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生物化学是探索生命分子语言的桥梁，它深入细胞内部，解析蛋白质、DNA 等微小分子如何协同运作，驱动我们从呼吸到思考的每一个生命过程。这一领域不仅揭示了疾病发生的根本机制，更为开发新药和定制疗法提供了关键线索，让抽象的微观世界变得具体可感。

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以下是该领域从 bioRxiv 精选的最新研究成果，欢迎查阅。

本研究表明，分子胶降解剂 EM12-FS 通过在 His353 位点共价重塑 cereblon (CRBN)，从而创造出一个能够实现新底物 NTAQ1 选择性招募与降解的新型非规范界面，进而通过位点特异性的合成修饰扩展了诱导邻近药理学的范畴。

这项研究揭示了利福霉素 B 抑制耐利福平 RNA 聚合酶的结构基础，证明了其独特的 C-4 O-羧甲基与酶形成了稳定的盐桥，从而绕过了常见的耐药突变，进而为理性抗生素设计确定了一个新靶点。

本文采用 murburn 框架和定量建模，旨在论证从生物膜到生命诞生的水合细胞外聚合物相，作为一种在进化上保守的、发生相分离的基质，通过调节随机扩散的反应性物种，在实现氧气利用的同时，维持生物相干性并促进复杂的生命过程。

本研究表明，硫辛酸合酶保守的 RSSY 基序中的 Arg306 和 Ser308 残基对于底物结合和催化反应活性至关重要，其中 S308C 突变特异性地改变了辅助簇的去向，从而产生高自旋单硫化中间体和不饱和副产物，而非正常的硫辛酸辅因子。

本研究展示了首个端到端的量子-经典混合流水线，该流水线利用来自光子量子处理器的潜向量作为生成对抗网络的结构化先验，成功增强了 MHC 结合肽的从头设计，提高了产率并扩大了序列探索范围（特别是针对研究较少的等位基因），并已通过计算机模拟预测和体外实验得到了验证。

本研究通过冷冻电子显微镜分析，阐明了 I-F3 CRISPR 相关转座酶识别不对称转座子末端及配对的结构与机制基础，揭示了一个对于高保真转座至关重要的全新蛋白质-蛋白质界面，并为工程化基因治疗工具提供了见解。

本文介绍了一种结合深度视觉蛋白质组学与改进型提取工作流的新方法，该方法通过从流穿液中捕获基因组 DNA 并从吸头中捕获肽段，实现了对存档 FFPE 组织中匹配的基因组和蛋白质组数据进行细胞类型解析的空间蛋白质组基因组学分析。

本研究提出了一种名为涂层细菌酶（Coated Bacterial Enzymes, CBEs）的新型低成本平台，该平台通过 SlpA 结构域融合实现了重组酶的一步纯化与固定化，从而制备出与游离酶相比具有增强稳定性、更宽 pH 耐受性以及更高阳离子抗性的生物催化剂。

这项研究揭示了组织蛋白酶 C (Catathepsin C) 将溶酶体损伤剂 LLOMe 转化为淀粉样纤维，并在膜破裂后，利用其内源性二肽基连接酶活性，在溶酶体内实现了首次完全内源性的、非工程化的邻近标记，从而揭示了溶酶体扰动的新机制，并提供了一种研究溶酶体生物学的新型工具。

这项研究表明，MRSA耐药酶PBP2a在体内作为一种RNA结合蛋白发挥作用，其中其活性位点附近的裂隙与RNA转录本发生的非特异性相互作用，对于其完整的奥曲西林耐药活性至关重要。