Methodological pitfalls in plant pangenome gene family identification may lead to biased evolutionary inferences
Este estudo demonstra que confiar exclusivamente na similaridade de sequências para a identificação de famílias gênicas em pan-genomas introduz vieses significativos nas inferências evolutivas e recomenda uma estratégia de dois passos que combina ortologia baseada em grafos com refinamento de sequências para garantir resultados precisos.