NPannotator: a genome- and chemistry- constrained automation for type I polyketide synthase pathway elucidation
本文介绍了 NPannotator，一种结合基因组上下文与化学约束的自动化流程，能够通过智能匹配候选底物与目标天然产物结构，推断 I 型聚酮合酶（PKS）的催化顺序及酰基转移酶（AT）的底物特异性，从而有效连接基因簇架构与最终化学产物。
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生物化学是探索生命分子语言的桥梁，它深入细胞内部，解析蛋白质、DNA 等微小分子如何协同运作，驱动我们从呼吸到思考的每一个生命过程。这一领域不仅揭示了疾病发生的根本机制，更为开发新药和定制疗法提供了关键线索，让抽象的微观世界变得具体可感。
在 Gist.Science，我们直接从 bioRxiv 获取该领域最新的预印本论文。我们的团队会处理每一篇新发布的稿件，将其转化为通俗易懂的科普解读，同时保留供专业人士参考的深度技术摘要，确保科学发现能跨越专业门槛，被更广泛的人群所理解。
以下是该领域从 bioRxiv 精选的最新研究成果，欢迎查阅。
Hierarchical decoding of targeting tripeptide motif by the cytosolic iron-sulfur cluster assembly targeting complex
该研究通过结合定量结合测量、生物信息学分析及结构建模，揭示了胞质铁硫簇组装靶向复合物（CTC）识别 C 端靶向基序（TCR）的分子机制，阐明了芳香族残基侧链与 C 端羧基起主导作用、上游残基依序列背景调节亲和力的层级解码规则，并定位了 Cia1-Cia2 界面上容纳该基序的关键结合位点。
Endogenous nucleophilic scavengers of reactive acyl-species neutralize carbon stress
该研究揭示牛磺酸、亚精胺和乙醇胺等内源性亲核代谢物可直接与反应性酰基物种结合，从而中和碳应激、抑制异常蛋白酰化并延长寿命，为对抗衰老和代谢疾病提供了新机制。
A High-throughput Fluorescence Polarization Assay for Screening Sirtuin Inhibitors
本文开发了一种基于高亲和力荧光偏振探针 KP-SC-1 的稳健高通量筛选方法，能够以极低的酶用量有效检测 SIRT1-3 抑制剂（包括 NAD+ 依赖与非依赖型），从而加速相关抗癌药物的发现与开发。
Cardiac Calsequestrin is a Physiological Dimer that Polymerizes through a Ca2+-Triggered Cooperative Switch
该研究利用多种互补方法证实心脏肌浆网钙结合蛋白（CASQ2）在生理条件下本质为二聚体，并通过钙离子触发的协同开关机制发生聚合，这一新机制为理解导致儿茶酚胺敏感性多形性室性心动过速的 CASQ2 突变致病机理提供了框架。
Sulfide:quinone oxidoreductase drives mitochondrial supersulfide metabolism to regulate bioenergetics and longevity in eukaryotes
该研究利用裂殖酵母和线粒体特异性 SQR 缺陷小鼠模型，证实线粒体硫化物：醌氧化还原酶（SQR）通过驱动超硫化代谢维持线粒体呼吸功能，从而在真核生物中调控能量代谢与寿命。
SpyTag-Enabled Assembly of Bacterial Microcompartment Trimers into Macroscopic Layered Protein Materials
该研究通过引入 SpyTag 将细菌微区室三聚体改造为可自发组装成宏观层状蛋白材料的构建模块，成功实现了兼具化学稳定性、功能可及性及表面可再生性的新型蛋白材料，拓展了细菌微区室在生物界面、催化及可持续材料工程中的应用潜力。
Rapid protocol for mitochondria isolation from cardiomyocytes employing cell strainer-based procedure
本研究建立了一种利用细胞滤网温和破碎心肌细胞以快速分离大鼠和豚鼠心肌细胞线粒体的新方案，该方法显著提高了线粒体得率并保持了其结构与功能的完整性，适用于多种下游应用。
A previously unappreciated class of metal-dependent bile salt hydrolases from the human gut microbiome
该研究揭示了人类肠道微生物（特别是*Bilophila wadsworthia*）中存在一类依赖金属离子的新型胆汁盐水解酶（metalloBSH），其通过不同于传统 Ntn 水解酶的机制特异性地水解牛磺酸结合胆汁酸，从而重塑了我们对肠道微生物胆汁酸代谢的理解。
Structure, biosynthesis, and bioactivity of nostolysamides
本研究通过在大肠杆菌中共表达前体肽与合成酶，阐明了源自*念珠藻*的诺斯托赖酰胺（nostolysamides）的环化拓扑结构、立体化学特征及由NpuN介导的赖氨酸酰化修饰机制，并证实该肽类具有不依赖脂质II的广谱膜破坏型抗菌及抗真菌活性，且其赖氨酸酰化修饰并非发挥生物活性所必需。