q-bio papers | Gist.Science

Published benchmark AUROC does not predict generalisation: an independent evaluation of protein solubility predictors on native and heterologous E. coli proteins

Deze studie toont aan dat gepubliceerde benchmark AUROC's slechte voorspellers zijn voor de generalisatieprestaties van een eiwitoplosbaarheidsmodel op onafhankelijke distributies, wat onthult dat state-of-the-art deep learning-modellen ondermaats kunnen presteren ten opzichte van eenvoudige interpreteerbare baselines wanneer ze buiten hun specifieke trainingsdomeinen worden toegepast.

Jakob Oeschey2026-07-28

🧬 biology

Acetate, a short-chain fatty acid, inhibits Coxiella burnetii replication via direct bacteriostatic effect and through vacuolar modulation and host cell perturbations

Deze studie toont aan dat het kortketenvetzuur acetaat de replicatie van *Coxiella burnetii* remt door een combinatie van directe bacteriostatische effecten, verstoring van de zure intracellulaire niche via verhoging van de vacuolaire pH en afname van de grootte, en brede herprogrammering van de transcriptionele paden van de gastheercel.

Yazen Germukly, Ashley Davis, Brooke A. Hall, Vijitha D. Kantety, Alexandria Q. Sandelin, Dhritiman Samanta2026-07-28

🧬 biology

Participant-Level Validation Reveals Optimistic Performance in Repeated-Measure NIPT Modeling: A Reproducibility Study

Deze studie toont aan dat herhaalde metingen in NIPT-modellen vaak een opgeblazen prestatie vertonen door datalekken op deelnemersniveau in standaard record-niveau kruisvalidatie, wat de adoptie van deelnemer-gegropeerde validatie noodzakelijk maakt om robuuste generalisatie te waarborgen vóór klinische toepassing.

Renjie Jin2026-07-28

🧬 biology

Transcriptional benchmarking of human monocyte-derived microglia-like cells and iPSC-derived microglia reveals distinct immune-alert and homeostatic programmes

Deze studie benchmarkt systematisch de transcriptionele en functionele profielen van diverse menselijke microgliamodellen, waarbij wordt onthuld dat hoewel iPSC-afgeleide microglia het beste de homeostatische hersentoestanden nabootsen en monocyt-afgeleide cellen immuun-alerte signaturen behouden, 3D-cultuurcondities monocyt-afgeleide cellen gedeeltelijk kunnen verschuiven naar een meer weefsel-adaptief fenotype ondanks hun verschillende oorsprong.

Hazel Quek, Fazeleh Etebar, Carla Cuní-López, Jamie R. Kutasovic, Romal Stewart, Yi Chieh Lim, Tara L. Roberts, Anthony (…)2026-07-28

🧬 biology

Identifying and validating a Prognostic Signature for Idiopathic Pulmonary Fibrosis (IPF) Based on Basement Membrane-Related lncRNAs

Deze studie identificeert en valideert een vijf-lncRNA prognostische signatuur gebaseerd op basaalmembraan-gerelateerde genen voor het voorspellen van de algehele overleving en immuunkenmerken bij patiënten met idiopathische pulmonale fibrose (IPF).

Chansokhon Ngan2026-07-28

🧬 biology

Regulatory Integration, Multistability, and Organizational-State Transitions in Biological Systems

Deze studie stelt een bio-evo-cybernetisch kader voor dat aantoont dat een toenemende regulatoire integratie biologische systemen naar multistabiliteit en organisatorische staatsovergangen drijft door de herstructurering van het attractorlandschap, een theoretisch principe dat empirisch wordt ondersteund door een monotone toename in schattingen van regulatoire integratie over de evolutionaire gradiënt van prokaryoten tot mensen.

Zuchang Pei2026-07-28

🧬 biology

Computational Screening of 1,348 FDA-Approved Drugs as Potential BACE1 Inhibitors for Alzheimer's Disease Drug Repurposing

Deze studie presenteert een uitgebreide computationele screening van 1.348 door de FDA goedgekeurde geneesmiddelen tegen de door AlphaFold2 voorspelde BACE1-structuur, waarbij hepatitis C-antivirale middelen, in het bijzonder Paritaprevir, identificeert als nieuwe en krachtige kandidaten voor drug repurposing bij de ziekte van Alzheimer.

Rayan Rathi2026-07-28

🧬 biology

Ultrafine amorphous silica induces chronic lung epithelial cell stress and pro-fibrotic reprogramming in a particle size‑ and exposure duration‑dependent manner

Deze studie toont aan dat chronische blootstelling aan lage doses ultrafijn amorf silica aanzet tot aanhoudende cellulaire stress en profibrotische herprogrammering in longepitheelcellen op een deeltjesgrootte- en duurafhankelijke wijze, wat de aanname uitdaagt dat amorf silica een veilig alternatief is voor kristallijn silica.

Ellen Donohoe, Sakthi Priya Selvamani, Vivek Dharwal, Thomas R. O’Neil, Richard Zelei, Andrew N. Harman, Sharyn Gaskin (…)2026-07-28

🧬 biology

Integrated Multi-Omics and Network-Based Identification of Prognostic Cell-Cycle Hub Genes in Lung cancer

Deze studie integreert multi-omics en netwerkanalyses van transcriptomische gegevens van longkanker om vier celcyclus-gerelateerde hubgenen (CDK1, CCNB1, CCNA2 en TOP2A) te identificeren die significante genetische veranderingen vertonen, correleren met immuuncelinfiltratie en dienen als robuuste prognostische biomarkers geassocieerd met een slechte overleving van patiënten.

Saba Ehsan, Anupriya Chaudhary, Divya Mishra, Supriya Maurya, Mohan P. Singh2026-07-28

🧬 biology

BCG vaccination attenuates Schistosoma mansoni-associated rural–urban immune variation

Deze studie toont aan dat BCG-revaccinatie de chronische immuunstimulatie en uitputtingskenmerken veroorzaakt door *Schistosoma mansoni*-infectie bij rurale Ugandese adolescenten gedeeltelijk kan omkeren, waardoor de immuunverschillen die worden waargenomen tussen rurale en urbane populaties worden verkleind.

Gyaviira Nkurunungi, Marion König, Bridgious Walusimbi, Jacent Nassuuna, Yoanne D. Mouwenda, Emily L. Webb, Mikhael D. M (…)2026-07-28

← Vorige Volgende →