346 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Onderzoek aan Drosophila melanogaster toont aan dat acute ethanolblootstelling leidt tot uitgesproken, genotypen- en populatie-specifieke veranderingen in alternatieve polyadenylering, waarbij Franse stammen voornamelijk 3'-UTR-verkorting vertonen en Zambische stammen 3'-UTR-verlenging, wat suggereert dat deze genetisch afhankelijke regulatie een rol speelt bij adaptatie.
Deze studie presenteert een hoogwaardig, chromosoomniveau referentiegenoom voor de koloniale mariene hydrozoa *Podocoryna americana*, opgebouwd uit PacBio- en Hi-C-sequencing, dat een waardevol hulpmiddel biedt voor het bestuderen van de evolutie van ontwikkeling, regeneratie en alloherkenning bij cnidariërs.
Dit onderzoek combineert ribosoomprofilerings- en Nanopore-sequencingdata van tien Saccharomyces-soorten om aan te tonen dat vertaalde upstream ORFs (uORFs) evolutionair gereserveerde microproteïnen produceren die onder zuiverende selectie staan en onafhankelijk van het hoofdproteïne kunnen worden tot expressie gebracht, terwijl downstream ORFs (dORFs) daarentegen weinig geconserveerd en functioneel lijken.
Deze paper introduceert de TRExplorer catalogus v1.0, een uitgebreide en gestandaardiseerde verzameling van 4,86 miljoen tandemrepeat-loci en een nieuw algoritme voor het definiëren van variatieclusters, die gezamenlijk de compatibiliteit en nauwkeurigheid van genomische analyses voor zowel korte als lange lezingen verbeteren.
Deze studie presenteert een uitgebreid atlas van niet-klassieke ORF's in zoogdieren, onthullend dat duizenden van deze elementen evolutionair gereserveerd zijn, efficiënt worden vertaald en functioneel geïntegreerd zijn in het proteoom via interacties met canonieke eiwitten.
GALA is een uniek, landmark-vrij framework dat genetische algoritmen en lokale diffeomorfische vervorming combineert om ruimtelijke transcriptoomdata van verschillende resoluties en modaliteiten nauwkeurig en efficiënt uit te lijnen, zelfs bij gedeeltelijke weefseldekking.
Dit onderzoek toont aan dat transponeerbare elementen een sleutelrol spelen in de evolutie en diversificatie van de genoomgrootte en aanpassingen van Peltigerales-lichen-symbionten, zoals onthuld door lang-lezen metagenoomsequencing en transcriptomica.
Dit artikel beschrijft iCLIP3, een gestroomlijnd en niet-radioactief protocol dat gebruikmaakt van infraroodvisualisatie, silicacolumns en unieke dual-indexing om interacties tussen RNA-bindende eiwitten en RNA met single-nucleotide-resolutie af te beelden vanuit zeer kleine hoeveelheden celmateriaal.
Dit artikel introduceert een contrastief leerframework dat single-cell RNA-sequencing-data gebruikt om genen te identificeren die hun expressie onafhankelijk van kopieaantalvariaties handhaven, waardoor nieuwe therapeutische doelwitten voor kanker worden blootgelegd.
Dit onderzoek onthult schaalwetten die aantonen dat de evolutie van complexe multicellulariteit gepaard gaat met een saturatie van coderend DNA en een dominante expansie van niet-coderende sequenties, waardoor het genoom wordt herschikt zonder een evenredige toename van genen.