q-bio papers | Gist.Science

Can Machine Learning Identify Meaningful Patterns in DNA Sequences? A Computational Study of DNA Motifs Associated with Transcription-Factor Binding

Deze onafhankelijke computationele studie toont aan dat machine learning-classificatoren, in het bijzonder Random Forest, effectief CTCF-geassocieerde DNA-sequenties kunnen onderscheiden van dinucleotide-geshuffelde achtergronden met behulp van korte k-mer frequentiekenmerken, waarmee een transparante en reproduceerbare end-to-end workflow wordt gevestigd voor de integratie van moleculaire biologie met toegepaste machine learning.

Hafsa Asmatullah2026-09-16

🧬 biology

Metazoan-wide phylogenomics supports the emergence of recognisable canonical prostanoid-receptor family structure across the vertebrate transition

Deze over de gehele metazoa reikende fylogenomische studie toont aan dat de canonieke acht-familie-structuur van prostanoidreceptoren een vertebraten-specifieke innovatie is, waarbij wordt onthuld dat eerder voorgestelde niet-vertebrate homologen in werkelijkheid afzonderlijke receptorlijnen zijn waarvan de schijnbare gelijkenis met vertebrate EP4-receptoren voortkomt uit fylogenetische nabijheid in plaats van ware orthologie.

Sebastiano Scibelli2026-09-16

🧬 biology

Network pharmacology and experimental evidence implicate ERα-associated β-catenin regulation in the osteoprotective effects of sea buckthorn fruit extract

Deze studie toont aan dat zeehazelnoot-vruchtextract osteoprotectieve effecten uitoefent bij ovariectomische muizen door botvorming te bevorderen en botresorptie te onderdrukken via een ERα-gemedieerde opregulatie van β-catenine-signalering.

Liangliang Wei, Yong Wang, Zhihao Xia, Lei An, Kai Zhou, Shaobo Wu, Jiajia Ji, Yuxing Ye, Leyi Zhao, Junming Liang, Dage (…)2026-09-16

🧬 biology

Beyond aquatic and terrestrial: a multitaxon, large-scale perspective reveals the distinct biodiversity of non-perennial rivers

Door middel van een grootschalige, multitaxonale analyse met behulp van omgevings-DNA toont deze studie aan dat niet-pereniale rivieren unieke en diverse gemeenschappen herbergen die verschillen van zowel pereniale rivieren als terrestrische bodems, waarmee het beeld van deze systemen als louter overgangssystemen wordt uitgedaagd en hun cruciale rol in de wereldwijde biodiversiteit wordt benadrukt.

Naiara López-Rojo, Arnaud Foulquier, Romain Sarremejane, Daniel von Schiller, Klement Tockner, Rachel Stubbington, Aitor (…)2026-09-16

🧬 biology

Beyond Taxonomic Profiles: An Evidence-Informed Framework for Interpreting Gut Microbiome Alterations in Sickle Cell Disease

Deze systematische review synthetiseert heterogene humane bewijslast over het darmmicrobioom bij sikkelcelziekte om een op bewijs gebaseerd kader voor te stellen dat verder gaat dan inconsistente taxonomische profielen naar toetsbare hypothesen met betrekking tot functionele metabole veranderingen.

Tarimoboere Agbalalah2026-09-16

🧬 biology

Simulated Annealing Identifies Five Shared Drivers of T Cell Exhaustion Across Four Human Cancers

Door een nieuw simulated annealing-framework toe te passen op single-cell RNA-seq-data van vier menselijke kankersoorten, identificeert deze studie vijf geconserveerde T-celuitputtingsdrivers en twintig nieuwe kandidaatgenen, terwijl het weefselspecifieke uitputtingssignaturen onthult die de universele rol van eerder gerapporteerde markers zoals NR4A1 uitdagen.

alireza ebadi2026-09-16✓ Author reviewed ⓘ

🧬 biology

Invasive lobular carcinoma is characterized by IL33-high differentiated endothelium and IL33 receptor-positive mast-cell enrichment

Deze studie onthult dat invasief lobulair carcinoom wordt onderscheiden door een uniek vasculair-immuun micro-milieu gekenmerkt door IL33-hoog gedifferentieerd endotheel, verminderde angiogene uitlopers en een verrijking van IL1RL1-expresserende mestcellen, die dit gezamenlijk onderscheiden van invasief ductaal carcinoom.

Jules Cohen2026-09-16

🧬 biology

ViroNEXT: A multilayer hybrid system for high-precision detection of known and divergent viruses in metagenomics

ViroNEXT is een volledig geautomatiseerde, open-source multilayer hybride pipeline die referentiegebaseerde en machine learning-benaderingen combineert om een hoge-precisie detectie van zowel bekende als sterk divergente virussen in metagenomische data te bereiken, terwijl het aantal fout-positieve classificaties aanzienlijk wordt verminderd.

Markus Santhosh Braun, Gibran Horemheb Rubio Quintanares, Martin Machyna, Janice Durschang, Csaba Miskey, Xiang-Jun Lu (…)2026-09-16

🧬 biology

Hybrid Deep Learning–Based Computer Vision Framework for Brain Organoid and Embryoid Body Segmentation

Dit artikel presenteert een hybride op deep learning gebaseerd computer vision-framework dat Median Filtering, Histogram Equalization en het Watershed-algoritme combineert om superieure segmentatie en extractie van kenmerken te bereiken voor afbeeldingen van hersenorganoïden en embryoïde lichamen.

S. Thangapriya, K. R. Ananthapadmanaban, M. Kannan2026-09-16

🧬 biology

MXRA5 promotes extracellular matrix remodeling and predicts poor immunotherapy response in Lung Adenocarcinoma

Deze studie identificeert MXRA5 als een door hypoxie geïnduceerde drijfveer van extracellulaire matrixremodellering en immunosuppressie in longadenocarcinoom via de PI3K-AKT-route, waarbij de overexpressie ervan wordt gekoppeld aan een slechte prognose en resistentie tegen immunotherapie.

Bin Zhao, Tong Lu, Yuye Li2026-09-16

← Vorige Volgende →