Synthetic circRNAs employ IRES activity for translation in cells and in cell-free translation systems
该研究通过优化纯化方法并系统评估多种病毒及细胞 IRES，证实了它们在合成环状 RNA（circRNA）的体内及体外翻译系统中的有效性，为开发基于 circRNA 的疗法提供了关键的 IRES 选择依据。
⚗️ Category
biochemistry
376 篇论文
Towards a unified molecular mechanism for ligand-dependent activation of NR4A-RXR heterodimers
本研究通过扩展配体谱系分析，揭示了 Nur77-RXRγ异二聚体的转录激活同时涉及经典药理学机制与 LBD 异二聚体解离机制，并强调了使用功能多样化的 RXR 配体集对于阐明 NR4A-RXR 异二聚体统一激活机制及其在神经退行性和炎症疾病中潜在意义的重要性。
Bile-mediated ToxS homodimerization provides a model for ToxRS periplasmic interactions
该研究通过解析副溶血性弧菌 ToxS 周质结构域与胆盐（甘氨胆酸）的复合物晶体结构，揭示了胆盐诱导 ToxS 形成链交换同源二聚体并进而介导 ToxRS 系统异四聚化的分子机制，阐明了胆盐调控弧菌毒力基因表达的结构基础。
Hydrogen-bonding changes cause differences in imipenem breakdown activity in OXA-48 variants
该研究通过多尺度模拟揭示了 OXA-48 变体中β5-β6 环的突变通过改变活性位点氢键网络及去酰化水分子的供/受体模式，进而调控结合亲和力与反应能垒，最终导致其水解亚胺培农活性差异的分子机制。
Catalytic Efficiency of Conserved Metabolic Enzymes Across Evolutionary Complexity
该研究通过整合跨物种代谢酶动力学数据发现，酶催化效率的演化并非遵循统一的复杂度趋势，而是呈现出酶特异性和途径依赖性的模式，表明其动力学特征主要由特定的代谢需求与选择压力而非生物体复杂度本身所决定。
Cryo-EM structures of photosystem I with alternative quinones reveals new insight into cofactor selectivity
该研究通过解析ΔmenB 突变体中光系统 I 与不同醌类辅因子的冷冻电镜高分辨率结构，揭示了 A1A 和 A1B 位点在结合及交换质体醌-9 能力上的非对称性，从而阐明了辅因子选择性的分子基础。
Structural analyses of Trichomonas vaginalis pyrophosphate-dependent phosphofructokinase (TvPPi-PFK)
本研究解析了阴道毛滴虫焦磷酸依赖性磷酸果糖激酶（TvPPi-PFK）的三种晶体结构，揭示了其四聚体构象、保守催化位点以及此前未见的 ATP 和糖磷酸结合位点，从而验证了其焦磷酸依赖性活性并拓展了该酶作为抗滴虫病药物靶点的研究基础。
ThermoTargetMiner Charts the Proteome-Wide Target Landscape of Lung Cancer Therapeutics
本研究利用蛋白质溶解度改变（PISA）技术，对 67 种肺癌治疗药物进行了全蛋白质组靶标分析，构建了包含大量新靶标候选物的 ThermoTargetMiner 数据库，并验证了药物 PEITC 通过抑制 PAFAH1B 发挥细胞毒性作用，为肺癌研究提供了重要资源。
Non-fibrillar prion protein oligomers transmit structural information during early assembly
该研究利用多种先进手段证实，非纤维状朊蛋白寡聚体及瞬态组装中间体能够通过结构互补存储并传递折叠信息，充当基于寡聚体的次级成核平台，从而将朊蛋白组装的机制从传统的纤维末端延伸扩展至更广泛的寡聚体介导过程。
Novel insights into conserved biomineralization mechanisms revealed from a cold-water scleractinian coral skeletal proteome
该研究通过表征冷水珊瑚*Desmophyllum pertusum*的骨骼有机基质蛋白质组并与其它珊瑚对比，揭示了尽管栖息地和共生状态各异，珊瑚仍共享一套整合了多种酸性蛋白、碳酸酐酶及多种转运通路的保守生物矿化机制，从而将珊瑚钙化重新定义为一个动态协调的细胞网络。
Plant-derived soft electrophiles upregulate pro-resolving oxylipins in a paraquat-induced Drosophila model of Parkinson's disease.
该研究利用百草枯诱导的帕金森病果蝇模型，证实特定的植物源软亲电试剂（如类黄酮）能够通过激活 Relish（NF-κB 同源物）信号通路，上调促消退氧脂素的生物合成，从而促进毒素诱导的神经炎症消退，为神经退行性疾病提供了潜在的预防和治疗策略。
Persistence without turnover: RhoG G12E mutant highlights the role of nucleotide cycling in RhoG signaling
该研究揭示了 RhoG G12E 突变体虽能积累 GTP 结合态，但因核苷酸循环受阻导致信号输出受损，从而引发细胞铺展增强、粘附增加及集体迁移减少等表型，表明小 GTP 酶的持续核苷酸循环对其功能至关重要。
The HSP90-CDC37 Chaperone System Orchestrates RAF1 Kinase Activation Through a Pre-Dimerization Mechanism
该研究通过解析 RAF1-HSP90-CDC37 复合物的多种冷冻电镜结构，揭示了 HSP90-CDC37 伴侣系统通过独特的“预二聚化”机制主动调控 RAF1 激酶成熟与信号激活，而非仅作为被动稳定因子。
Optimization of Retinoid Detection in Cerebrospinal Fluid Using Liquid Chromatography Mass Spectrometry
本研究通过系统优化液相色谱 - 质谱（LC-MS）的色谱分离、离子化参数及提取流程，成功建立了适用于低丰度生物样本（如小鼠脑脊液）的视网膜类化合物高灵敏度、可重复检测框架。
Pathogenic human mitochondrial tRNA variants impair RNA processing by compromising 5' leader removal
该研究以人线粒体 tRNATyr 为模型，揭示了致病性 tRNA 变异（特别是位于受体茎附近的突变）通过破坏 RNase 对 5'前导序列的切除，进而阻碍下游 tRNA 释放的分子机制，为预测变异效应提供了结构基础。
Dissecting the interactions of the ISG15-USP18-STAT2 inhibitory complex
本研究结合 AlphaFold 建模与生物化学方法，揭示了 ISG15-USP18-STAT2 抑制复合物中 USP18 的关键 STAT2 结合环（SBL）及其对 I 型干扰素信号调控的分子机制，并阐明了相关患者突变及病毒效应蛋白对该相互作用的影响。
Microenvironmental Determinants of Reaction Kinetics in Biomolecular Condensates Probed with Protein Ligation
该研究利用蛋白质连接反应作为模型，结合 FRET 探针与理化性质分析，揭示了生物分子凝聚体通过有效局部浓度（物理因素）以及内部亲水性和水活度（化学因素）的协同作用来调控反应动力学的机制。
Tracking ligand-binding-induced structural populations in T4 lysozyme by time-resolved serial crystallography
该研究利用时间分辨串行同步辐射晶体学（TR-SSX）结合固定靶技术和 LAMA 配体递送系统，成功在 T4 溶菌酶微晶中实时追踪并量化了吲哚配体结合诱导的扩散过程、占据率演变及 F 螺旋构象重排，揭示了配体结合与蛋白质结构适应之间的动态联系。
Impact of viral membrane oxidation on SARS-CoV-2 spike protein transmembrane anchoring stability
该研究通过全原子分子动力学模拟揭示，SARS-CoV-2 病毒包膜脂质过氧化（特别是完全氧化）会破坏胆固醇稳定簇并降低膜序，从而显著削弱刺突蛋白跨膜区的锚定自由能，表明脂质氧化虽不足以单独导致刺突蛋白自发脱落，但可作为与机械力协同作用的关键抗病毒机制。
Kinetic logic of uridylation-mediated RNA decay
该研究通过生化重构、高通量酶学及定量建模，揭示了果蝇中尿苷化修饰如何通过产生受产物调控的特定寡聚尿苷中间体，使外切酶 Dis3l2 能够识别并降解靶标 RNA，从而阐明了尿苷化介导的 RNA 衰变动力学逻辑。