💻 Category

bioinformatics

1012 papers

Bio-informatica is de fascinerende brug tussen biologie en datawetenschap. In dit veld helpen onderzoekers computers om enorme hoeveelheden biologische informatie te ontcijferen, van het decoderen van ons DNA tot het begrijpen hoe virussen muteren. Het is de motor achter veel moderne doorbraken in de gezondheidszorg en de ecologie, waarbij complexe patronen in levende systemen worden vertaald naar bruikbare inzichten.

Op Gist.Science maken we de nieuwste ontdekkingen in dit vakgebied toegankelijk voor iedereen. Wij verwerken elke nieuwe preprint die wordt gepubliceerd op bioRxiv, de belangrijkste bron voor nog niet-peer-reviewed onderzoek in de levenswetenschappen. Voor elk document bieden we zowel een duidelijke, alledaagse uitleg als een gedetailleerde technische samenvatting, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in jargon.

Hieronder vindt u de meest recente bijdragen uit de wereld van bio-informatica, zorgvuldig samengevat voor u.

💻 bioinformatics

From Plants to Patients: Mitochondrial Stress Signaling as a Systems Framework for Human Disease Vulnerability

Dit artikel stelt een vergelijkend *in silico* raamwerk voor dat aantoont dat hoewel de mitochondriale stresssignaleringsnetwerken van planten en mensen in complexiteit zijn gedivergeerd, zij fundamentele organisatorische principes delen, wat suggereert dat de eenvoudigere, op veerkracht gerichte plantensystemen kunnen dienen als een conceptueel model om toetsbare hypothesen te genereren over de kwetsbaarheid voor menselijke mitochondriale ziekten.

Gokdemir, F. S., Eyidogan, F., Kubat, G. B., Singh, K. K.2026-08-21
💻 bioinformatics

Beyond the Default: Optimizing Molecular Networking with arteMIS

Het artikel introduceert arteMIS, een systematisch kader dat de parameters voor moleculaire netwerkanalyse optimaliseert via multi-metrische evaluatie en Latin Hypercube Sampling om de beperkingen van standaardinstellingen te overwinnen, waardoor robuustere, chemisch betekenisvolle en stabielere netwerken worden geproduceerd over diverse datasets en scoringsmethoden heen.

Torres Ortega, L. R., Charria Giron, E., Huber, F., Simone, M., Sosio, M., van der Hooft, J. J. J.2026-08-21
💻 bioinformatics

Sparse Autoencoders Reveal Structural and Family-level Features in BiRNA-BERT

Dit artikel introduceert SPIRAL, een sparse autoencoder-framework dat er succesvol in slaagt de verborgen toestanden van het BiRNA-BERT RNA-taalmodel te decoderen naar interpreteerbare, op nucleotiden uitgelijnde kenmerken die secundaire structuren en RNA-familietypes vertegenwoordigen, waardoor de prestaties van downstream-voorspellingen worden verbeterd ondanks uitdagingen door byte-pair tokenisatie.

Hossain, M. S., Sojib, M. R., Tahmid, M. T., Rahman, M. S.2026-08-20
💻 bioinformatics

SPARKLE: evidence-constrained correction of local RNA leakage in high-resolution spatial transcriptomics

SPARKLE is een snelle, referentievrije computationele methode die lokale RNA-lekkage in hoogresolutie ruimtelijke transcriptomica corrigeert door gebruik te maken van bewijs buiten de maskers binnen dezelfde monster om ectopische signalen te schatten en te verwijderen, waardoor de lokalisatie van celtypen en de betrouwbaarheid van downstream-analyses worden verbeterd.

Wang, S., Zhu, B., Li, S., Wei, X.2026-08-20
💻 bioinformatics

Relational Graph Convolutional Networks for Glioblastoma Biomarker Discovery via ceRNA and Copy Number Variation Analysis

Deze studie introduceert een nieuw late fusion relational graph convolutional network (RGCN) ensemble dat data over competing endogenous RNA (ceRNA) en copy number variation (CNV) integreert om vijf prognostische biomarkers te identificeren, waaronder hsa-miR-196a en hsa-miR-224, voor verbeterde overlevingsvoorspelling en therapeutische targeting bij glioblastoom.

Khandelwal, S., Jarvis, N., Zhan, J.2026-08-20
💻 bioinformatics

PandaDock: An Open-Source Molecular Docking Platform with Flexible-Ligand Search and Equivariant Neural Scoring

PandaDock is een open-source moleculair dockingplatform dat flexibele ligand-conformationele zoektochten integreert met analytische gradiënten, gespecialiseerde modules voor complexe bindingsscenario's, en een schaalbare SE(3)-equivalente neurale netwerk-scorefunctie om competitieve prestaties te behalen op het gebied van pose-reconstructie en affiniteitsvoorspelling over diverse eiwit-liganddoelwitten.

Panda, P. K.2026-08-20
💻 bioinformatics

Mantpy: a framework for extracellular matrix analysis in spatial proteomics

Het artikel introduceert Mantpy, een ruimtelijk proteomica-framework dat de extracellulaire matrix en de interface ervan met cellen als ruimtelijke grafen representeert om gezamenlijke analyse, visualisatie en machine learning mogelijk te maken die verder gaan dan traditionele celcentrische benaderingen.

Ghafoor, M., Parkinson, J. E., Pham, T., Georgaka, S., Hayley, M. J., Jokl, E., Hanley, K. P., Allen, J. E., Sutherland (…)2026-08-19