🧬 biologia
Benchmarking cell type annotation in spatial transcriptomics: resolving cellular hierarchies, biological fidelity, and dynamic cell states
Este estudo apresenta um benchmark abrangente de 20 métodos de ponta para anotação de tipos celulares através de diversas tecnologias de transcriptômica espacial e contextos biológicos, revelando que, embora ferramentas como scANVI, Seurat e TACCO tenham um bom desempenho geral, a anotação precisa de estados dinâmicos e de granularidade fina permanece desafiadora e altamente dependente do contexto, destacando a necessidade de que métodos futuros lidem melhor com o reconhecimento de conjunto aberto, integração espacial e populações celulares raras.
Xin Maizie Zhou, Yuling Zhu, Yunfei Hu, Manfei Xie, Haoran Qin, Zuzanna Szul, Derek Young, Weiman Yuan, Qimeng Wang, Yic (…)2026-08-28