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Epigenetic Dysregulation and H19 Suppression in Psoriasis: An SEM Approach
本研究は、乾癬のトランスクリプトームデータに構造方程式モデリング（SEM）を適用し、エピジェネティックな調節不全と疾患病理との間に統計的に有意な構造的関係があることを明らかにしており、それは長鎖非コードRNAであるH19のダウンレギュレーションによって強く特徴付けられる。
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1002 件の論文
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Habitat Structural Complexity Mediates Coral Reef Resilience and Biodiversity Loss Across Anthropogenic Disturbance Gradients
本研究は、生息地の構造的複雑性が、局所的な人為的ストレス要因と気候変動による複合的な負の影響を緩和し、サンゴ礁の回復力と生物多様性を高める重要な生態学的緩衝材として機能することを実証している。
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Human Precursor microRNA Terminal Loop Regions Exhibit Distinct Sequence Characteristics and Motif Enrichment
本研究は、ヒトのpre-miRNA末端ループ領域に関する初の包括的な特性評価を提供し、miRNAの生合成やタンパク質相互作用に影響を及ぼす可能性のある、特定の長さ分布、位置的な塩基バイアス、および濃縮されたモチーフによって定義される明確な配列アーキテクチャを明らかにしている。
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Establishing Lethal and Growth Reduction Doses of Fast Neutron Irradiated Cowpea [Vigna Unguiculata (L.) Walp.]
本研究は、2種類のサンプア（SAMPEA）品種に対する高速中性子照射の半数致死量（LD₅₀）および成長抑制量（GR₅₀）を決定し、SAMPEA 21がSAMPEA 20Tよりも放射線感受性が高いことを明らかにし、突然変異育種プロトコルを最適化するための不可欠な遺伝子型特異的ベンチマークを提供した。
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Do Single-Cell Models Learn Real Biology? An Empirical Analysis of Physical Interaction Signal in Pretrained scGPT Gene Embeddings
この実証的研究は、scGPTモデルの事前学習済み遺伝子トークン埋め込みが、複数のデータベースにおける非相互作用の対照群と比較して、相互作用する遺伝子ペア間のコサイン類似性が有意に高いことによって示されるように、物理的なタンパク質間相互作用構造を本質的にエンコードしていることを実証している。
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Mechanistic Interpretability of Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of scGPT Gene-Embedding Geometry
本論文は、scGPT基盤モデルの静的な遺伝子トークン埋め込み空間が、相互作用する遺伝子ペアが非相互作用の対照群と比較して有意に高いコサイン類似度および相互作用予測指標を示すことによって証明されるように、既知の物理的なタンパク質間相互作用に関する検出可能ではあるものの中程度の情報をエンコードしていることを経験的に示している。
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What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation
ヒト膵臓の単一細胞RNAシーケンシングデータの経験的解析は、豊富に存在する標準的な細胞型については、細胞型アノテーションモデルが、ランダム分割と比較して性能の低下がわずかである「ドナーを一つ除いた評価（leave-one-donor-out）」においてもドナー間で堅牢に汎化することを示しており、これは、単一細胞データから抽出された知見を主張する際に、対象となる集団および技術的範囲を明示することの必要性を強調している。
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When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization
このシミュレーションに基づく研究は、シングルセル基盤モデルが、ラベルが乏しいアノテーションタスク（クラスあたり1〜5個のラベル付き細胞）において古典的なPCAパイプラインを大幅に上回る一方で、十分なラベルが利用可能な場合や新規の摂動に対する応答を予測する場合には、単純な線形ベースラインに対してほとんど、あるいは全く優位性を持たないことを示している。
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Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss
この実証的研究は、シングルセルRNAシーケンシングにおいて、シーケンシング深度の損失下での細胞分類において、固定発現値ビニングがコーパス中央値ランクエンコーディングよりも優れていることを示しており、ライブラリサイズの乗法に対する不変性が、確率的な分子消失に対する堅牢性を保証するものではないことを明らかにしている。
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Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology
この実証的分析は、遺伝子制御ネットワークのベンチマークにおいて候補空間を制限することが、組織間における手法のランキングを著しく不安定化させることを示しており、これは候補の定義の選択が比較上の結論を変え得るものであり、結果に付随して報告されるべきであって中立的なものとして扱うべきではないことを示唆している。