💻 Category

bioinformatics

1199 artigos

A bioinformática une biologia e computação para desvendar os mistérios da vida através de dados. Nesta área, pesquisadores transformam sequências genéticas complexas em informações compreensíveis, permitindo descobertas rápidas sobre doenças, evolução e tratamentos personalizados sem depender apenas de laboratórios físicos.

No Gist.Science, processamos diariamente cada novo pré-publicação na categoria de bioinformática enviada pelo bioRxiv. Nosso compromisso é tornar esse conhecimento acessível, oferecendo tanto resumos em linguagem simples para o público geral quanto análises técnicas detalhadas para especialistas, garantindo que ninguém fique de fora das últimas inovações científicas.

Abaixo, você encontrará as últimas pesquisas publicadas nesta área, organizadas para facilitar sua leitura e compreensão dos avanços recentes.

💻 bioinformática

Computational Design and Atomistic Validation of a High-Affinity VHH Nanobody Targeting the PI/RuvC Interface of Streptococcus pyogenes Cas9: A Bivalent Hub Strategy for CRISPR-Cas9 Enhancement

Este estudo apresenta um pipeline computacional completo para o design *de novo* de um nanocorpo VHH que se liga com alta afinidade à interface PI/RuvC da Cas9 de *Streptococcus pyogenes*, validado por simulações de dinâmica molecular como um hub bivalente estável para modular a atividade do sistema CRISPR-Cas9.

Kumar, N., Dalal, D., Sharma, V.2026-03-25
💻 bioinformática

AI-guided design of candidate BMPR1A-binding peptides for cartilage regeneration: a multi-tool computational benchmarking study

Este estudo estabelece um quadro computacional reprodutível para o desenho de peptídeos regeneradores de cartilagem, demonstrando que ferramentas de IA generativa, em particular o PepMLM, podem produzir candidatos promissores que superam controlos negativos na ligação ao receptor BMPR1A e na recapitulação do interface de ligação nativo.

Ahmadov, A., Ahmadov, O.2026-03-25
💻 bioinformática

Co-folding of Membrane Proteins and Lipid Molecules Improves Membrane-Protein Structure Prediction Accuracy

O artigo apresenta o CoMPLip, um método que melhora a precisão da previsão de estruturas de proteínas de membrana ao realizar a co-dobragem explícita dessas proteínas com moléculas lipídicas no AlphaFold 3, criando um ambiente de membrana que otimiza a previsão de poses de ligantes, a separação de domínios e a amostragem de estados conformacionais.

Oheda, H., Inoue, M., Ekimoto, T., Yamane, T., Ikeguchi, M.2026-03-25
💻 bioinformática

Deconvolution of omics data in Python with Deconomix -- cellular compositions, cell-type specific gene regulation, and background contributions

O artigo apresenta o Deconomix, uma ferramenta abrangente em Python para a deconvolução de dados de transcriptômica de tecidos heterogêneos, permitindo a inferência precisa de composições celulares, a otimização de pesos gênicos via aprendizado de máquina, a correção de contribuições de fundo e a análise de regulação gênica específica de tipos celulares.

Mensching-Buhr, M., Sterr, T., Voelkl, D., Seifert, N., Tauschke, J., Engel, L., Rayford, A., Straume, O., Grellscheid (…)2026-03-24
💻 bioinformática

A universal model for drug-receptor interactions

Este artigo apresenta um modelo de aprendizado de máquina capaz de inferir os princípios das interações não ligantes entre fármacos e receptores, permitindo a previsão de interações com novas moléculas químicas e superando as limitações dos métodos tradicionais de descoberta de fármacos.

Menezes, F., Wahida, A., Froehlich, T., Grass, P., Zaucha, J., Napolitano, V., Siebenmorgen, T., Pustelny, K., Barzowska (…)2026-03-24
💻 bioinformática

FlashDeconv enables atlas-scale, multi-resolution spatial deconvolution via structure-preserving sketching

O FlashDeconv é um método inovador que utiliza amostragem por escores de alavancagem e regularização espacial esparsa para realizar a desconvolução espacial em escala de atlas e múltiplas resoluções com alta precisão e velocidade, permitindo a descoberta de nichos celulares e microdomínios inflamatórios críticos que seriam invisíveis com abordagens tradicionais.

Yang, C., Chen, J., Zhang, X.2026-03-24
💻 bioinformática

PACMON: Pathway-guided Multi-Omics data integration for interpreting large-scale perturbation screens

O artigo apresenta o PACMON, um modelo bayesiano escalável e interpretável que integra dados multi-ômicos de grandes telas de perturbação para inferir programas de vias biológicas e quantificar como perturbações específicas os modulam, superando métodos existentes em precisão e capacidade de processamento de dados em larga escala.

Qoku, A., Stickel, T., Amerifar, S., Wolf, S., Oellerich, T., Buettner, F.2026-03-24
💻 bioinformática

TCRseek: Scalable Approximate Nearest Neighbor Search for T-Cell Receptor Repertoires via Windowed k-mer Embeddings

O artigo apresenta o TCRseek, um framework de busca em duas etapas que combina embeddings de k-mers baseados em janelas e indexação aproximada de vizinhos mais próximos para permitir uma busca escalável e eficiente em grandes repertórios de receptores de células T, superando os métodos existentes em velocidade sem sacrificar a sensibilidade.

Yang, Y.2026-03-24