分裂を行うことで表面の付着因子を規則正しく配列し、宿主のフィブリンを介した強固な膿瘍コミュニティ（SAC）の形成と免疫回避を可能にしていることを明らかにしました。
Bacterial gene essentiality under modeled microgravity
この研究では、トランスポゾン挿入配列解析（INSeq）を用いて、模擬微小重力条件下での Vibrio fischeri の遺伝子必須性を評価した結果、微小重力環境が共生菌の生存に必要な遺伝子要件に与える影響は限定的であることが示されました。
A Novel Rapid Host Cell Entry Pathway Determines Intracellular Fate of Staphylococcus aureus
本研究は、黄色ブドウ球菌が宿主細胞のリソソームカルシウムとリソソーム分泌に依存する新たな迅速な侵入経路を有し、これが従来の経路とは異なる細胞内成熟過程や細胞質への移行、さらには細菌の増殖率や宿主細胞死の程度といった運命を決定づけることを明らかにしました。
Hydraulic modelling reveals untreated sewage, not pharmaceutical waste, drives antimicrobial resistance in a small river running through a big city
インドのハイデラバードを流れるムシ川における抗菌剤耐性（AMR）の主要な駆動要因は、製薬廃棄物ではなく、未処理の生活排水であることが、現場調査と水理モデルを用いた研究で明らかになった。
Impaired envelope integrity in the absence of SanA is linked to increased lipid II availability and an imbalance of septal peptidoglycan synthesis
本研究は、大腸菌において SanA 欠損がペプチドグリカン合成前駆体であるリピッド II の過剰な利用可能性をもたらし、分裂時のペプチドグリカン合成のバランスを崩して外膜の完全性を損なうことを明らかにしました。