💻 Category

bioinformatics

1197 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bio-informatica

Time-Resolved Phosphoproteomics-Guided BFS Beam Search Reveals Cell-Type-Specific EGFR Signaling Architectures and SHP2 Inhibitor-Induced Pathway Rewiring

Deze studie introduceert een systematisch computationeel raamwerk dat tijdsopgeloste fosfoproteomica integreert met een BFS-gestuurde Beam Search-algoritme om celtype-specifieke EGFR-signaleringsnetwerken te reconstrueren, waarmee succesvol wordt onthuld hoe SHP2-remming padarchitecturen herschikt en adaptieve resistentiemechanismen aandrijft.

Lee, H., Lee, G.2026-05-23
💻 bio-informatica

Interpreting Omics Data Analysis with Large Language Models for Disease Target and Drug Discovery

Dit artikel introduceert een herkomstbewust Text-to-Target-kader dat schema-gedwongen zoekopdrachten in grote taalmodellen integreert met numerieke analyse van omics-gegevens om interpreteerbare, audit-klare ziekte-doelen en strategieën voor geneesmiddelenontdekking te genereren, met aanzienlijke validatie in de ziekte van Alzheimer en pancreasklierkanker van het uitvoeringskanaal.

XU, Z., Chen, W., Ren, W., Xu, T., Amaechin, S., Khan, R., Chen, Y., Province, M., Payne, P., Li, F.2026-05-23
💻 bio-informatica

Asymmetric Contrastive Objectives for Efficient Phenotypic Screening

Dit artikel introduceert asymmetrische contrastieve doelstellingen, waaronder een geometrisch geïnspireerde SPC-variant die experimentele metadata integreert als geleerde klassenvectoren, om op efficiënte wijze afbeeldingsrepresentaties te extraheren voor fenotypische screening die betere prestaties leveren dan eerdere methoden op meerdere datasets en metrieken, terwijl ze effectief blijven met beperkte data en rekenkracht.

Nightingale, L., Tuersley, J., Warchal, S., Cairoli, A., Howes, J., Shand, C., Powell, A., Green, D., Strange, A., Howel (…)2026-05-22
💻 bio-informatica

Rewriting protein alphabets with language models

Dit artikel introduceert TEA, een nieuw 20-letterig eiwitalfabet afgeleid van taalmodel-embeddings via contrastief leren, dat snelle en gevoelige detectie van verre homologie mogelijk maakt die concurreren met op structuur gebaseerde methoden, terwijl bestaande sequentiezoekalgoritmen worden benut.

Pantolini, L., Studer, G., Engist, L., Pudziuvelyte, I., Pommerening, F., Waterhouse, A. M., Bienert, S., Tauriello, G. (…)2026-05-22
💻 bio-informatica

Widespread use of invalid statistical tests in biomedical machine learning

Dit artikel onthult dat het wijdverbreide gebruik van ongeldige statistische toetsen die de afhankelijkheid tussen cross-validatie-folden negeren in biomedisch machine learning leidt tot opgeblazen rates van vals-positieve resultaten, wat de auteurs ertoe aanzet het SHARP-test voor te stellen als een robuuste oplossing en nieuwe rapportagerichtlijnen te bieden voor een geldige modelvergelijking.

Zeng, T., Li, H., Zhang, S., Tan, Y. Q., Tian, F., Orban, C., An, L., Che, W., Cheng, J., Chong, J. S. X., Dehestani, N. (…)2026-05-22
💻 bio-informatica

GlyComboCLI enables command line-based FAIR workflows for glycan composition assignment in mass spectrometry data

GlyComboCLI is een flexibel, open-source commandoregelprogramma dat de toewijzing van glycane samenstellingen voor massaspectrometriedata automatiseert, waardoor FAIR-conforme, schaalbare bioinformatica-werkstromen mogelijk worden die de handmatige interpretatie aanzienlijk verminderen terwijl reproduceerbare resultaten worden gewaarborgd.

Kelly, M. I., Thang, W. C. M., Pang, C. N. I., Gustafsson, O. J. R., Ashwood, C.2026-05-21
💻 bio-informatica

A unified framework for batch correction and missing data handling in large-scale and single-cell mass spectrometry proteomics

Het artikel introduceert NMFBatch, een unificerend statistisch raamwerk dat discrete batch-effecten en continue signaalschommelingen gelijktijdig corrigeert en tegelijkertijd ontbrekende waarden verwerkt in grootschalige en single-cell massaspectrometrie-proteomica, waardoor de biologische structuur behouden blijft en informatieverlies in vergelijking met bestaande methoden wordt verminderd.

Anwar, A. M., Bayoumi, S., Lahti, L., Coffey, E.2026-05-21