Mechanistic Insights into the Structural Asymmetry of the LanFEG Transporter NisFEG in Lantibiotic Immunity
本研究通过构建全原子模型和分子动力学模拟，揭示了兰肽免疫转运蛋白 NisFEG 在 ATP 结合态下的结构不对称性，阐明其通过 E-loop 与 NisG 的相互作用驱动构象变化，并由 NisE 亚基主要负责与兰肽结合，从而解释了该家族拥有两个不同跨膜链以实现高效免疫的进化机制。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
Rapid and reliable quantification of cytosolic mRNA escape (RNASCAPE)
本文介绍了一种名为 RNASCAPE 的深度学习框架，它仅需三个时间点的 EGFP 表达数据和四个 LNP 参数即可准确量化 mRNA 的胞质逃逸效率，从而克服了现有方法的局限性并推动了核酸治疗递送系统的理性设计。
Integrating computational chemistry and machine learning to predict KRAS mutation-induced resistance
该研究通过整合分子动力学模拟产生的结构、能量及接触描述符与机器学习算法，成功构建了预测 KRAS 突变（如 G12C/Y96 系列）诱导药物耐药性的计算框架，揭示了溶剂可及表面积变异性等构象与溶剂暴露变化是耐药性的关键驱动因素。
Extending the MARTINI 3 Coarse-Grained Forcefield to Polypeptoids
本文开发了首个兼容 MARTINI 3 框架的聚肽（polypeptoid）粗粒度力场，通过结合全原子参考模拟与直接玻尔兹曼反演方法，实现了对 19 种常见残基的高效、准确建模，并集成至 martinize2 工具中以促进聚肽材料的大尺度模拟与理性设计。
The Central Coupler of the AAA+ ATPase ClpXP Controls Intersubunit Communication and Couples the Conversion of Chemical Energy into the Generation of Force
该研究结合单分子光镊、生化实验和冷冻电镜技术，揭示了 ClpX 六聚体中保守的中央耦合器通过协调相邻亚基间的精氨酸指与传感器相互作用来触发 ATP 水解，并将水解能量高效转化为向下的构象运动，从而驱动蛋白质底物的快速去折叠与易位。
Structural features of E. coli Stx bacteriophage phi24B revealed with cryo-electron microscopy
本研究利用高分辨率冷冻电镜和蛋白质组学技术，揭示了大肠杆菌 Shiga 毒素转换噬菌体 phi24B 具有 T=9 对称性的二十面体衣壳、由加工酯酶 gp84 装饰及水泥蛋白稳定的结构特征，并详细解析了其包含十二聚体门户、适配器环、六聚体喷嘴、六根侧尾纤维及柔性中心针状纤维的尾部组装机制。
Serial femtosecond crystallography reveals the pH-driven allosteric mechanism of hexamer glargine
本研究利用串行飞秒晶体学等技术揭示了胰岛素甘精六聚体从近中性到酸性环境下的 pH 驱动构象变化与晶格转变机制，阐明了等电点沉淀与延迟释放通过结构有序的“熔融态”中间态相互耦合的变构调控原理，为甘精胰岛素生物类似药评估及新一代基础胰岛素设计提供了结构蓝图。
KinConfBench: A Curated Benchmark for Cofolding Models on Kinase Conformational States
本文介绍了 KinConfBench 基准，该基准评估了三种先进的共折叠模型在预测激酶配体诱导构象状态方面的能力，发现尽管这些模型在分类准确率上表现尚可，但在捕捉构象多样性、避免“无配体漂移”以及通过多次推理生成多样化结构方面存在严重缺陷，从而强调了在基于结构的药物发现中超越几何拟合、捕捉配体诱导的蛋白质构象多样性的重要性。
Uncompromised, multimodal, multiscale structural analysis of the hierarchically organization in mineralized tissues
该研究提出了一种从活体到冷冻的关联成像工作流，整合了多种显微与光谱技术，实现了对再生斑马鱼鳞片等矿化组织在保持近天然状态下跨四个数量级分辨率的三维结构与化学成分的无损、多尺度综合分析。
Investigating a Relation between Amyloid Beta Plaque Burden and Accumulated Neurotoxicity Caused by Amyloid Beta Oligomers
该研究通过建立数学模型，揭示了阿尔茨海默病中淀粉样蛋白斑块负荷与由可溶性寡聚物累积导致的不可逆神经毒性之间的非线性关系，指出后者更能解释个体认知差异并强调早期干预可溶性寡聚物的重要性。