🧬 Category

q-bio

4988 papers

🧬 biologie

Findings from Sparse Autoencoders for DNA Sequence Models: Motif Detectors, Reading-Frame Features, and the Scarcity of Regulatory Logic

Deze studie toont aan dat hoewel sparse autoencoders effectief monosemantische, biologisch interpreteerbare kenmerken zoals sequentiemotieven en leesramen extraheren uit DNA-fundamentele modellen, ze een aanzienlijk tekort onthullen aan kenmerken die complexe regulatoire logica coderen, wat suggereert dat huidige modellen eerder een genomisch woordenboek dan een grammatica-motor vastleggen.

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biologie

Information Entropy of Biological Data: An Empirical Analysis

Dit artikel presenteert een verenigde empirische analyse over zes biologische datamodaliteiten die aantoont dat bias door eindige steekproeven informatie-theoretische schattingen ernstig vertekent, en betoogt dat het rapporteren van entropie en wederzijdse informatie zonder de estimator en steekproefomvang te specificeren onverdedigbaar is, aangezien bias-gecorrigeerde methoden onderscheidende biologische signalen onthullen en systematische onderschatting van entropie en overschatting van informatiegehalte corrigeren.

Alexander Memming2026-07-22
🧬 biologie

Pre-Transformer Models for Longevity Science and Deep Ageing Clocks: An Empirical Analysis

Deze empirische studie toont aan dat voor de voorspelling van biologische leeftijd over diverse verouderingscohorten heen, pre-transformer modellen (zoals gepenaliseerde regressie en gradient boosting) over het algemeen beter presteren dan of gelijk zijn aan aandacht-gebaseerde transformers wat betreft nauwkeurigheid, data-efficiëntie, cross-cohort transfer en mortaliteitsrisicostratificatie, waarmee zij worden gevestigd als de rationele standaard voor longevity science, terwijl zij transformers positioneren als een gespecialiseerde tool die alleen levensvatbaar is bij uitzonderlijk grote datasets.

John Feng2026-07-22
🧬 biologie

Deep Learning for Longevity Biomarker Development: An Empirical Analysis of Model Capacity versus Prediction Target for Blood-Based Aging Clocks

Deze empirische studie toont aan dat voor op bloed gebaseerde verouderingsklokken de keuze van het voorspellingsdoel (op mortaliteit gebaseerde fenotypische leeftijd versus chronologische leeftijd) de geldigheid van biomarkers en de associatie met mortaliteit overweldigend bepaalt, waardoor verhogingen in de capaciteit van deep learning-modellen grotendeels ineffectief zijn voor het verbeteren van deze kritieke uitkomsten.

John Feng2026-07-22
🧬 biologie

Alzheimer's Disease as the Result of Aberrant Reactivation of Embryonic Brain Pathways Silenced Decades Earlier

Deze studie stelt voor dat de ziekte van Alzheimer het resultaat is van de aberrante epigenetische reactivatie van gesilenceerde embryonale actine-myosine oscillerende paden in verouderende neuronen en glia, wat een mechanische instabiliteit creëert die axonaal "dying-back" en synaptische retractie aandrijft in plaats van eenvoudige passieve proteotoxiciteit.

Steven Lehrer2026-07-22
🧬 biologie

EMT activates ER-to-Golgi trafficking through upregulation of REEP2 to promote lung cancer progression

Deze studie identificeert REEP2 als een cruciale mediator van EMT-gestuurde longkankerprogressie, waarbij wordt aangetoond dat de ZEB1/miR-183/193a-as REEP2 opreguleert om het ER-naar-Golgi-transport en de secretie van protumorogene factoren te versterken, waardoor tumor metastase en immunosuppressie worden bevorderd.

Guan-Yu Xiao, Kevin Fulp, Oluwafunminiyi Obaleye, Shike Wang, Xin Liu, Jiang Yu, Jonathan M. Kurie, Jun Xu, William Russ (…)2026-07-22
🧬 biologie

Machine learning–derived exosome-related biomarkers for prostate cancer diagnosis and AKR1B1-centered functional characterization

Deze studie identificeert een robuuste acht-gen exosoom-gerelateerde diagnostische signatuur voor prostaatkanker met behulp van machine learning, met een specifieke focus op het karakteriseren van AKR1B1 als een veelbelovende biomarker gekoppeld aan tumorimmuniteit, metabolisme en potentieel doelgericht medicijngebruik.

Junming Fu, Jian Chen, Chenjing Liu, Wenjun Ren, Chenguang Wu2026-07-22
🧬 biologie

Comparative Bioactivity of Marine Macroalgae and Microalgae From the Brazilian Coast

Deze studie toont aan dat extracten van Braziliaanse mariene macroalgen (*Amansia multifida*, *Enantiocladia duperreyi*) en microalgen (*Chaetoceros muelleri*, *Thalassiosira pseudonana*) significante antimicrobiële en antioxidante activiteiten vertonen met een lage tot matige toxiciteit, wat hun potentieel als bronnen van bioactieve verbindingen voor bioprospecting benadrukt.

Arielle Araujo santod, Edson de Jesus Marques, Gabriel do Nascimento Santos, José Marcos de Castro Nunes, Edson Delgado (…)2026-07-22
🧬 biologie

iPSC-Derived Myogenic Progenitor Cells from People with ME/CFS Reveal Altered Genes and Pathways with Drug Repurposing Potential

Deze studie maakt gebruik van uit patiënten afgeleide iPSC-myogene progenitorcellen om intrinsieke transcriptomische abnormaliteiten bij ME/cvs te identificeren, waarbij een neerwaartse regulatie van celcyclus- en immuunpaden naast een opwaartse regulatie van metabole herprogrammering werd onthuld, wat leidde tot de identificatie van 22 potentiële kandidaten voor hergebruik van geneesmiddelen voor verdere therapeutische validatie.

Dao Nguyen, Trang T. T. Truong, Bruna Panizzutti, Megan Ellis, Briana Spolding, CourtneySwinton, Chiara Cristina Bortola (…)2026-07-21