💻 Category

bioinformatics

869 artigos

A bioinformática une biologia e computação para desvendar os mistérios da vida através de dados. Nesta área, pesquisadores transformam sequências genéticas complexas em informações compreensíveis, permitindo descobertas rápidas sobre doenças, evolução e tratamentos personalizados sem depender apenas de laboratórios físicos.

No Gist.Science, processamos diariamente cada novo pré-publicação na categoria de bioinformática enviada pelo bioRxiv. Nosso compromisso é tornar esse conhecimento acessível, oferecendo tanto resumos em linguagem simples para o público geral quanto análises técnicas detalhadas para especialistas, garantindo que ninguém fique de fora das últimas inovações científicas.

Abaixo, você encontrará as últimas pesquisas publicadas nesta área, organizadas para facilitar sua leitura e compreensão dos avanços recentes.

💻 bioinformatics

Coding agents author interpretable single-cell embedding models from the literature

Este artigo demonstra que agentes de codificação podem gerar automaticamente modelos de incorporação de célula única interpretáveis e zero-shot ao extrair e compor programas gênicos citados na literatura em eixos nomeados, alcançando qualidade biológica comparável aos métodos baseados em dados enquanto garante robustez inerente a lote e interpretabilidade sem exigir treinamento ou bancos de dados de conjuntos de genes prévios.

Brunn, N., Krissmer, S. M., Frosch, M., Frick, M., Prinz, M., Binder, H.2026-07-09
💻 bioinformatics

EZSolver: Template-free prediction of polar enzymatic mechanisms via bidirectional flow matching and search

O EZSolver é um framework generativo livre de templates que utiliza correspondência de fluxo e busca bidirecional guiada por avaliador para prever com precisão mecanismos de reações enzimáticas polares para química fora da distribuição, superando as limitações de generalização dos modelos tradicionais baseados em regras.

Kuo, L.-H., Yang, J., Arnold, F.2026-07-09
💻 bioinformatics

PredHLM: quantitative and interpretable prediction of metabolic half-life in human liver microsomes

Este estudo apresenta o PredHLM, um modelo de aprendizado de máquina baseado em XGBoost, quantitativo e interpretável, treinado em quase 12.000 compostos que prevê com precisão a meia-vida metabólica em microsomas de fígado humano e identifica os principais fatores químicos para apoiar a tomada de decisão rápida na fase inicial da descoberta de fármacos.

Jang, J., Cho, N.-C., Oh, K.-S.2026-07-08
💻 bioinformatics

Characterizing dynamic tissue architectures by identifying cell-type-specific spatiotemporal gene programs with stGP

O artigo apresenta o stGP, uma estrutura estatística que decompõe dados transcriptômicos espaço-temporais em componentes temporais e espaciais para identificar programas gênicos interpretáveis e específicos de tipos celulares, revelando, assim, como arquiteturas teciduais dinâmicas e respostas celulares localizadas evoluem através do tempo e de nichos anatômicos.

Yu, B., Tan, Z., Wan, X., Wang, H., Yang, C.2026-07-08
💻 bioinformatics

Residual Multi-Modal Learning for Pan-Breast-Cancer Drug Response Prediction

O artigo apresenta o DL4DR, um modelo de aprendizado profundo de fusão tardia residual de duas torres que prevê respostas a fármacos em todo o espectro do câncer de mama ao codificar linhagens celulares como imagens genômicas e combinar representações moleculares, alcançando assim uma generalização superior para linhagens celulares e tipos de câncer não vistos, enquanto identifica novos drivers genômicos sem depender das identidades das linhagens celulares.

Huang, B., Tasaka, L., Li, J., Islam, T., Zhang, S.2026-07-08
💻 bioinformatics

Scanning transcriptomes for nonlinear, domain-level similarities using hmSEEKR

O artigo introduz o hmSEKRE, um modelo oculto de Markov baseado em k-mers que varre transcriptomas para identificar similaridades de sequência não lineares em nível de domínio em RNAs longos não codificantes, permitindo assim a descoberta de domínios de RNA funcionalmente relacionados e suas redes de interação proteica associadas sem exigir conhecimento prévio de alinhamento de sequências.

Li, S., Sprague, D. A., Eberhard, Q. E., Boyson, S. P., Laederach, A., Calabrese, J. M.2026-07-08
💻 bioinformatics

AllTheBacteria: a community resource empowers biology and discovers novel peptide antibiotics

O artigo apresenta o AllTheBacteria, um recurso comunitário abrangente que processa uniformemente quase 2,5 milhões de genomas bacterianos públicos para permitir a pesquisa biológica em larga escala e demonstra com sucesso sua utilidade ao descobrir e validar novos antibióticos peptídicos por meio de mineração impulsionada por IA.

Hunt, M., Torres, M. D. T., Alikhan, N.-F., Anderson, D., Andreani, M. L., Blom, J., Bouras, G., Brinkman, F., Carroll (…)2026-07-07
💻 bioinformatics

PHI: A Galaxy-based workflow for reproducible prophage-host interaction analysis and standardized viral-genomics reporting

O artigo apresenta o PHI, um fluxo de trabalho baseado no Galaxy, amigável e automatizado, que otimiza a identificação reprodutível de profagos, a predição de interação com o hospedeiro e a caracterização funcional, ao mesmo tempo em que gera relatórios padronizados para reduzir as barreiras tanto para especialistas quanto para não especialistas na pesquisa de genômica viral.

Saraiva, J. P., Borim Correa, F., Bernt, M., Ghanem, N., Nieto, E., Brizola Toscan, R., Y. Wick, L., Chatzinotas, A.2026-07-07
💻 bioinformatics

A foundation model enables prediction of natural product molecular properties, bioactivity, and structural similarity from biosynthetic gene cluster sequence

Este artigo apresenta o BGC-MLM, um modelo de fundação pré-treinado em sequências não rotuladas de clusters de genes biossintéticos que melhora significativamente a previsão de propriedades de produtos naturais, bioatividade e similaridade estrutural, aumentando assim a eficiência da mineração genômica para novos produtos naturais.

Walker, A.2026-07-07
💻 bioinformatics

Scop3P in 2026: an expanded proteomics-informed resource contextualizing phosphorylation sites through sequence, structure, mutation, and experimental provenance

A atualização de 2026 do Scop3P apresenta uma expansão significativa desta base de conhecimento informada por proteômica ao integrar 152.350 sítios de fosforilação humana uniformemente reprocessados com anotações estruturais, biofísicas, evolutivas e mutacionais abrangentes para fornecer um recurso escalável e consciente da proveniência para interpretar a fosforilação em contextos funcionais e de doenças.

Ramasamy, P., Tichshenko, N., Diaz, A., Velghe, K., Massignani, E., Vranken, W. F., Martens, L.2026-07-06