4852 papers
Dit artikel toont empirisch aan dat de statische gen-token embeddingruimte van het scGPT-fundamentiemodel detecteerbare, zij het matige, informatie over bekende fysieke eiwit-eiwitinteracties codeert, zoals blijkt uit significant hogere cosinusovereenkomsten en interactievoorspellingsmetrieken voor interagerende genparen vergeleken met niet-interagerende controles.
Een empirische analyse van menselijke pancreas single-cell RNA-sequencingdata demonstreert dat voor overvloedige, canonieke celtypen, celtype-annotatiemodellen robuust generaliseren over donoren met slechts bescheiden prestatieverliezen wanneer geëvalueerd via leave-one-donor-out vergeleken met willekeurige splitsing, wat de noodzaak onderstreept om expliciet de populatie en de technische reikwijdte te vermelden bij het claimen van kennis geëxtraheerd uit single-cell data.
Deze simulatiegebaseerde studie toont aan dat single-cell foundation models aanzienlijk beter presteren dan klassieke PCA-pipelines in taken met een schaarste aan labels (1–5 gelabelde cellen per klasse), maar weinig tot geen voordeel bieden ten opzichte van eenvoudige lineaire baselines wanneer er voldoende labels beschikbaar zijn of bij het voorspellen van reacties op nieuwe perturbaties.
Deze empirische studie toont aan dat in single-cell RNA-sequencing het binnendoen van vaste expressiewaarden beter presteert dan corpus-mediaan rangorde-codering voor celclassificatie onder sequencing-diepteverlies, wat onthult dat invariantie voor vermenigvuldiging van de bibliotheekgrootte geen garantie biedt voor robuustheid tegen stochastisch moleculenverlies.
Deze empirische analyse toont aan dat het beperken van kandidaatruimtes in benchmarks voor genregulatoire netwerken de rangschikking van methoden over verschillende weefsels aanzienlijk destabiliseert, wat aangeeft dat keuzes in de definitie van kandidaten de vergelijkende conclusies kunnen veranderen en gerapporteerd moeten worden naast de resultaten in plaats van als neutraal te worden beschouwd.
Deze studie onthult dat *Geobacter sulfurreducens* een sequentiële, tweefasige strategie voor extracellulaire elektronenoverdracht gebruikt waarbij het porine-cytochroomcomplex Om(abc)B eerst de energie-intensieve synthese van OmcS-nanowires mogelijk maakt, waardoor cellen kunnen overschakelen van een draadloze naar een bedrade modus die hun toegang tot Fe(III) voor replicatie drastisch uitbreidt.
Door middel van integratieve genomische en netwerkanalyses van 165 genomen onthult deze studie dat *Pantoea agglomerans* een open pangenoom bezit dat wordt gedreven door horizontale genoverdracht, primair gemedieerd door plasmiden en beïnvloed door ecologische nicheclustering met *Pantoea vagans* als een belangrijke donor.
Deze studie toont aan dat pentadecanozuur, een metaboliet afgeleid van *Bacteroides acidifaciens*, MAFLD verlicht door senescente macrofagen te sensibiliseren voor ferroptose via de activatie van het JNK-JUN-NCOA4-signaleringspad, waardoor hun klaring wordt bevorderd en hepatische steatose wordt verminderd.
Deze studie toont aan dat een 15 minuten durende, snel ritmische ademhalingsmicropauze werkende kenniswerkers helpt om de aandachtsoriëntatie en neurale taakbetrokkenheid te behouden, in tegenstelling tot een controlepodcast, door het na de pauze optredende toename in aandachtscaptatie en alfavrequentie die duidt op desengagement te voorkomen.
Deze studie integreert genomische en transcriptomische gegevens van Thoroughbred-paarden om specifieke causale genen en varianten te identificeren die ten grondslag liggen aan atletische prestatietraits, waarbij een onderscheid wordt gemaakt tussen overgeërfde genetische factoren en verworven moleculaire reacties op training en inspanning.