💻 Category

bioinformatics

895 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

scDRP: Disentangled representation learning for predicting single-cell responses to perturbations and estimating individual treatment effects

Het artikel introduceert scDRP, een generatief framework dat gebruikmaakt van ontkoppelde representatieleer en conditionele optimale transport om individuele behandelingseffecten nauwkeurig te schatten en contrafectuele celtoestanden af te leiden uit niet-overeenstemmende single-cell perturbatiegegevens, waardoor heterogene biologische mechanismen over diverse celtypen en condities heen worden onthuld.

Sun, J., Stojanov, P., Zhang, K.2026-08-13
💻 bioinformatics

ASPIRE: the Amplicon Sequencing Profiler for Investigating Respiratory Ecosystems

Dit artikel introduceert ASPIRE, een toegankelijke Nextflow-workflow die is ontworpen voor het verwerken, analyseren en interpreteren van gekoppelde data van amplicon sequence variants (ASV) en vluchtige organische verbindingen (VOC) om respiratoire microbiële ecosystemen en hun relatie tot gezondheid te onderzoeken.

McLaughlin, R. J., Chen, S., Nag, A., Noonan, A. J. C., Bartolomeu, C., Borden, S. A., Lam, S., Myers, R., Hallam, S. J.2026-08-12
💻 bioinformatics

megaMine: a scalable, rule-based framework for mining gene-cancer-drug evidence from biomedical literature

Het artikel introduceert megaMine, een transparant en schaalbaar regelgebaseerd framework dat effectief gestructureerde gen-kanker-geneesmiddel-bewijslast uit biomedische literatuur extraheert, waarbij een hoge nauwkeurigheid wordt aangetoond in het onderscheiden van therapeutische werkzaamheid en het genereren van interpreteerbare gegevens voor downstream kennissynthese.

JUNAID, M., Prazanowska, K. H., Jeong, H.-E., Ryu, Y., Choi, J., An, J.-Y., Lim, S. B.2026-08-12
💻 bioinformatics

DuplexFM: Transferable small-RNA target representations link miRNA interactions to siRNA efficacy prediction

DuplexFM is een biologisch gefundeerd framework dat overdraagbare miRNA-afgeleide representaties en experimenteel gefundeerde toegankelijkheidskenmerken benut om de voorspelling van siRNA-efficiëntie aanzienlijk te verbeteren, waarbij een parameterefficiënte benadering wordt geboden voor de unificerende modellering van door Argonaute gemedieerde RNA-regulatie.

Chen, B., Yin, J., Fei, J., Yang, M.2026-08-12
💻 bioinformatics

STR-PG: A Topology-decoupled Pangenome Framework for Scalable Short-read Genotyping of Short Tandem Repeats

STR-PG introduceert een topologie-ontkoppeld pangenoomframework dat de representatie van stabiele loci scheidt van dynamische allelinhoud via een extern register, wat schaalbare en nauwkeurige short-read genotypering van korte tandemherhalingen mogelijk maakt zonder dat grafiekreconstructie vereist is wanneer nieuwe allelen worden toegevoegd.

YUAN, J., XUE, Z., TANG, H., LIU, Y., WANG, J.2026-08-12
💻 bioinformatics

SeqDesk: a sequencing-facility management system for standards-compliant and FAIR (meta)data submission

SeqDesk is een open-source, FAIR-conforme databeheersysteem ontworpen voor sequencing-faciliteiten om de verzameling van gestandaardiseerde metadata te stroomlijnen, bio-informatica-analyse te automatiseren en directe indiening bij de European Nucleotide Archive te vergemakkelijken door deze processen in te bedden in routinematige operationele workflows in plaats van ze als retrospectieve taken te behandelen.

Muench, P. C., Robertson, G., McHardy, A. C.2026-08-11
💻 bioinformatics

Mapping disease traits onto spatiotemporal domain landscapes through scalable multi-sample integration of spatial transcriptomics

STUltra is een schaalbaar hypergraafgebaseerd framework dat grootschalige ruimtelijke transcriptomica-data integreert om ruimtelijke domeinen te detecteren en ziektegeassocieerde genetische kenmerken in kaart te brengen over diverse weefselcontexten heen, waarbij batch-effecten worden overwonnen en de ontdekking van moleculaire architecturen die ten grondslag liggen aan complexe ziekten zoals aangeboren hartafwijkingen en de ziekte van Alzheimer wordt mogelijk gemaakt.

Zhang, S., Luo, S., Luo, Y., Su, S., Shi, Y., Liu, L., Li, W., Tian, T., Li, J.2026-08-10