In-source fragmentation in mass spectrometry-based proteomics: prevalence, impact, and strategies for mitigation
本文通过结合保留时间分析与色谱峰匹配，提出了一种识别质谱蛋白质组学中源内裂解（ISF）伪影肽的方法，揭示了其在半酶切肽和免疫肽组学等场景中的高 prevalence 及导致数据误判的风险，并建议采用该开源策略进行数据重注释以消除干扰。
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生物化学是探索生命分子语言的桥梁，它深入细胞内部，解析蛋白质、DNA 等微小分子如何协同运作，驱动我们从呼吸到思考的每一个生命过程。这一领域不仅揭示了疾病发生的根本机制，更为开发新药和定制疗法提供了关键线索，让抽象的微观世界变得具体可感。
在 Gist.Science，我们直接从 bioRxiv 获取该领域最新的预印本论文。我们的团队会处理每一篇新发布的稿件，将其转化为通俗易懂的科普解读，同时保留供专业人士参考的深度技术摘要，确保科学发现能跨越专业门槛，被更广泛的人群所理解。
以下是该领域从 bioRxiv 精选的最新研究成果，欢迎查阅。
Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with its co-receptor the neuronal cell adhesion protein contactin 1
该研究通过表面等离子体共振和冷冻电镜技术，解析了 SARS-CoV-2 刺突蛋白与神经细胞粘附蛋白 Contactin 1（CNTN1）的复合物结构，揭示了其纳米级亲和力及结合机制，阐明了病毒神经嗜性的分子基础，并发现刺突蛋白可同时结合 ACE2 和 CNTN1 等多种共受体。
Bile-mediated ToxS homodimerization provides a model for ToxRS periplasmic interactions
该研究通过解析副溶血性弧菌 ToxS 周质结构域与胆盐（甘氨胆酸）的复合物晶体结构，揭示了胆盐诱导 ToxS 形成链交换同源二聚体并进而介导 ToxRS 系统异四聚化的分子机制，阐明了胆盐调控弧菌毒力基因表达的结构基础。
Hydrogen-bonding changes cause differences in imipenem breakdown activity in OXA-48 variants
该研究通过多尺度模拟揭示了 OXA-48 变体中β5-β6 环的突变通过改变活性位点氢键网络及去酰化水分子的供/受体模式，进而调控结合亲和力与反应能垒，最终导致其水解亚胺培农活性差异的分子机制。
Catalytic Efficiency of Conserved Metabolic Enzymes Across Evolutionary Complexity
该研究通过整合跨物种代谢酶动力学数据发现，酶催化效率的演化并非遵循统一的复杂度趋势，而是呈现出酶特异性和途径依赖性的模式，表明其动力学特征主要由特定的代谢需求与选择压力而非生物体复杂度本身所决定。
Non-fibrillar prion protein oligomers transmit structural information during early assembly
该研究利用多种先进手段证实，非纤维状朊蛋白寡聚体及瞬态组装中间体能够通过结构互补存储并传递折叠信息，充当基于寡聚体的次级成核平台，从而将朊蛋白组装的机制从传统的纤维末端延伸扩展至更广泛的寡聚体介导过程。
Impact of viral membrane oxidation on SARS-CoV-2 spike protein transmembrane anchoring stability
该研究通过全原子分子动力学模拟揭示，SARS-CoV-2 病毒包膜脂质过氧化（特别是完全氧化）会破坏胆固醇稳定簇并降低膜序，从而显著削弱刺突蛋白跨膜区的锚定自由能，表明脂质氧化虽不足以单独导致刺突蛋白自发脱落，但可作为与机械力协同作用的关键抗病毒机制。
Uncovering Functional Distant Mutations by Ultra-High-Throughput Screening of Dehalogenases
该研究利用超高通量荧光液滴分选技术，通过引入大体积荧光底物对卤代烷脱卤酶 LinB 进行筛选，成功发现了位于催化中心远端的突变体，揭示了这些突变通过增强结构域柔性或重塑底物通道来优化酶动力学特性及底物选择性的动态适应机制。
Chiral methionine oxidation reagents reveal stereospecific proteome modifications
该研究开发了一对映体氧杂氮杂环丁烷试剂，系统鉴定了蛋白质中可被特异性还原酶逆转的 (S)-和 (R)-甲硫氨酸氧化位点，并揭示了 (R)-甲硫氨酸氧化通过变构抑制双苯基水解酶样蛋白功能进而放大蛋白质 N-同型半胱氨酸化修饰的机制。
Integrative Structural Modeling of Intrinsically Disordered Regions in a Human HDAC2 Chromatin Remodeling Complex
该研究通过整合实验交联数据与多种计算建模技术，成功构建了包含固有无序区域的 HDAC2:MIER1:MHAP1 复合物结构模型，揭示了 MHAP1 的 C 端无序结构域在介导复合物组装中的关键作用，并证明了单一依赖 AlphaFold 等方法在解析此类动态复合物时的局限性。