Reading Mechanism off Biological Foundation Models: An Empirical Analysis of Genomic Neighborhood Structure in scGPT Gene Embeddings
この実証的研究は、scGPT生物学的基盤モデルの静的な遺伝子埋め込み幾何学と線形ゲノム近傍との間に、小さくとも再現可能な関連性が存在することを実証しており、学習中にこの空間情報が明示的に提供されていなかったにもかかわらず、同じ染色体上の近くに位置する遺伝子は、離れた遺伝子よりもモデルの表現において類似していることを明らかにしている。