338 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Dit artikel presenteert een snelle generatieve AI-methode die succesvol programmeerbare asymmetrische -barrel nanoporiën ontwerpt met instelbare dimensies en functionaliteiten, zoals ionenmeting en DNA-translocatie, waarmee de beperkingen van voorheen uniforme lumenstructuren en expert-afhankelijke ontwerpaanpakken worden overwonnen.
Moleculaire dynamica-simulaties onthullen dat het verwijderen van de centrale regio van het cellulaire prioneiwit de stabiliserende intramoleculaire interacties verstoort, waardoor het N-terminale domein uitgestrekte conformaties aanneemt en zijn nabijheid tot het plasmamembraan vergroot, wat daarmee een mechanistische verklaring biedt voor de neurotoxiciteit die geassocieerd wordt met deze mutatie.
Met behulp van op nabijheid gebaseerde biotinylering (BioID) in Leishmania tarentolae identificeert deze studie drie nieuwe VTC-bindende partners die colocaliseren en interageren met het VTC-complex in acidocalcisomen, waardoor het interactoom van het organel wordt uitgebreid en nieuwe mechanismen voor fosfaathomeostase en structurele regulatie in kinetoplastide parasieten worden gesuggereerd.
Het artikel introduceert DiReCT, een op StageTips gebaseerde workflow die het oplosmiddelprobleem tussen eluaten van omgekeerde fase en nanoHILIC/MS/MS oplost door directe injectie van opgeloste peptiden mogelijk te maken, waardoor de sensitiviteit voor de identificatie van eiwitten en peptiden bij monsters met lage input aanzienlijk toeneemt.
Dit artikel introduceert Arg-C Zero, een hoogtrouwe recombinante arginyl-endo-peptidase afgeleid van *Porphyromonas gingivalis* die bijna geen gemiste splitsingen vertoont en robuuste prestaties levert onder uiteenlopende omstandigheden, waardoor het een superieur alternatief biedt voor trypsine voor specifieke toepassingen zoals het in kaart brengen van post-translationele modificaties van histonen en het behoud van labiele ADP-ribosyleringsplaatsen.
Deze studie presenteert de eerste op celtype opgeloste proteomische atlas van het menselijk lichaam, gegenereerd via Deep Visual Proteomics van een gezonde vrouwelijke donor, die duizenden eiwitten kwantificeert over 27 celtypen heen om een universele kern en gespecialiseerde programma's te onthullen, nieuwe kanker-testis-antigenen te ontdekken en een fundamentele bron te bieden voor het vergelijken van RNA- en eiwitovervloed op single-cell-resolutie.
Deze studie toont aan dat lipoïnezuur in zoogdiercellen voorkomt in distincte vrije en aan eiwitten gebonden pools, wat aantoont dat mitochondriale benutting afhankelijk is van het mtFAS-pad voor eiwitlipoylering en niet van de cellulaire abundantie, waardoor de werkzaamheid van lipoïnezuursuppletie voor het herstellen van mitochondriale functie bij primaire aandoeningen in twijfel wordt getrokken.
Deze studie onthult dat cellen actief malonaat synthetiseren via ACC1 om mitochondriale vetzuursynthese te voeden en oxidatieve fosforylering te ondersteunen, wat aantoont dat malonaat fungeert als een gereguleerd endogeen metabolisch intermediair en niet uitsluitend als een complex II-remmer.
Deze studie vestigt een snelle, schaalbare plaatopruimingsassay met behulp van *Vibrio natriegens* om te screenen op PET-hydrolyserende enzymen, waarbij de bruikbaarheid succesvol wordt gevalideerd door de identificatie van een cutinase-mutant van *Fusarium solani pisi* met hoge activiteit en het behalen van een 25% trefferpercentage in een bibliotheekscreening.
Dit artikel presenteert twee uitgebreide kwantitatieve proteomiedatasets afgeleid van muishuidstalen die zijn blootgesteld aan variërende doses, doseringsfrequentie en tijdstippen van röntgenstraling, en biedt hoogwaardige data om de ontdekking van biomarkers en de ontwikkeling van machinelearningmodellen voor het inschatten van stralingsblootstelling te faciliteren.