🧬 Category

q-bio

4786 papers

🧬 biology

Where in the spectrum does biology live? A confound audit and a compaction law for gene embeddings of single-cell foundation models

Dit artikel onthult dat de belangrijkste spectrale assen van single-cell fundamentele modellen voornamelijk worden verward door de abundantie van genexpressie in plaats van biologische betekenis, wat aantoont dat het verwijderen van deze assen de retrieval-prestaties verbetert en een modelafhankelijke compactiewet vaststelt die optimale dimensionaliteitsreductie voor biologische taken begeleidt.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Does AI-predicted biochemical age predict death? A cross-validated re-examination in NHANES 1999–2018 with linked mortality follow-up

Deze studie toont aan dat hoewel complexe machine learning-modellen nauwkeuriger de chronologische leeftijd kunnen voorspellen op basis van bloedchemie, hun resulterende "leeftelijk versnellingsmetrieken" minder effectief zijn in het voorspellen van mortaliteit dan eenvoudigere modellen of biomarkers die direct getraind zijn op sterfteuitkomsten, wat onthult dat het trainingsdoel in plaats van de modelcomplexiteit of de biomarkers de cruciale factor is bij het ontwikkelen van nuttige biologische leeftijdsvoorspellers.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

How Much of a Donor-Level Signal in Single-Cell Data Is Just Cell-Type Composition?

Deze studie toont aan dat bij single-cell analyses op donorniveau het controleren voor celtypecompositie vaak een verwaarloosbaar signaal verwijdert omdat expressieprofielen de meeste kenmerkinformatie behouden zelfs wanneer de compositie wordt vastgezet, en dat de waargenomen sterkte van compositie als een confounder sterk afhankelijk is van de resolutie van de gebruikte celtype-annotatie.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

Spatial GNN Analyzer: An AI-Powered Graph Neural Network Framework for Spatial Transcriptomics Domain Analysis and Visualization

Dit artikel presenteert Spatial GNN Analyzer, een door AI aangedreven framework dat Graph Neural Networks integreert met ruimtelijke transcriptomica-data om robuuste, biologisch coherente identificatie van ruimtelijke domeinen en interactieve visualisatie mogelijk te maken, waarbij een superieure prestatie wordt aangetoond in het behoud van weefselarchitectuur vergeleken met conventionele niet-ruimtelijke methoden.

Subhasankar Khilar, Natarajan Elamathi2026-08-06
🧬 biology

Asymmetric responses of microbial community structure mediated by root exudates under grazing

Deze studie onthult dat begrazing de profielen van wortelexudaten van *Stipa grandis* verandert om asymmetrische microbiële reacties aan te drijven, waarbij kortstondige begrazing bacteriële groei bevordert via energierijke lipiden, terwijl langdurige begrazing schimmelassociaties in stand houdt door middel van defensieve metabolieten, waarbij de posities binnen het metabolietnetwerk bij bacteriën worden beperkt door thermodynamische eigenschappen, maar bij schimmels door moleculaire structurele complexiteit.

wei wen2026-08-06
🧬 biology

The Conservation-Tolerance Paradox: Solvent Exposure and Conformational Flexibility Predict False-Positive Deleteriousness Signals Across Ten Deep Mutational Scanning Datasets

Deze studie onthult dat evolutionaire conservering frequent fout-positieve voorspellingen genereert van schadelijkheid voor missense-mutaties, een modus van falen die sterk en onafhankelijk wordt voorspeld door hoge oplosbaarheidstoegankelijkheid en conformationele flexibiliteit over tien deep mutational scanning-datasets heen.

Amir Mahdi Mahboubi2026-08-06
🧬 biology

Targeting cancer-intrinsic protein neddylation bypasses the loss of JAK/STAT signaling and overcomes acquired resistance to immunotherapy

Deze studie toont aan dat het gericht aanpakken van de kanker-intrinsieke proteïne neddylering de verworven resistentie tegen immunotherapie in JAK/STAT-deficiënte tumoren overwint door chromatine-gebonden cGAS te stabiliseren, waardoor inflammatoire signalering wordt hersteld en de infiltratie van immuuncellen wordt versterkt om tumoren te sensibiliseren voor PD1-blokkade.

Yumeng Mao, Marta Rubies Bedos, Yonglin Lu, Eirini Voutsinou, Irineos Papakyriacou, Liam Alford, Rebeca Parracho, Vaishn (…)2026-08-06
🧬 biology

Structural variants contribute substantially to complex trait heritability

Deze studie introduceert de MiXeR-SV tool om aan te tonen dat structurele varianten, ondanks dat ze slechts een klein deel van de genomische varianten uitmaken, significant bijdragen aan de erfelijkheid van talrijke complexe kenmerken — met name in hematologische, metabole en kankerfenotypes — waardoor zij helpen de kloof tussen op SNP gebaseerde en tweeling-erfelijke schattingen te overbruggen.

Dat Thanh Nguyen, Alexey A. Shadrin, Nadine Parker, Julian Fuhrer, Nam S. Vo, Anders M. Dale, Ole A. Andreassen, Oleksan (…)2026-08-06
🧬 biology

RECIPE bridges transcriptomics and proteomics with deep graph learning on Ribo-seq data

Het artikel introduceert RECIPE, een graph neural network-framework dat Ribo-seq of transcriptomische data integreert met eiwit-eiwitinteractienetwerken om accuraat proteoombrede eiwitabundanties te voorspellen, waarmee de beperkingen van incomplete proteomics-metingen in zowel bulk- als single-cell settings effectief worden overwonnen.

Jun Ding, Luying Su, Bowen Zhao, Kailu Song, Dingfeng Zou, Jingtao Wang, Ziyang Wang, Wei Liu, Xiuhui Yang, Qinghui Duan (…)2026-08-06
🧬 biology

Microbiome-to-Nigrostriatal Vulnerability Mapping Prioritizes SCFA-Linked Gut-Brain Axes in Parkinson’s Disease

De studie introduceert het MiNi-PD-framework om darm-hersenas-verbindingen bij de ziekte van Parkinson te prioriteren, waarbij wordt onthuld dat door korteketenvetzuren gekoppelde metabolieten, met name butyraat en 3-indolepropionzuur, convergeren op het gastheergen IL1B binnen de substantia nigra om een biologisch betekenisvol inflammatoir mechanisme te definiëren.

Nabanita Ghosh2026-08-06