🧬 Category

q-bio

6547 artigos

📄 outros

What Knowledge Can Be Extracted from Single-Cell Data? An Empirical Analysis of Donor-Robust Cell-Type Annotation

Uma análise empírica de dados de sequenciamento de RNA de célula única do pâncreas humano demonstra que, para tipos celulares canônicos e abundantes, modelos de anotação de tipos celulares generalizam de forma robusta entre doadores com apenas quedas modestas de desempenho quando avaliados via exclusão de um doador em comparação com a divisão aleatória, ressaltando a necessidade de declarar explicitamente o escopo populacional e técnico ao reivindicar conhecimento extraído de dados de célula única.

Liu Chen2026-07-24
📄 outros

When Do Single-Cell Foundation Models Beat PCA? A Simulation-Based Empirical Analysis of Label Scarcity and Perturbation Generalization

Este estudo baseado em simulação demonstra que modelos de fundação de célula única superam significativamente os pipelines clássicos de PCA em tarefas de anotação com escassez de rótulos (1–5 células rotuladas por classe), mas oferecem pouca ou nenhuma vantagem sobre linhas de base lineares simples quando rótulos suficientes estão disponíveis ou ao prever respostas a novas perturbações.

Liu Chen2026-07-24
📄 outros

Rank or Value? An Empirical Analysis of Single-Cell Transformer Tokenization under Sequencing-Depth Loss

Este estudo empírico demonstra que, em sequenciamento de RNA de célula única, o agrupamento por valores de expressão fixos supera a codificação por ranking de mediana do corpus para classificação de células sob perda de profundidade de sequenciamento, revelando que a invariância à multiplicação do tamanho da biblioteca não garante robustez à perda estocástica de moléculas.

Liu Chen2026-07-24
📄 outros

Does Candidate-Space Restriction Destabilize Cross-Tissue Gene Regulatory Network Benchmark Rankings? An Empirical Analysis of Analytic Flexibility in Computational Biology

Esta análise empírica demonstra que restringir os espaços de candidatos em benchmarks de redes de regulação gênica desestabiliza significativamente os rankings de métodos entre tecidos, indicando que as escolhas de definição de candidatos podem alterar conclusões comparativas e devem ser relatadas juntamente com os resultados, em vez de serem tratadas como neutras.

Liu Chen2026-07-24
📄 outros

Bacteria getting wired: The porin-cytochrome complex Om(abc)B kickstarts extracellular electron transfer and nanowire formation

Este estudo revela que a *Geobacter sulfurreducens* utiliza uma estratégia de transferência de elétrons extracelulares sequencial de dois estágios, onde o complexo porina-citocromo Om(abc)B primeiro possibilita a síntese intensiva em energia de nanofios de OmcS, permitindo que as células alternem de um modo sem fio para um modo com fio que expande dramaticamente seu acesso ao Fe(III) para replicação.

Nikhil Malvankar, Joseph Erwin, Kejue Jia, Cong Shen, Vanessa Saldivar, Aldo Salazar Morales, Vasilije Pentalic, Fadel S (…)2026-07-24
📄 outros

Integrative genomic and network analyses map horizontal gene transfer dynamics in Pantoea agglomerans

Através de análises genômicas e de rede integrativas de 165 genomas, este estudo revela que a *Pantoea agglomerans* possui um pangenoma aberto impulsionado pela transferência horizontal de genes, mediada principalmente por plasmídeos e influenciada pelo agrupamento de nichos ecológicos com a *Pantoea vagans* como um doador fundamental.

Muhammad Sulman, Antonet M. Svircev, James T. Tambong, Walid Ellouze2026-07-24
📄 outros

Bacteroides acidifaciens derived pentadecanoic acid alleviates MAFLD by sensitizing senescent macrophages to ferroptosis via JNK-JUN-NCOA4 pathway

Este estudo demonstra que o ácido pentadecanoico, um metabólito derivado de *Bacteroides acidifaciens*, alivia a MAFLD ao sensibilizar macrófagos senescentes à ferroptose através da ativação da via de sinalização JNK-JUN-NCOA4, promovendo assim sua depuração e reduzindo a esteatose hepática.

Rui Kong, Huiyu Wang, Nan Wang, Chunli Zhou, Yuqing Zhou2026-07-24
📄 outros

Fast-Paced Breathwork as a Workplace Microbreak Preserves Attentional Orienting and Neural Task Engagement

Este estudo demonstra que uma micropausa de 15 minutos de respiração acelerada ajuda trabalhadores do conhecimento empregados a manter o orientamento atencional e o engajamento neural na tarefa, ao contrário de um podcast de controle, ao prevenir o aumento pós-pausa na captura atencional e no poder alfa indicativos de desengajamento.

Nele Dael, Austin Lokey, H. Steven Scholte, Alyson Meister2026-07-24
📄 outros

Integrative genomic and transcriptomic analyses identify functionally relevant causal genes for exercise in a large animal model

Este estudo integra dados genômicos e transcriptômicos de cavalos Puro Sangue Inglês para identificar genes e variantes causais específicos subjacentes aos traços de desempenho atlético, distinguindo entre fatores genéticos herdados e respostas moleculares adquiridas ao exercício e ao treinamento.

Mian Feng, Thomas J. Hall, John F. O’Grady, Kseniia Maksimova, Michael Salter-Townshend, John A. Browne, David E. MacHug (…)2026-07-24
📄 outros

Agar oligosaccharides mitigate lipopolysaccharide-induced apoptosis and inflammatory damage in rumen epithelial cells via the tlr4-myd88-nf-κb signaling pathway

Este estudo demonstra que os oligossacarídeos de ágar (AOS) mitigam a apoptose e o dano inflamatório induzidos por lipopolissacarídeos em células epiteliais de rúmen ovino ao inibir a via de sinalização TLR4-MyD88-NF-κB, sugerindo os AOS como um potencial aditivo alimentar verde para aliviar doenças metabólicas de ruminantes.

Aihong Lao, Xiaolin He, Jian Ma, Chunmei Du, Fuquan Yin, Yanli Lu2026-07-24