🧬 biology

Synthetic Phenotype Assisted Linear Mixed Models Improve Proteome-Wide Genetic Discovery in Incomplete Biobank Data

本論文は、バイオバンクのデータセットにおける大幅な欠損があるにもかかわらず、機械学習によって予測された合成プロテオミクス・データを活用することで、ゲノムワイド関連解析における統計学的検出力と遺伝学的発見を大幅に向上させる、堅牢かつスケーラブルな線形混合モデルのフレームワークであるSyn-PALMを導入するものである。

Xihong Lin, Haoyu Yang, Ruoyu Wang, Shuang Song2026-07-30
🧬 biology

Interaction-Token Structural Alignment (ITSA): An Interpretable Framework for Protein Similarity Based on Residue-Level Chemical Interactions

本論文は、タンパク質構造を局所的なアライメントのための残基レベルの生化学的相互作用トークンへと変換する解釈可能なフレームワークであるInteraction-Token Structural Alignment(ITSA)を導入しており、従来の幾何学に焦点を当てた手法では不十分であったファミリーレベルの類似性の捕捉およびメカニズム的文脈の保持におけるその有効性を実証している。

Samanyu Kulkarni, Ranjita Thapa2026-07-30
🧬 biology

Transforming MRI volumes with Space-Filling Curves reveals Multifractal Signatures of Ageing and Dementia Progression

本研究は、マルチフラクタル空間充填曲線解析(MFSCA)を導入することで、MRIデータにおけるマルチフラクタル性によって測定される脳構造の空間的組織化が、加齢および認知症の進行に伴い、複雑で不均質な状態から単純で均質な状態へと漸次的に劣化することを実証するものである。

Marta Lotka, Jacek Grela, Zbigniew Drogosz, Jeremi K Ochab, Paweł Oświęcimka2026-07-30
🧬 biology

Exploring ubiquitination-related biomarkers in osteoarthritis based on single-cell and transcriptomic data

本研究は、単一細胞およびバルクのトランスクリプトームデータを統合することで、変形性関節症の病態に関与する5つのユビキチン化関連バイオマーカー(MYC、TLR7、CX3CR1、PER1、およびGADD45B)を特定し、それらがTNF-α/NF-κB経路に濃縮されていること、特定の免疫細胞集団と関連していること、および滑膜線維芽細胞において発現が上昇していることを明らかにし、それによって同疾患に対する新たな治療標的を提示している。

Tian Lan, Huan Dai, DeGuang Li, ChongYu Zhao, XiaoYu Mu, Li Li, Chao Wang2026-07-30
🧬 biology

Transformed Callus of Panax vietnamensis: Promising In Vitro Platform for Majonoside R2 Production alongside Hairy Roots

本研究は、アグロバクテリウム・リゾゲネスンス(*Agrobacterium rhizogenes*)によって形質転換されたベトナム人参(*Panace vietnamensis*)のカルスが、特にメチルジャスモン酸(MeJA)による誘導によって強化される場合において、希少なサポニンであるマヨノサイドR2の持続可能なインビトロ生産のための、ヘアリールートに代わる安定した、ホルモンフリーかつ高生産的な代替手段となることを示している。

HUYEN TRAN, THI QUY TRAN, HongIk Yoon, Hei Chan Lee2026-07-30
🧬 biology

Polarity-Registered Nuclear Mapping Reveals Discrete Topological Classes of Chromosome Organization

本研究は、極性登録された核座標系を導入することで、核の幾何学的形状を正規化し、ヒト間葉系幹細胞における染色体組織化の離散的かつ再現可能なトポロジー的クラスを明らかにし、機械的および極性的制約が非対称でホモログ特異的な空間的挙動を駆動していることを示している。

Paolo Netti, Luca Messina, Carlo Natale2026-07-30
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BMP9 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression By Accelerating Cell Cycle through CKS1B Lactylation

本研究は、BMP9の発現上昇がCKS1B-K4のラクトイル化を促進し、それによってCKS1BとCDK1–3との相互作用を強化してp27の分解を促進することで、細胞周期の進行を加速させ、肝細胞癌の進展を駆動することを明らかにしている。

Hong Tang, Han Chen, Jianhao li, Ying-Yi Li, Mingming Zhang, Jiayi Wang, Xia Zhu, Weixiu Li, Junpeng Zhou, Xiangnan Teng (…)2026-07-30
🧬 biology

FuncDECODE Resolves Cell-Type-Specific Functional Heterogeneity across Biological States and Spatial Contexts

FuncDECODEは、単一細胞リファレンスを活用して混合されたバルクおよび空間トランスクリプトームデータのデコンボリューションを行い、それによって、多様な生物学的状態、疾患コンテキスト、および空間的な組織構造における細胞型特異的な機能プログラムのリモデリングの特定を可能にする計算フレームワークである。

Yadong Wang, Renjie Liu, Tianyi Zhao2026-07-30
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Malaria parasites coordinate host cell remodeling through the AP2-HCR DNA-binding protein

本研究は、PfAP2-HCRが、主要な輸出タンパク質の発現を直接制御することによって宿主細胞のリモデリングを調整し、それによって無性および有性の両方の血液段階を通じて寄生虫の生存、発達、および伝播を確実にする、熱帯熱マラリア原虫(*Plasmodium falciparum*)における必須のApiAP2転写因子であることを特定している。

Arnab Pain, Amit Subudhi, Dhiviya Vedagiri, Sara Mfarrej, Reem Abu-Shamma, Rohit Satyam, Rahul Salunke, Di Liu, Maya Aya (…)2026-07-30