🧬 biology

paRDal: Bioinformatics Framework for a Parallel RNA and DNA NGS Analysis in Hereditary Cancer Diagnostics

本論文は、マッチした生殖細胞系列のDNAおよびRNA次世代シーケンシング(NGS)データを統合することで、スプライシング異常および発現異常を検出して遺伝性腫瘍の診断を強化し、ユーザーフレンドリーでエビデンスに基づいたワークフローを通じてバリアント解釈と診断率を向上させる、コンテナ化されたバイオインフォマティクス・フレームワークであるpaRDalを紹介するものである。

Kateřina Matějková, Petr Nehasil, Petra Kleiblová, Taťána Ptáčková, Marta Černá, Pavel Just, Ondřej Vít, Petra Zemánková (…)2026-07-09
🧬 biology

Biodiversity as the source of heterospecific social information: the effect on territory selection in the marsh warbler

大規模な実験は、当初、他種からの社会的情報がオオムリの縄張り選択に影響を与えることを示唆していたが、既存の空間分布を考慮した厳密な分析によれば、彼らの個体数密度は操作された音響的手がかりよりも、むしろ生息地の構造や局所的な種豊富さに主導されていることが明らかになった。

Sylwia Pustkowiak, Zbigniew Kwieciński, Piotr Skórka2026-07-09
🧬 biology

Fungal–Fungal Interactions Drive Metabolic Reprogramming in Root-Associated Endophytes of Salvia abrotanoides

本研究は、*Salvia abrotanoides*の根圏内エンドファイト間における菌類同士の相互作用が代謝のリプログラミングを駆動し、それがシグナル伝達物質の分化的な調節および、新規な二次代謝産物を生成するサイレントな生合成経路の活性化をもたらすことを実証している。

Yeganeh Teimoori-Boghsani, Ali Ganjeali, Gabriele Berg, Tomislav Cernava, Javad Asili, Fatemeh Masoudi-Khorasani, Nasrin (…)2026-07-09
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Diversity of microbiome associated with the didemnid ascidian Lissoclinum patella in North Sulawesi, Indonesia

本研究は、全長16S rRNAシーケンシングを用いることで、北スラウェシにおけるホヤの一種である*Lissoclinum patella*の細菌マイクロバイオームが、場所および水深に特有のコミュニティ構造を示すことを明らかにし、浅瀬のタリセ島個体群は、より深い水域や都市化された水域の多様性の低いコミュニティと比較して、*Hoeflea*が優占する最も豊かで多様な細菌コンソーシアムを宿していることを示した。

Inneke Fenny Melke Rumengan, Robert A. Bara, Deiske Adeline Sumilat, Trezya Nilam Sari Pangemanan, Irene Shelyn Poluan (…)2026-07-09
🧬 biology

Response Surface Optimization of PEG-Mediated Precipitation for Efficient Recovery of ClearColi™ Outer Membrane Vesicles

本研究は、応答曲面法により最適化されたポリエチレングリコール(PEG)沈殿法が、ClearColi™から高収率かつ構造的に完全な外膜小胞を回収するための、超遠心分離に代わるスケーラブルで費用対効果の高い代替手法であることを実証しており、小胞の完全性を維持しつつタンパク質回収率を63.4%向上させている。

shiva bayat, Seyed Latif Mousavi Gargari, Shahram Nazarian2026-07-09
🧬 biology

Local structure-activity landscape roughness detects the activity-cliff failure mode that standard QSAR reliability methods miss

本論文は、標準的なQSARの信頼性評価手法では見逃されるアクティビティ・クリフの失敗モードを検出することに成功した、化合物ごとの局所的な構造活性ランドスケープの粗さの尺度を導入しており、これにより、従来のモデルが失敗する領域においても妥当な被覆率を維持する、較正された共形予測器の構築を可能にする。

Krishna Harish2026-07-09
🧬 biology

OTrack: A High-Throughput Organoid Detection and Tracking Framework Using Neighborhood-Guided Descriptors

OTrackは、形態学的特徴ではなく、時間の経過とともに変化しない安定した近傍の空間分布を利用することで、長期間の撮像間隔にわたる堅牢で高スループットなオルガノイド追跡を実現する、学習不要のフレームワークです。

Binlin Chen, Jian Wang, Jiaqi He, Yuan Li, Jianfa Zhou, Linjie Guo, Haofeng Li, Liang Yang, Bohui Chen2026-07-09
🧬 biology

Prevalence, Virulence Gene Profiles, and Multidrug Resistance of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli in Farmed Carp (Labeo rohita) from Punjab, Pakistan: Implications for Food Safety and One Health

本研究は、パキスタンのパンジャブ地方における養殖コイおよび水質から、病原性遺伝子を保有する多剤耐性志賀毒素産生大腸菌が顕著に蔓延していることを明らかにしており、これは食品安全上の緊急なリスクと、同地域の水産養殖業における抗菌薬適正使用の改善の必要性を浮き彫りにしている。

Talib Hussain, Fayyaz Rasool, Sarjito Sarjito, Shahid Mahmood, Aninditia Sabdaningsih, Agus Trianto, Shahid Sherzada2026-07-09