🧬 Category

q-bio

1504 papers

🧬 biology

An Acinetobacter baumannii acyltransferase represses pilin production to maintain energy homeostasis and overcome nutritional immunity

De studie identificeert de *Acinetobacter baumannii* acyltransferase AimS als een kritieke factor bij het overwinnen van nutritionele immuniteit van de gastheer door de productie van pili en biofilmvorming te onderdrukken via de regulator CsuR, waardoor cellulaire ATP wordt geconserveerd om de energiehomeostase te handhaven en de bacteriële fitness tijdens respiratoire infectie te waarborgen.

Eric Skaar, Dillon Kunkle, Owen Burroughs, Christopher Corcoran2026-06-30
🧬 biology

A Network-Control Approach to Seizure Intervention via Adjoint Optimal Control

Dit artikel stelt een closed-loop Deep Brain Stimulation-systeem voor dat gebruikmaakt van een netwerkgebaseerd model van 60 hersengebieden als Hopf-oscillatoren, waarbij een predictieve detector wordt gecombineerd met een tweelags controlesstrategie (lineair-kwadratische regulatie en adjoint optimale controle) om in 100% van de simulaties succesvol epileptiforme bifurcaties te voorkomen.

Aadi Deosthaler, Samarth Muralidhara, Yashas Anil2026-06-30
🧬 biology

Aging reprograms the functional, epigenetic, and metabolic landscape of macrophages

Deze studie onthult dat veroudering macrofagen actief herprogrammeert via gecoördineerde verschuivingen in epigenetica, metabolisme en functie—gekenmerkt door verminderde cytokineresponsiviteit, een veranderd lipidenmetabolisme en fenotype-specifieke veranderingen—in plaats van simpelweg te leiden tot functionele achteruitgang, waardoor het een nieuw kader biedt voor het begrijpen van inflammaging en leeftijdgerelateerde ziekten.

Manasa Suresh, Francisco Tapia Belmonte, Bryan T. Weselman, Xintang Li, Marie Durr, Isabella Duchovny, Yanitza Gutierrez (…)2026-06-30
🧬 biology

Multi-state modeling associates proliferation genes with early estrogen receptor-positive breast cancer recurrence and survival

Deze studie maakt gebruik van multi-state modellering om aan te tonen dat een hoge baseline-expressie van proliferatiegerelateerde genen significant geassocieerd is met vroege recidive en daaropvolgende mortaliteit bij hoogrisico estrogene receptor-positieve borstkanker, terwijl late recidive gekoppeld is aan onderscheidende signaalpaden.

Yongzhe Wang, Christine Quinones, Irene Kang, Hope Rugo, Ernest Martinez, Victoria Seewaldt, Joanne Mortimer, Aritro Nat (…)2026-06-30
🧬 biology

Single-Cell Foundation Models in Biotechnology: A Scoping Review and Bibliometric Analysis of Multimodal AI for Cell-State, Perturbation, and Biomarker Prediction

Deze scoping review en bibliometrische analyse van 1.042 studies onthult dat hoewel single-cell foundation modellen snel uitbreiden in de biotechnologie, het veld lijdt onder inconsistente reproduceerbaarheid, gebrekkige benchmark-rigor en een gebrek aan open bronnen, waarbij eenvoudige baselines vaak competitief blijken te zijn tegenover complexe architecturen.

Behin Omidi, Mohammmad Mahdi Hemati Aalm, Arshia Farmahini Farahani, Amir Reza Hassan Poor Barkadehi2026-06-30
🧬 biology

Identification of Differentially Expressed Genes Related to UFMylation Modifications in Periodontitis: Integrated Insights from Transcriptomics and Clinical Experiments

Deze studie integreert transcriptomische analyse, machine learning en klinische validatie om C4A, GANAB en TUBA4A te identificeren als belangrijke UFMylatie-gerelateerde diagnostische biomarkers voor parodontitis, waarbij hun rollen in immuun- en metabole paden worden verduidelijkt en potentiële therapeutische doelwitten worden voorgesteld.

Changqing Mu, Juan Liu, Kaining Liu, Xiaofeng Huang2026-06-30
🧬 biology

Timing of menstrual cups to prevent transition from optimal to not optimal vaginal microbiome community state type: Results from a 6.5-year prospective observational cohort

In een 6,5-jarige prospectieve cohortstudie onder Keniaanse middelbare scholieressen verminderde het gebruik van een menstruatiecup het risico op de overgang van een optimaal door *L. crispatus* gedomineerd vaginaal microbioom naar een niet-optimale staat significant, wat suggereert dat het verstrekken van cups vóór de seksuele debut cruciaal is voor het behoud van de vaginale gezondheid.

Supriya Mehta2026-06-30
🧬 biology

Ethnicity-Stratified Inflammatory Phenotyping Using GMM Clustering and XGBoost Regression: A Cross-Ethnicity Nearest-Neighbour Framework for Precision CRP Estimation in NHANES 2017–2023

Deze studie maakt gebruik van een tweestaps machine learning-framework dat GMM-clustering en XGBoost-regressie combineert op NHANES 2017–2023-data om aan te tonen dat door macronutriënten gedreven CRP-responsen significant variëren per metabool fenotype en etniciteit, waarbij een "Vezel-Resiliëntie Paradox" in niet-Hispanic zwarte populaties wordt belicht en gepleit wordt voor een gestratificeerde precisievoedingsbenadering.

Anshul Iyer, Vania Sharma2026-06-30
🧬 biology

EEG Signal Variance as a Biomarker for Ictal State Classification: Subject-Level Validation of a Random Forest Classifier using the University of Bonn Dataset

Deze studie toont aan dat de variantie van het EEG-signaal een robuuste biomarker is voor het onderscheiden van iatale toestanden en valideert dat een Random Forest-classifier, getraind op de University of Bonn-dataset met strikte subject-niveau datapartitionering om lekkage te voorkomen, een hoge nauwkeurigheid (96,2%) en sensitiviteit (98,3%) bereikt bij het detecteren van insulten.

Md. Ahasanul Al Hasib Ayon2026-06-30
🧬 biology

Differential Signaling in Adaptive Immunity: Deciphering the Mechanism to Identify the Physical and Evolutionary Bases of Non‑Self

Dit artikel stelt een mechanofysisch kader voor dat differentiële mechanische verplaatsing identificeert als de fundamentele variabele die adaptieve immuunreceptoren in staat stelt om zelf van niet-zelf te onderscheiden door abrupte afwijkingen in fysieke krachtvelden op aminozuurniveau te meten, waardoor humorale en cellulaire herkenning worden verenigd via een progressieve beslissingscascade die langlopende paradoxen in immuunspecificiteit oplost.

Yasir Arafat Maassoom2026-06-30