🧬 biology

Genome-wide identification of the PSK family and the association between SlPSK7 and auxin signaling in tomato

Deze studie identificeert acht genen uit de PSK-familie in tomaat en toont aan dat SlPSK7 fungeert als een positieve regulator van auxine-signalering tijdens de vruchtzetting door expressiepatronen en regulerende effecten op ARF-genen te vertonen die parallel lopen aan auxine-responsen.

Shaoli Zhang, Lu Xie, Yuanyuan Song, Haidong Li, Guiyun Wang, Pengcheng Yi, Shude Yang, Luying Zhu, Kai Pan2026-09-04
🧬 biology

Astrocyte reactivity impairs lymphopoiesis through cholesterol-dependent mTOR suppression in common lymphoid progenitors

Deze studie onthult dat astrocytenreactiviteit de lymfopoëse in het beenmerg belemmert door cholesterolaccumulatie in gemeenschappelijke lymfoïde progenitorcellen te induceren, wat de mTOR-signalering onderdrukt en de B-celontwikkeling hindert.

Fang Ni, Rui Zhao, Xian Song, Yakun Liu, Jing Du, Tingting Liang, Zhi Yang, Lili Qian, Mingming Zhu, Jiani Zheng, Xinru (…)2026-09-04
🧬 biology

Energy Availability, Not Stress Tolerance, Determines Archaeal Persistence in Extraterrestrial Habitats

In tegenstelling tot de heersende aanname dat stressbestendigheid het overleven in buitenaardse omgevingen bepaalt, onthult een grootschalige genomische analyse van 3.531 archaeale genomen dat de beschikbaarheid van energie, met name de exploiteerbare energiedichtheid van methanogenese, de primaire determinant is van het voortbestaan van archaea in habitats binnen het zonnestelsel.

Ajay Vellanki2026-09-04
🧬 biology

Thousands of pathogenic variants in ClinVar show signs of incomplete loss-of-function

Deze studie toont aan dat hoewel specifieke metrieken zoals LOFTEE, pext-scores en NMD-analyse kunnen helpen bij het onderscheiden van pathogene van benigne varianten, duizenden bekende pathogene ClinVar-varianten tekenen vertonen van incomplete loss-of-function, wat de aanzienlijke beperkingen onthult van het uitsluitend vertrouwen op geautomatiseerde filterregels om dergelijke varianten uit te sluiten.

Tatyana E. Lazareva, Yury A. Barbitoff, Yulia A. Smirnova, Andrey S. Glotov2026-09-04
🧬 biology

Interferons and STAT1 dynamically modulate integrated stress response outcomes in CD8 T cells

Deze studie toont aan dat activerende STAT1-mutaties CD8 T-celdisfunctie aansturen via onderscheidende extrinsieke en intrinsieke mechanismen, waarbij overmatige type I interferon-signalering een pro-apoptotische geïntegreerde stressrespons triggert die klassieke uitputting overstijgt en differentiatie verandert.

Rachael Philips, Kang Yu, Yi-Chu Liao, SeolKyoung Jung, Kan Jiang, Yuka Kanno, Davide Randazzo, Scott Oakes, John O'Shea2026-09-04
🧬 biology

Integrative Transcriptomic Analysis Reveals Multicellular Dysregulation and Spatial Heterogeneity in the Colorectal Cancer Microenvironment

Deze studie integreert bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq en ruimtelijke transcriptomics om de multicellulaire dysregulatie en ruimtelijke heterogeniteit in de micro-omgeving van colorectaal carcinoom te karakteriseren, waarbij een nieuwe prognostische achtgene-signatuur wordt geïdentificeerd en de rol van kanker-geassocieerde fibroblasten en maligne epitheliale cellen bij het vormen van een immunosuppressieve tumorniche wordt verduidelijkt.

Yan Lin, Wenfeng Luo, Xiaoqing Li, Jingting Su, Yanying Pan, Guohai Yang, Shanshan Luo, Yubin Huang2026-09-04
🧬 biology

Rapid nasal metabolism organizes the neural representation of odors

Deze studie demonstreert dat het snelle nasale metabolisme van odoranten door xenobiotische enzymen de neurale geurrepresentaties fundamenteel vormgeeft door metabolieten te genereren die responspatronen veranderen, waarbij de aan inhalatie gekoppelde timing dient om externe chemische signalen te onderscheiden van intern gegenereerde signalen om afzonderlijke percepten te ondersteunen.

Matt Wachowiak, Elvis Acquah, Madison Herrboldt, Joel Hallkaj, Mona Marie, Zhenxing Wu, Jeanne Chaloyard, Isabelle Andri (…)2026-09-04
🧬 biology

A Novel Hybrid Pyramid ViT-ConvFormer Architecture with Dynamic Early Stopping Analysis for Enhanced Diagnostic Efficiency in Diffuse Large B-Cell Lymphoma

Het artikel introduceert PyConv, een nieuwe hybride Pyramid ViT-ConvFormer-architectuur met dynamische vroege stopzetting die een staat van de kunst bereikt in diagnostische nauwkeurigheid en aanzienlijk snellere convergentie behaalt voor het subtype Diffuus Groot B-cellymfoom, terwijl de klinische interpreteerbaarheid behouden blijft.

Gei Ki Tang, Chee Chin Lim, Faezahtul Arbaeyah Hussain, Qi Wei Oung, Aidy Irman Yajid, Sumayyah Mohammad Azmi2026-09-04
🧬 biology

TDEP: Predicting Target Perturbation Response from Drug-Induced Transcriptomes

TDEP is een diep neuraal netwerk dat embeddings van eiwittaalmodellen en graph attention networks benut om accuraat transcriptoombrede doelwit-perturbatierespons te voorspellen vanuit door medicijnen geïnduceerde profielen, waarbij de nauwkeurigheid van structuurgebaseerde methoden wordt geëvenaard terwijl het gedetailleerde gen-niveau mechanistische inzichten biedt voor doelwitprioritering en hergebruik van medicijnen.

Jieun Sung, Sookyung Kim, Wankyu Kim2026-09-04