Conformation-Dependent Donor Selectivity in the Xanthan Gum Glycosyltransferase GumK Revealed by AI-Based Docking
该研究利用 AI 辅助对接技术揭示了黄原胶糖基转移酶 GumK 的供体底物选择性取决于其结合口袋的构象状态（开放或闭合），表明底物特异性源于底物化学性质与结合位点可塑性之间的相互作用，而非单一的刚性结合模式。
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biophysics
609 篇论文
生物物理学是一门迷人的交叉学科，它像一座桥梁，将物理学的精密原理与生命的复杂奥秘连接起来。在这里，研究者利用物理工具去解码细胞如何运作、蛋白质怎样折叠，甚至探索意识背后的物质基础，让抽象的生命现象变得清晰可测。
Gist.Science 致力于让前沿科学触手可及。我们每天自动追踪 bioRxiv 上发布的最新生物物理学预印本，并由专家团队为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与深度的技术分析。无论您是资深学者还是科学爱好者，都能在这里快速把握研究核心。
以下为您呈现该领域最新发布的论文列表，带您即刻开启探索之旅。
A Generalization of the Ternary Binding Model to Membrane-Confined Systems with Finite Copy Number
该研究将经典的三元结合模型推广至膜受限系统，通过引入几何修正与随机描述，揭示了抗原密度过高可能因局部“抗原汇”效应而降低三元复合物形成效率的机制，从而为 T 细胞 engager 类药物的剂量优化提供了考虑抗原密度与膜拓扑结构的理论框架。
Infection Tunes the Dynamics of Adenoviral E1A Disordered Regions
该研究利用活细胞 FRET 显微镜技术首次实时观测到，腺病毒感染会显著改变病毒蛋白 E1A 内在无序区域的构象集合及其核质分布倾向，表明病毒 IDP 的结构动态响应感染并可能调控感染进程。
Conformational plasticity modulates sequence specificity in non-canonical tandem RRM-RNA binding
该研究通过分子动力学模拟揭示，Dead End 蛋白中两个串联 RRM 结构域虽具有高度构象可塑性，但通过协同作用维持了 RNA 结合的核心界面与序列特异性，从而确立了动态界面在 RNA 调控中的关键作用。
Probing voltage dependence interaction of cationic peptides with bacterial porins at a single-molecule level
该研究利用平面脂质双分子层中的单分子电导测量技术，揭示了带正电荷的抗菌肽鱼精蛋白与大肠杆菌外膜孔蛋白 OmpF 之间存在显著的电压和浓度依赖性相互作用，并发现肽链长度会影响其结合动力学。
Selective Stabilization of HRAS2 i-Motif DNA by TMPyP4: A Multimodal Biophysical and Thermodynamic Investigation
本研究通过多模态生物物理与热力学分析，证实了 TMPyP4 能够选择性地结合并稳定 HRAS2 i-基序 DNA 结构，同时保持其天然拓扑构象，从而为开发靶向 i-基序的抗癌疗法及荧光探针奠定了重要基础。
Versatile and scalable reflective micromirrors for single-objective light sheet microscopy
该研究提出了一种可调节的微加工流程，通过制造带有倾斜反射面的金属化 3D 纳米打印微镜插入件，将常规商业成像腔体改造为单物镜光片显微镜系统，从而在保留原有生物兼容性的同时显著提升了信噪比和纳米级分辨率。
FragLite mapping to identify the BRD4 recruitment site of P-TEFb
本研究利用 FragLite 技术绘制了 Cyclin T2 的配体结合图谱，不仅验证了已知结合位点，还结合生物物理分析与 AlphaFold3 建模成功鉴定并解析了此前未知的 BRD4 招募位点，为开发靶向 P-TEFb 的选择性调节剂提供了关键结构基础。
Accessing pore-blocker bound and open conformations of TMEM16A using PIP2-assisted adaptive sampling
本研究利用 PIP2 作为计算工具，结合 FAST 自适应采样与 AWH 方法，成功模拟出 TMEM16A 离子通道从关闭态到热力学稳定开放态的构象转变，确定了多种孔道阻滞剂的结合位点，从而为针对该通道过度激活相关疾病的构象特异性药物开发提供了新策略。
Improved cryo-EM reconstruction of sub-50 kDa complexes using 2D template matching
该研究通过结合高分辨率先验结构与二维模板匹配技术，显著提升了小分子量（<50 kDa）复合物（如 43 kDa 蛋白激酶）的冷冻电镜重构质量，为解析药物结合复合物提供了新途径。