💻 Category

bioinformatics

869 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

Drug-Prot: A query system for statistical inference of drug effects and interactions in dynamic proteomic networks

Drug-Prot is een publiekelijk beschikbaar computationeel framework en webapplicatie die grootschalige perturbatie-proteomicsdata van borstkankercellijnen benut om causale effecten van medicijnen, medicijn-medicijninteracties en dynamische proteïne-afhankelijkheidsnetwerken statistisch af te leiden, waardoor gerichte analyse van proteïne-niveau responsen op enkelvoudige en combinatietherapieën mogelijk wordt.

Ulmer, M., Sun, R., Qian, L., Aebersold, R., Guo, T., Buehlmann, P.2026-06-22
💻 bioinformatics

Hierarchical classification of immune cell transcriptomes at population-scale

Dit artikel introduceert Suco, een bron van onafhankelijke expertannotaties, en Compocyte, een hiërarchische classifier, om een robuust raamwerk te vestigen dat succesvol 15,6 miljoen immuuncellen over bijna 4.000 patiënten heeft geclassificeerd, waarbij nieuwe immuunfenotypen werden onthuld en onderzoek naar immunologie op populatieschaal werd vooruitgeholpen.

Beltz, C., Qiu, Z., Sadowski, L., Kraske, J. A., Aggarwal, A., Quintanal-Villalonga, A., Manoj, P., Littbarski, A., Baja (…)2026-06-21
💻 bioinformatics

Antibody-Antigen Affinity Prediction with Chain-Aware Protein Language Modeling

Het artikel introduceert AbAffinity, een lichtgewicht, uitsluitend op sequenties gebaseerd diep leer-model dat gebruikmaakt van een ketenbewuste driestromige architectuur om de affiniteit tussen antilichaam en antigeen nauwkeurig te voorspellen door onderscheidende zware keten-, lichte keten- en antigeenrepresentaties te behouden, waardoor het bestaande methoden overtreft in scenario's waar structurele gegevens niet beschikbaar zijn.

Singh, H., Malhotra, A., Srivastava, S. P., SINGH, R. K., Gorantla, R.2026-06-21
💻 bioinformatics

The recount3 Python package for programmatic access to uniformly processed RNA-seq data

Het Python-pakket recount3 biedt een robuuste API en CLI om efficiënte programmeerbare toegang, caching en voor analyse gereed datavormat te mogelijk maken voor tienduizenden uniform verwerkte menselijke en muis RNA-seq monsters, waardoor de kloof tussen grootschalige publieke transcriptomische data en moderne Python-gebaseerde machine learning-ecosystemen wordt overbrugd.

Alsalihi, A., Flight, R. M., Moseley, H. N. B.2026-06-20
💻 bioinformatics

Ribosomes are covered by a coat of flexible protein fragments

Deze studie onthult dat ribosomen in alle domeinen van het leven beschikken over een voorheen over het hoofd geziene, functioneel significante laag van flexibele eiwitfragmenten (FPF's) die onzichtbaar zijn in standaard structurele modellen, waarbij de specifieke samenstelling en lengte per ribosoomklasse variëren om zich aan te passen aan verschillende membraan- en assemblageomgevingen.

McGrath, H., Kvasnovsky, R., Kolar, M.2026-06-20
💻 bioinformatics

Tox21mer, A transformer foundation model for Tox21 high-throughput concentration-response curves data

Het artikel introduceert Tox21mer, een met 43,5 miljoen parameters uitgerust transformer-fundamentmodel dat vooraf is getraind op 2,5 miljoen Tox21 concentratie-respons-curves via gemaskeerde responsreconstructie, wat hoogwaardige 768-dimensionale embeddings genereert die een state-of-the-art prestatie bereiken in het voorspellen van assay-uitkomsten en AC50-waarden, terwijl ze extrapolatie naar niet-geteste verbindingen mogelijk maken.

Li, L., Hwang, J., Shockley, K., Li, Y., Motsinger-Reif, A., Hsieh, J.-H., Auerbach, S. S., Reif, D.2026-06-19
💻 bioinformatics

Children's DNA Methylation and Family Dynamics in a Congo Basin Subsistence Community: Links with Parental Conflict and Fathers' Caregiving

Deze studie toont aan dat in een subsistentiegemeenschap in het Congobekken de DNA-methylatiepatronen van kinderen significant geassocieerd zijn met ouderlijk conflict en vaderlijke zorg, wat deze gezinsdynamiek verbindt met genen die betrokken zijn bij stress, immuniteit en ontwikkeling, waardoor wordt gesuggereerd dat de biologische inbedding van gezinsomgevingen een universeel fenomeen is in diverse socio-ecologische contexten.

Chan, M. H.-M., Merrill, S. S., Zhuang, B. C., Lin, D. T. S., Macisaac, J. L., Miegakanda, V., Lew-Levy, S., Boyette, A. (…)2026-06-19
💻 bioinformatics

Predicting optimal growth temperatures of bacteria using learned structural information from a single protein

Het artikel introduceert ROSEATE, een nieuw framework dat nauwkeurig de optimale groeitemperaturen van bacteriën voorspelt door gebruik te maken van MSA Transformer-afgeleide structurele signaturen van een enkel universeel eiwit, adenylaatkinase, wat robuuste, fylogenetisch generaliseerbare en op gemeenschapsniveau gebaseerde thermische inferentie over diverse omgevingen mogelijk maakt.

Hoffert, M., Myerscough, D., Dragone, N. B., Gebert, M. J., Silberg, J. J., Fierer, N.2026-06-18
💻 bioinformatics

MetaHarmonizer: robust biomedical metadata harmonization and a contamination control for inflated LLM performance on public benchmarks

MetaHarmonizer is een robuust, volledig lokaal en deterministisch geautomatiseerd systeem voor de harmonisatie van biomedische metadata dat een meerfasige cascade combineert met gecontroleerde vocabularia om hallucinaties en opgeblazen benchmarkprestaties te voorkomen, waarbij het een staat van de kunst nauwkeurigheid bereikt in schema- en ontologie-mapping terwijl het principiële mens-in-de-lus triage mogelijk maakt.

Li, C., Dahl, A., Gravel-Pucillo, K. D., Long, K., Waters, M., de Bruijin, I., Davis, S., Oh, S.2026-06-17