🧬 biology

Single-Cell Foundation Models in Biotechnology: A Scoping Review and Bibliometric Analysis of Multimodal AI for Cell-State, Perturbation, and Biomarker Prediction

1,042件の研究を対象としたこのスコーピングレビューおよびビブリオメトリック分析は、シングルセル基盤モデルがバイオテクノロジー分野において急速に拡大している一方で、当該分野が再現性の不一致、ベンチマークの厳密性の欠如、およびオープンリソースの不足に苦しんでおり、単純なベースラインが複雑なアーキテクチャに対して競争力を示すこともしばしばあることを明らかにしている。

Behin Omidi, Mohammmad Mahdi Hemati Aalm, Arshia Farmahini Farahani, Amir Reza Hassan Poor Barkadehi2026-06-30
🧬 biology

Identification of Differentially Expressed Genes Related to UFMylation Modifications in Periodontitis: Integrated Insights from Transcriptomics and Clinical Experiments

本研究は、トランスクリプトーム解析、機械学習、および臨床的検証を統合することで、歯周炎における主要なUFMylation関連診断バイオマーカーとしてC4A、GANAB、およびTUBA4Aを特定し、免疫および代謝経路におけるそれらの役割を解明し、潜在的な治療標的を提案するものである。

Changqing Mu, Juan Liu, Kaining Liu, Xiaofeng Huang2026-06-30
🧬 biology

Timing of menstrual cups to prevent transition from optimal to not optimal vaginal microbiome community state type: Results from a 6.5-year prospective observational cohort

ケニアの中等学校の女子生徒を対象とした6.5年間の前向きコホート研究において、メンストルカップの使用は、最適な*L. crispatus*優位の腟微生物叢から非最適な状態へと移行するリスクを有意に減少させており、これは性交渉を開始する前にカップを提供することが腟の健康を維持するために極めて重要であることを示唆している。

Supriya Mehta2026-06-30
🧬 biology

Ethnicity-Stratified Inflammatory Phenotyping Using GMM Clustering and XGBoost Regression: A Cross-Ethnicity Nearest-Neighbour Framework for Precision CRP Estimation in NHANES 2017–2023

本研究は、NHANES 2017–2023のデータに基づき、GMMクラスタリングとXGBoost回帰を組み合わせた2段階の機械学習フレームワークを活用することで、主要栄養素に起因するCRP反応が代謝表現型および民族によって有意に異なることを明らかにし、非ヒスパニック系黒人集団における「食物繊維レジリエンスのパラドックス」を浮き彫りにするとともに、層別化された精密栄養学のアプローチを提唱している。

Anshul Iyer, Vania Sharma2026-06-30
🧬 biology

EEG Signal Variance as a Biomarker for Ictal State Classification: Subject-Level Validation of a Random Forest Classifier using the University of Bonn Dataset

本研究は、EEG信号の分散が発作状態を判別するための堅牢なバイオマーカーであることを実証し、データ漏洩を防ぐための厳格な被験者レベルのデータ分割を用いてボン大学のデータセットで学習させたランダムフォレスト分類器が、てんかん発作検出において高い精度(96.2%)および感度(98.3%)を達成することを検証している。

Md. Ahasanul Al Hasib Ayon2026-06-30
🧬 biology

Differential Signaling in Adaptive Immunity: Deciphering the Mechanism to Identify the Physical and Evolutionary Bases of Non‑Self

本論文は、適応免疫受容体がアミノ酸解像度での物理的な力場の急激な偏差を測定することによって自己と非自己を識別することを可能にする基本変数として、微分的な機械的変位を特定するメカノフィジカルな枠組みを提案し、それによって、免疫特異性における長年のパラドックスを解決する進行的な決定カスケードを通じて、液性および細胞性認識を統一するものである。

Yasir Arafat Maassoom2026-06-30
🧬 biology

Fungal diversity in forest's soil: Moderate-term post-thinning effect of a Mediterranean mature Pinus halepensis forest.

イスラエルの地中海性アレプス松(*Pinus halepensis*)林に関する研究によれば、適度な間伐は菌類の総多様性をわずかに減少させるものの、樹木の完全な除去は土壌特性を著しく変化させ、菌類コミュニティを、松に共生する種から、非森林地帯に典型的な腐生性および病原性の分類群へと移行させる。

Segula Masaphy, Noam Levi, Limor Zabari, Ezra Orlofsky2026-06-30
🧬 biology

A multi-omics dataset of the developing zebrafish intestine: longitudinal transcriptomic and microbiome profiles in wild-type and IgZ knockout models

本研究は、野生型およびIgZノックアウトゼブラフィッシュからの縦断的なトランスクリプトームおよびマイクロバイオームのプロファイルを集約したマルチオミクスデータセットを提示し、腸管免疫および微生物の恒常性を調節する上でのIgZの発生学的役割を解明するものである。

Raktakamol Pharrat, Xuyang Zhao, Zhengben Wu, Congran Bei, Yongyao Yu2026-06-30
🧬 biology

Optimization of the 5' untranslated region and codon of the mRNA vaccines

本研究は、mRNAワクチンの5'非翻訳領域およびコドン使用頻度を系統的に最適化することが、タンパク質の発現レベルと安定性を著しく向上させることを実証しており、この戦略は呼吸器合胞体ウイルス(RSV)Fタンパク質ワクチンの設計および試験の成功を通じて検証されている。

Qiuji Wang, Xiaorong Peng, Yaqian Zeng, Xindeng Guo, Weineng Meng, Ning Deng2026-06-30
🧬 biology

Integrative single-cell and bulk transcriptomic analysis with Shennong machine learning reveals the landscape of calmodulin associated prognostic genes in breast cancer

本研究は、単一細胞およびバルクのトランスクリプトーム解析をShennong機械学習と統合することで、乳がんにおける8遺伝子からなるカルモジュリン関連予後シグネチャーを特定し、それが上皮細胞のダイナミクス、特定のシグナル伝達経路、および潜在的な治療標的との関連性を有することを明らかにしている。

Jian Chen, Wenhui Lai, Can Yang2026-06-30