💻 Category

bioinformatics

1012 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

ROTS 2.0: A reproducibility-driven framework for robust statistical modeling across diverse high-throughput omics study designs

Dit artikel introduceert ROTS 2.0, een verbeterd open-source framework beschikbaar in R en Python dat de reproduceerbaarheidsgeoptimaliseerde teststatistiek uitbreidt naar diverse high-throughput omics-studieontwerpen, inclusief multi-groepvergelijkingen en overlevingsanalyse, om de betrouwbaarheid van featureselectie in complexe experimentele settings te verbeteren.

Suomi, T., Kettunen, J., Pusa, T., Elo, L. L.2026-06-03
💻 bioinformatics

SwiftNJ: Fast Exact Neighbour Joining via Correctness-Gated Coding Agents

Dit artikel toont aan dat een correctie-gestuurde coderingsagent de gevestigde RapidNJ-basislijn in computationele fylogenetica aanzienlijk kan overtreffen door SwiftNJ te produceren, een geoptimaliseerde implementatie van Neighbour Joining die een geometrisch gemiddelde runtime-ratio van 0,565 bereikt terwijl exacte correctheid ten opzichte van referentiestandaarden wordt behouden.

Christensen, J.2026-05-29
💻 bioinformatics

Leviathan: A fast, memory-efficient, and scalable taxonomic and pathway profiler for (pan)genome-resolved metagenomics and metatranscriptomics

Leviathan is een open-source softwarepakket dat ultra-snelle, geheugenefficiënte en nauwkeurige taxonomische en functionele profilering van metagenomen en metatranscriptomen op genoom- en pangenoomresolutie mogelijk maakt door alignment-vrije taxonomische methoden te combineren met DNA-ruimte pseudo-uitlijning om computationally dure vertaalde zoekstappen te omzeilen.

Espinoza, J. L., Dupont, C. L., Phillips, A.2026-05-28
💻 bioinformatics

gTranslate: rapid and accurate translation table prediction for prokaryotic genomes

Het artikel introduceert gTranslate, een computationeel efficiënt machinelearninghulpmiddel dat nauwkeurig translatietabellen voorspelt voor prokaryote genomen zonder voorafgaande taxonomische classificatie, met een nauwkeurigheid van meer dan 99,99% en dat de ontdekking mogelijk maakt van nieuwe variaties in de genetische code in specifieke bacteriële lijnen.

Chaumeil, P.-A., Hugenholtz, P., Parks, D. H.2026-05-28
💻 bioinformatics

Sequence-Based Prioritization of Promoter Regulatory Variants in Colorectal Cancer Using a DNA Foundation Model

Deze studie presenteert een computationeel raamwerk dat gebruikmaakt van het Evo2 DNA-funderingsmodel om niet-coderende regulatorische varianten bij darmkanker te prioriteren door hun impact op promotorsequenties te kwantificeren, waarbij succesvol hoog-impactkandidaten worden geïdentificeerd die verrijkt zijn in kankergerelateerde pathways en GWAS-loci, zonder afhankelijkheid van toezichtgeleerde training of vooraf gedefinieerde annotaties.

Shome, S., Vajinepalli, S., Saraf, A.2026-05-28
💻 bioinformatics

SQANTI-browser: visualization and curation of SQANTI3-classified long-read transcriptomes within the UCSC Genome Browser

SQANTI-browser is een nieuw visualisatiekader dat door SQANTI3 geclassificeerde long-read transcriptoomdata integreert in de UCSC Genome Browser, waardoor interactieve filtering, door bewijs geleide curatie en het oplossen van uitlijningsartefacten mogelijk worden om bruikbare nieuwe isoformen te redden in diverse datasets.

Paniagua, A., Blanco-Gomez, C., Colomer Fernandez, A., Diekhans, M., Conesa, A., Monzo, C.2026-05-28
💻 bioinformatics

CARIBOU: Computational AI Research Interface for Bioinformatics, Omics, and Unifying Agents

CARIBOU is een multi-agent AI-framework dat is ontworpen voor autonome, iteratieve en reproduceerbare bio-informatica-analyse binnen institutionele high-performance computing-omgevingen, waarbij door onderzoekers bewerkbare blauwdrukken en persistente uitvoerbare staten worden gebruikt om de beperkingen van statische codegeneratie bij het verwerken van grootschalige single-cell en ruimtelijke omics-datasets te overwinnen.

Riffle, D., Shirooni, N., Sureshkumar, P., Vijay, V., Rose, M. F.2026-05-28
💻 bioinformatics

Signal, Bounds, and Baselines: Principles for Evaluating Virtual Cell Perturbation Models

Dit artikel introduceert het SBB-framework (Signaal, Grenzen en Baselines) om virtuele cel-perturbatiemodellen rigoureus te evalueren, waarbij wordt aangetoond dat complexe deep learning-methoden vaak niet betekenisvol beter presteren dan eenvoudige lineaire baselines, en wordt benadrukt dat gestandaardiseerde metrieken nodig zijn om echte biologische signalen te onderscheiden van statistische artefacten.

Vollenweider, M. S., Bühlmann, P.2026-05-27