💻 Category

bioinformatics

1197 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bio-informatica

Lacuna: Cryptic Binding Pocket Discovery via Conformational Ensemble Analysis

Lacuna is een open-source Python-tool die cryptische bindingszakken ontdekt door conformationele ensembles te genereren vanuit een enkele invoerstructuur, zakken te detecteren over deze conformers heen en ze te rangschikken om sites te identificeren die onzichtbaar zijn in statische proteïenstructuren, terwijl de hoge nauwkeurigheid en computationele efficiëntie behouden blijven zonder dat er uitgebreide simulatiebudgetten nodig zijn.

Moore, C.2026-08-18
💻 bio-informatica

AlphaConformers: Structure-guided sampling enables prediction of multiple protein conformations

Het artikel introduceert AlphaConformers, een op structuur gestuurde pipeline die structurele informatie uit eiwitdatabases gebruikt om AlphaFold2 te sturen naar het genereren van meerdere alternatieve eiwitconformaties, waarmee het bestaande methoden aanzienlijk overtreft in het modelleren van subtiele ligand-geïnduceerde structurele veranderingen.

Daniel, J. L., Vitoriano De Queiroz Lira, L., Zea, D. J.2026-08-18
💻 bio-informatica

Detecting and typing Chlamydia trachomatis strains in metagenomes using the MetaChlam pipeline

De auteurs ontwikkelden MetaChlam, een geautomatiseerde Nextflow-pipeline die meerdere bioinformatica-tools integreert om nauwkeurig *Chlamydia trachomatis*-stammen in metagenomische monsters te detecteren en te typen met slechts 250 reads, waarbij de beperkingen van traditionele genotyperingmethoden worden overwonnen en onverwachte contaminatie in niet-infectieuze datasets wordt onthuld.

Sharma, p., Dean, D., Read, T.2026-08-18
💻 bio-informatica

Long-Read epigenetic clocks identify improved brain aging predictions

Deze studie introduceert verbeterde modellen voor het voorspellen van hersenveroudering door gebruik te maken van Oxford Nanopore long-read sequencing van meer dan 28 miljoen CpG-sites over diverse Afrikaanse en Europese afstammingscohorten, waarbij wordt aangetoond dat deze long-read epigenetische klokken bestaande array-gebaseerde methoden overtreffen en het cruciale belang van inclusieve, op afstamming gebaseerde trainingsdatasets benadrukken.

Grant, S. M., Eger, S. J., Makarious, M. B., Meredith, M., Moller, A., Grant-Peters, M., Hicks, A., Mandal, A., Auluck (…)2026-08-17
💻 bio-informatica

Using GIS Dashboards to highlight AMR data disparities in Africa for Policy, Research, and Public Health

Deze studie integreert gefragmenteerde gegevens over antimicrobiële resistentie (AMR) uit private, publieke en academische bronnen in heel Afrika in interactieve GIS-dashboards om verschillen in rapportage en infrastructuur te visualiseren, waardoor een verenigde bewijslast wordt geboden om beleid, onderzoek en publieke gezondheidsinterventies te sturen.

Dogbegah, W. A., Opiyo, S. O., Proscovia, P. A., Tiambo, C. K.2026-08-17
💻 bio-informatica

nf-sarcopipe enables integrative discovery of exercise-responsive miRNAs and miRNA/mRNA regulatory networks associated with skeletal muscle adaptation

Dit artikel introduceert nf-sarcopipe, een modulaire Nextflow-pipeline die de novo en referentiegestuurde miRNA-ontdekking integreert met transcriptoomanalyse om nieuwe en bekende inspanningsresponsieve miRNA's en hun regulatoire netwerken te identificeren die betrokken zijn bij skeletspieradaptatie.

Poblete, N., Gomez, F., Cabas, G., Di Genova, A., Valladares, D., Moraga, C.2026-08-17
💻 bio-informatica

Assessing Codon Language Models for Context-Aware Codon Optimization in Nucleic Acid-Based Medicines

Deze studie vergelijkt drie codon-georiënteerde masked taalmodellen met traditionele methoden en toont aan dat hoewel geen enkel model alle taken domineert, ze effectief de translationele context vastleggen om varianten met superieure expressieprestaties te genereren, wat suggereert dat het samplen over meerdere modellen een veelbelovende strategie is voor het optimaliseren van op nucleïnezuren gebaseerde geneesmiddelen.

Toneyan, S., Scholz, K., De Donno, C., Noack, F., Auslaender, S., Cijsouw, T., Payne, J. L.2026-08-16
💻 bio-informatica

A leakage-controlled benchmark shows apparent codon-language-model advantages in synonymous-variant prediction are evaluation artifacts

Dit artikel toont aan dat eerder gerapporteerde voordelen van codon-taalmodellen bij de voorspelling van synonieme varianten evaluatie-artefacten zijn veroorzaakt door datalekken, aangezien deze winsten verdwijnen onder strikte, op lekcontrole gebaseerde benchmarks zoals de nieuw uitgebrachte CodonBench.

Liang, Y., Zhu, W., Liang, H., Pan, X.2026-08-14
💻 bio-informatica

scDRP: Disentangled representation learning for predicting single-cell responses to perturbations and estimating individual treatment effects

Het artikel introduceert scDRP, een generatief framework dat gebruikmaakt van ontkoppelde representatieleer en conditionele optimale transport om individuele behandelingseffecten nauwkeurig te schatten en contrafectuele celtoestanden af te leiden uit niet-overeenstemmende single-cell perturbatiegegevens, waardoor heterogene biologische mechanismen over diverse celtypen en condities heen worden onthuld.

Sun, J., Stojanov, P., Zhang, K.2026-08-13
💻 bio-informatica

Multiscale harmonization and semantic integration of biomedical data enable biological insights through immersive exploration

Het artikel presenteert "HRA: Powers of Ten", een open-source virtual reality-applicatie die de Human Reference Atlas benut om gebruikers onder te dompelen in een multischalige, semantisch geharmoniseerde exploratie van single-cell biomedische data, wat nieuwe biologische inzichten mogelijk maakt in cellulaire architectuur en senescentie over organen en ruimtelijke schalen heen.

Bueckle, A., Zhu, C., Wong, A. Y. H., Enninful, A., Miao, Y., Farzad, N., Pedersen, M., Mattison, C., Sloan, N., Mares (…)2026-08-13