511 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Dit onderzoek toont aan dat de depletie van HP1α en de activatie van TGFβ antagonistische effecten hebben op de 3D-genoomorganisatie, waarbij HP1α-verlies leidt tot een verschuiving naar actieve chromatinestructuren die oncogenen bevorderen, terwijl TGFβ-chromatine compacter maakt.
Dit onderzoek toont aan dat de lengte van DNA-fragmenten een betrouwbare methode is om echte microbiomen te onderscheiden van contaminatie, waarbij werd vastgesteld dat de meeste menselijke weefsels (zoals de hersenen en het bloed) geen eigen microbioom bevatten.
ARSENAL is een nieuw, op korte context gericht DNA-taalmodel dat door middel van een speciale regularisatietechniek voor motiefontdekking beter presteert in het identificeren van regulatoire sequenties en het voorspellen van de effecten van genetische varianten dan bestaande grootschalige modellen.
Dit onderzoek toont aan dat de toediening van het antibioticum ceftiofur en de inoculatie met *E. coli* leiden tot een significante herstructurering van het fecale microbioom bij kalveren, waarbij de diversiteit van bacteriën verandert en de aanwezigheid van antibioticaresistentiegenen toeneemt.
Door gebruik te maken van co-expressiemodellen (INGENE en MODULE) verbeteren de onderzoekers de voorspelling van genexpressie en identificeren zij 641 nieuwe genen die geassocieerd zijn met schizofrenie, wat de belangrijke rol van trans-regulerende mechanismen in deze aandoening onderstreept.
Deze studie maakt met behulp van single-nucleus RNA-sequencing de diverse cellulaire immuunlandschappen in het hersenvocht na een intraventriculaire bloeding in kaart, waarbij interferon-, IL-1- en CXC-chemokinesignaleringsnetwerken worden geïdentificeerd als potentiële therapeutische doelwitten.
Dit onderzoek suggereert dat de expansie van het menselijk brein mogelijk is gedreven door 'egoïstische' mutaties in de mannelijke kiembaan, aangezien genen die cruciaal zijn voor hersenontwikkeling opvallend vaak tot expressie komen in spermatogoniale stamcellen.
Het T2T-CHM13v2.0-referentiegenoom vermindert mapping-bias en verhoogt de nauwkeurigheid van sequencing-analyses bij klinisch relevante ziektevarianten in vergelijking met eerdere menselijke genoomassemblages.
Deze studie presenteert een nieuw, hoogwaardig chromosoom-niveau referentiegenoom van de Pacifische haring (*Clupea pallasii*) uit de Beringzee om de genetische kloof te dichten en de genomische hulpmiddelen voor deze ecologisch belangrijke soort uit te breiden.
Deze studie presenteert SCOPE, een methode die op basis van volledige genoomsequenties nauwkeurig de genetische vermenging tussen verschillende hondenrassen kan schatten.