829 papers
GradeBins is een open-source framework dat de kwaliteit van metagenomische bins en complete binsets evalueert via een inferentie- of grondwahrheidsmodus, waardoor reproduceerbare protocolvergelijkingen en consistente kwaliteitsrapportage mogelijk worden voor zowel synthetische als echte datasets.
Dit onderzoek toont aan dat door GM-CSF gedifferentieerde macrofagen zeer vatbaar zijn voor Chikungunya-virusinfectie en -replicatie, terwijl M-CSF-gedifferentieerde macrofagen resistent zijn door een sterke antivirale respons die wordt aangedreven door dsRNA-sensoren.
Dit artikel beschrijft de ontdekking van de nieuwe mariene cyanobacteriesoort *Thalassoporum longitrichum* met anti-inflammatoire eigenschappen en bevestigt via een polyfasische analyse dat het geslacht *Limnothrix* synoniem is aan *Pseudanabaena*.
De studie toont aan dat het Arp2/3-complex-afhankelijke herschikken van het actinecytoskelet essentieel is voor de efficiënte ontmaskering (uncoating) van het respiratoir syncytieel virus (RSV) in A549-cellen, wat leidt tot een verminderde virale expressie en interferonrespons wanneer dit proces wordt verstoord.
Dit artikel presenteert DropletFactory CORE, een betaalbaar en toegankelijk platform voor droplet-cytometrie en -sortering dat hoge doorvoer screening van gistcellen op basis van fluorescentie mogelijk maakt voor de biotechnologie.
Deze studie toont aan dat een ss-SARS-CoV-2 virus-achtige deeltjesvaccin stabiel blijft bij 4°C gedurende 14 dagen en tot twee jaar bij -80°C, waarbij de toevoeging van stabiliserende excipiënten de integriteit en immunogeniciteit van de deeltjes verbetert.
Dit artikel presenteert een interpreteerbaar AI-framework dat genoom- en celmorfologiedata integreert via differentiaalgeometrische gerichte simpliciale neurale netwerken om snelle en biologisch onderbouwde voorspellingen van antimicrobiële resistentie mogelijk te maken.
Dit onderzoek toont aan dat secundaire galzuren de ziekte veroorzaakt door *C. difficile* kunnen verminderen door de virulentie te attenuëren, een mechanisme dat onafhankelijk werkt van de concurrentie om voedingsstoffen die normaal gesproken de kolonisatie van de bacterie verhindert.
Deze studie levert metagenomisch bewijs uit twee menselijke cohorten dat ciprofloxacine, in tegenstelling tot een algemene antibioticawerking, specifiek de inductie van profagen in bepaalde bacteriesoorten in de menselijke darm stimuleert.
Deze studie toont aan dat hypofosfiet, een veilig en natuurlijk voorkomend anorganisch verbinding, een selectieve en effectieve remmer is van syntrofe methanogenese in ecosystemen zoals rijstvelden en runderen, waardoor het een veelbelovende strategie biedt voor de controle van methaanemissies.
Deze studie toont aan dat de darmbacterie *Clostridium asparagiforme* methotrexaat omzet in DAMPA, een metaboliet die via STAT3-signalering de mitochondriale integriteit in darmepitheelcellen behoudt en zo darmontsteking verlicht.
Het onderzoek toont aan dat metabolieten van *Photorhabdus*-bacteriën de bodemmicrobiota veranderen, wat resulteert in een betere plantengroei en een verhoogde weerstand van maïsplanten tegen insectenplagen.
De parasiet *Toxoplasma gondii* activeert het niet-klassieke NF-κB-signaalpad door een gecombineerde, additieve werking van acht MYR1-afhankelijke effectoren die samen de afbraak van de negatieve regulator TRAF3 veroorzaken.
Deze studie identificeert en karakteriseert het tot nu toe onbekende membraaneiwit RcrB als een cruciaal ontgiftingssysteem dat uropathogene Escherichia coli beschermt tegen het door neutrofielen geproduceerde chloorspecies hypochloorzuur via actieve chemische neutralisatie in het periplasma.
Uit dit onderzoek blijkt dat het bacteriële eiwit Sortase F essentieel is voor *Corynebacterium mastitidis* om het oog te koloniseren en een beschermende immuunrespons te induceren, omdat dit eiwit nodig is voor de vorming van biofilms en het verankeren van adhesines aan de celwand.
Dit onderzoek toont aan dat orthogonale celdeling in *Staphylococcus aureus* essentieel is voor de vorming van abcesgemeenschappen, omdat het de oppervlakteverdeling van adhesines reguleert die nodig zijn voor de aanhechting aan fibrine en de daaropvolgende vorming van een beschermende capsule.
Deze studie toont aan dat gemodelleerde microzwaartekracht slechts een minimaal effect heeft op de vereiste genen voor de groei van de symbiotische bacterie *Vibrio fischeri*, aangezien er zeer weinig genen werden geïdentificeerd die specifiek essentieel zijn onder deze omstandigheden.
Dit onderzoek onthult een snelle, Ca2+-afhankelijke opnameroute van *Staphylococcus aureus* die, in tegenstelling tot langzamere mechanismen, leidt tot een andere intracellulaire bestemming, snellere bacteriële replicatie en verhoogde gastheercelsterfte.
Een studie aan de Musi-rivier in Hyderabad toont aan dat onbehandeld rioolwater, en niet farmaceutisch afval, de belangrijkste drijvende kracht is voor antimicrobiële resistentie, wat de noodzaak benadrukt van verbeterde afvalwaterbeheersystemen in steden van ontwikkelingslanden.
Dit onderzoek toont aan dat het ontbreken van het Escherichia coli-proteïne SanA de integriteit van het celomhulsel verstoort door een onevenwicht in septale peptidoglycaansynthese te veroorzaken als gevolg van verhoogde beschikbaarheid van lipid II, wat leidt tot een verhoogde doorlaatbaarheid van de buitenste membraan.