🧬 biology

Disentangling Loss Design and Ontology-Aware Architecture in GNN-Based Protein Function Prediction A Controlled Ablation Study

この制御されたアブレーション研究は、GNNベースのタンパク質機能予測において、提案された情報集積(Information Accretion)を考慮した損失関数は逆効果である一方で、GCNアーキテクチャとクロスオントロジー・アテンションおよび標準的なバイナリクロスエントロピー損失を組み合わせることによって最適な性能が達成されることを明らかにしている。

Yongjin Chen, Xiyuan Wang, Yiman Gao, Songze Zhu2026-09-10
🧬 biology

H18 haemagglutinin binds MHC class II at a site distant from the canonical sialic-acid binding site

本研究は、コウモリ由来のインフルエンザH18ヘマグルチニンが、標準的なシアル酸ポケットとは異なる新規の部位でMHCクラスII分子に結合し、ウイルスの融合を準備する構造変化を誘導すること、および、宿主への侵入のためにタンパク質受容体を利用する当該タンパク質の構造的適応性を明らかにしている。

Antoni Wrobel, Jonathan Robert, Maria Osman, Valeria Calvaresi, Benjamin Bouzabia, Selene Franchini, Sophie Focks, Liubo (…)2026-09-10
🧬 biology

Evaluating porcine antisense oligonucleotide RNA-seq for cross- species virtual-knockout benchmarking

本研究は、種間を越えたバーチャルノックアウト・ベンチマーキングの妥当性を判断するためにブタのアンチセンスオリゴヌクレオチドRNA-seqデータを評価しており、全トランスクリプトーム・スコアリングは推定量の不一致により信頼性に欠けるものの、リーディング遺伝子ランク・スコアリングは再現性があり、ヒト由来の摂動モデルを家畜へと拡張するための正当な標的を提供すると結論付けている。

Xiaotong Zhao, Hua Chang, Zhuoyu Zhao, Xun Xiang2026-09-10
🧬 biology

Geographic Variation in the Urinary Microbiota of Patients with Urolithiasis

この国をまたぐ研究は、尿中の微生物の多様性は類似しているものの、尿路結石症患者における全体的なコミュニティ組成および特定の分類学的存在量は台湾と韓国の間で著しく異なっており、地理的および環境的要因が、結石疾患に関連する独特な尿中微生物叢プロファイルを形成していることを示唆している。

Hsiang Ying Lee, Chun Kai Chang, Wen-Jeng Wu, Deng‐Chyang Wu, Sung Yong Cho2026-09-10
🧬 biology

A Genome-Wide Causal Network Reveals Conserved Cross-Module Regulatory Architecture in Human Cancer

本研究は、ヒトがんにおける初のゲノムワイドな指向性制御ネットワークを再構築するための、スケーラブルで低ランクの微分可能な因果探索手法を導入し、遺伝的必須性とは概して独立した制御関係を捉える、創薬可能なデータハブに支配された保存的なクロスモジュール・アーキテクチャを明らかにする。

Shuaidong Gao2026-09-10
🧬 biology

Adaptation and psychometric evaluation of the BANKS-SP biobanking survey in longstanding dengue virus cohorts in Colombia and Nicaragua

本研究は、コロンビアおよびニカラグアのデング熱コホートにおいてBANKS-SPバイオバンキング調査を適応させ、その心理計量的特性を評価したものであり、自己効力感尺度は適切に機能していた一方で、態度尺度は改訂を要すること、および両調査サイトにおいてバイオスペシメン(生体試料)のガバナンスと法的枠組みに関する知識に著しい欠落があることが判明した。

Lauren Maxwell, Mahir Bhatt, Harold Suazo Laguna, Jackeline Bravo Chamorro, María Consuelo Miranda Montoya, Luz Leegstra (…)2026-09-10
🧬 biology

Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells Alleviate Osteoblast Differentiation Disorder Induced by Oxidative Stress by Inhibiting Ferroptosis Through the miR-218-5p/CBX3 Axis

本研究は、臍帯由来間葉系幹細胞(UC-MSC)が、miR-218-5pをアップレギュレートしてCBX3を標的として抑制することにより、酸化ストレス誘発性の骨芽細胞分化障害を緩和し、フェロトーシスを抑制し、それによってmiR-218-5p/CBX3シグナル伝達軸を介して骨形成機能を回復させることを実証している。

Lintong Li, Yunda Huang, Yuan Ma, Jiaxin Liu, Yu Chang2026-09-10
🧬 biology

Noncanonical catalytic-relay geometry and PET-oligomer accommodation in a CheB-like α/β-hydrolase from Pseudomonas marincola

本研究は、*Pseudomonas marincola*由来のCheB様ヒドラーゼがSer–His–Aspモチーフを有しているものの、その非標準的な触媒幾何構造および限定的なオリゴマー・ドッキング・ポーズは、それが効率的なPET分解に向けて事前組織化されていないことを示しており、モチーフの保存のみでは酵素機能が保証されないことを強調している。

Mahira Shaikh2026-09-10
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A novel topology-guided adaptive strategy for automated nuclear-cytoplasmic H-Score quantification in immunohistochemistry

本論文は、多様な免疫組織化学データセットにおいて、核および細胞質のHスコアの極めて正確で再現可能な自動定量化を実現するために、StarDistによる核検出とトポロジー誘導型のボロノイ分割戦略および適応型キャリブレーションを組み合わせた、オープンソースかつ学習不要のImageJ/Fijiプラグインを紹介するものである。

Weiyu Wang, Mengting Lin, Fuxian Zou, Zhenzhen Yang, Mingqing Huang, Changxian Chen2026-09-10
🧬 biology

Reduced Representation Nanopore Sequencing: A Cost-Effective Workflow for Accurate and High-Throughput Targeted DNA Methylation Profiling

本研究は、MspIベースの標的濃縮とダイレクトナノポアシーケンシングを組み合わせることで、ビスルファイト変換の限界や全ゲノムシーケンシングの高コストを克服し、高スループットかつ正確なDNAメチル化プロファイリングを可能にする、費用対効果の高いワークフローであるReduced Representation Nanopore Sequencing(RRNS)を導入するものである。

Keisho Hasegawa, Daigo Okada, Kengo Suzuki, Marumi Ishikawa, Akinori Tsuruma, Masaki Kimura, Yoshimasa Saito2026-09-10